公司在整个生产经营模式中起着主导作用，正是公司对农产品的需求，才使得公司、基地与农户连为一体。公司作为一个对市场信息时刻保持高度灵敏度的生产单位能够把生产的各个环节有机的结合起来，并通过市场价格的波动来调整产品的生产，并且提高资源的利用率，促进资源的优化配置。具体来讲，公司通过自己的信息网络了解国内外市场对农产品品种、品质、规格等的需求，然后通过采取“公司+基地+农户”生产经营模式，将这些信息传达到农户和基地手中，引导农户合理确定产品结构和生产规模。公司作为一个富有竞争力的市场主体，能够带领农户与市场接轨，实行专业化、标准化生产。公司通过农户集中生产的方式降低农户的生产成本，从而使自己的生产成本下降，有利于扩大产品生产规模，提高市场占有率，形成当地的主导产品，并最终创造出一批具有竞争力的知名品牌。
2.2.2、基地起关键作用
2.2.3、农户起基础作用
3、“公司+基地+农户”生产经营模式存在的问题
虽然“公司+基地+农户”生产经营模式作为一种组织创新有着很多内在优越性，给农业产业生产带来了很大的好处，被认为是我国农业产业化经营的有效形式，但是作为一种合约安排，它仍然存在它的局限性。部分实行“公司+基地+农户”生产经营模式的地区的农业产业的发展出现了停滞不前的现象，下面我们分析一下它存在的一些具体问题。
3.1、信息不对称
“公司+基地+农户”生产经营模式最大的问题在于它存在着信息和履约方面的缺陷。新制度经济学中关于合约理论认为，由于信息费用的存在且不可能降为零，这就导致了信息不对称的存在，所以合约是不完全的，也就是说合约存在着违约的风险。
从公司的角度来说，由于在“公司+基地+农户”生产经营模式中，公司直接面对市场，可以时刻掌握最新的市场信息，因此公司在与基地的合约中处于信息优势，而且每年农产品的交易价格一般都是公司确定。具体表现为，在市场价格低于合约价格时，公司存在强烈的压低交易价格的动机，另外，他也可以利用合约的不完全性，在合约制定时就向自己的利益偏移而去损害农户的利益，而处于信息劣势的基地和农户无法阻止这种行为发生。按照博弈论，当处于信息优势的一方能够遇见未来行为的结果时，如果预期的结果对己方不利，它就不会选择合作，或者利用自己信息优势地位去改变合约的某些条件，以使预期的结果对自己有利【4】。因此，在信息不对称的情况下，只有在预期的结果对自己有利时，公司才会选择合作，这就加大了合约的不确定性。
从农户的角度来说，由于大多数农户的法律意识淡薄，普遍缺乏长远意识，可能为了短期的利益而不惜放弃长期的利益。具体表现为：当合约价格高于市场价格时，农户为了获得更多的利益，可能虚报产量，以增加履约的数量，而增加的部分可以从市场中购买，以赚取合约价格与市场价格的差价；反之，当市场价格高于合约价格时，农户可能隐藏产量，以减少履约的数量，而将隐藏的产量按照市场价格卖出。这也加大了合约的不确定性【4】。
3.2、基地中介组织的不完善
在“公司+基地+农户”生产经营模式中，基地的组织法律地位不明确。在市场化不断深入的今天，许多农村专业经济合作组织仍然是以民间组织的形式存在，无法平等地参与市场竞争。
在基地的内部构架方面，由于农村专业经济合作组织实行农户进退自由的制度，往往会出现这样的现象：当合约价格大于市场价格时，农户觉得有利可图，便加入农村合作组织，一旦发现合约价格低于市场价格时，便觉得自己的利益受损，马上就宣布退出农村合作组织，这就导致了农村专业经济合作组织资产和成员的不稳定。这使得基地无法履行合同中规定的对农户的权力和义务，因此有些地方即使有基地的存在，但是当地农户还是“单打独斗”，基地的作用没有凸显出来。而且当基地一方违约时，公司即使向法院起诉政策建议，基地也可以以法律地位不明确为由不承担法律责任，这导致了基地的违约成本很低，加大了其违约的可能性【4】。
在基地的人员管理方面，由于基地成员的流动性和资产的不稳定性，导致基地很难在组织内部实行标准化管理、制度化运行政策，从而使基地服务农户的职能难以得到实现。由于基地几乎对农户没有实行任何约束性的制度，处于农民专业经济合作组织的农户往往都表现得很松散，农户之间的凝聚力很低，缺乏集体行动的意识，农户背离基地分配给自己的生产任务而自行决定生产的事情时有发生，这违背了基地最初组织农户统一进行生产的意愿。
因此，基地中介组织无论是在内部构架方面，还是在人员管理方面，都亟待进一步加强。
4、政策建议
为了在弥补“公司+基地+农户”生产经营模式的制度缺陷，需要一定的制度优化安排，即在不改变该模式的优势的同时，对该模式存在的缺陷进行修正以避免其所带来的不利影响。
4.1、制度优化安排存在的理论基础
该理论认为，专业化分工在产业生产过程中扮演者很重要的角色，同时专业化分工存在着进一步分工的潜力，当专业化分工进一步细化时，就可以使原有的合约安排更有利于产业的生产，在理论上，农业产业组织模式分工可以进一步进行细化和优化，使之达到一个最优状态，这是“公司+基地+农户”生产经营模式的制度优化安排存在的理论基础。
4.2、制度优化安排的具体体现方式
“公司+基地+农户”生产经营模式合约安排的完善。当合作将无限期地合作下去时，或者说任何一方的违约成本都高于其的违约收益时，任何一方追逐短期利益、背离合作的动机和行为都是不理智的，在这种情况下，双方会根据遵循经济人的假设，实施对自己利益最大化的行为，于是就会选择履约，此时，合约能够长期稳定的持续下去。因此在“公司+基地+农户”生产经营模式合约中，应加强任何一方的违约成本，具体来讲，可以引入信誉度指标，公司可以给每家参与生产的农户的信誉度评级，一旦发现某农户出现违约的现象时，立即降低该农户的信誉度级别，采取不予再次合作或与之类似的措施，使农户的违约成本提高；同时基地也可以代表农户给公司的行为进行信誉度评级，一旦发现公司有损害农户的行为发生时，也可以采取不予再次合作的措施，使公司的违约成本增加。新制度经济学认为，当某个行业所面临的竞争变得激烈时，处于合约双方的违约成本就会提高，因此增强公司和农户的竞争意识也很重要。
增强政府在“公司+基地+农户”生产经营模式的作用。政府作为一种重要的外生力量对于农业生产模式的运行起到不可忽视的作用，农业产业的发展离不开政府的参与。具体来讲，政府要健全和完善农产品市场的市场竞争法规，进一步规范农产品市场，杜绝农产品交易过程中强势一方利用自身的优势压榨弱势一方的行为发生。同时，扶持农业龙头企业的发展，鼓励农业企业实行“公司+基地+农户”生产经营模式，进行一体化经营，带动当地经济的增长，使农户的收入得以增加。