专家指出，有机肥使用效果是否良好，除了其生产企业产品本身要符合国家标准外，还涉及对用户使用方法的正确宣传引导。所以说，有机肥用的正确很关键!
有机肥效果不佳的原因有很多，主要有两大类，第一类是肥料本身的原因，第二类是使用方法的原因。
一、肥料本身的原因
1、养分
由于原材料本身养分低或发酵生产工艺原因，有些企业的有机肥发酵出来，其养分并不合格，加上有些厂连化验室都没有，一批产品就这样进入了市场。
2、pH值
在发酵过程中，pH变化较大，如果发酵过程控制不好，有可能发酵出来会发现pH在8.5以上，或5.5以下。特别是过酸的产品会导致农作物生长受阻或死亡。
3、氯离子含量
有些厂家使用氯化铵这一类含氯化肥加入到有机肥中，以提高总养分中的氮，这也是导致氯离子含量增高，影响农作物的生长。
4、含盐量
一般来说，生活污泥、厨余垃圾等原料的盐分较高，不耐盐的作物会出现黄叶、掉叶、萎蔫、死亡等现象。
5、阳离子交换量
没有腐熟的有机肥甚至是晒干就卖的粪便，其阳离子交换量极低，起不到应有的缓冲效果，相反，还会危害土壤本身的缓冲效果，造成作物生长障碍。
6、腐植酸
新鲜原料几乎不含有腐植酸，腐植酸是在有机肥发酵生产过程中不断产生的，以高温发酵(大于50℃)尤为明显。腐植酸可提高作物抗逆性，促产，促萌发。
7、小分子脂肪酸
一般来说，小分子脂肪酸存在于未腐熟的物料中，如新鲜鸡粪等。其所带来的危害是：小分子脂肪酸会抑制种子萌发，会抑制根系生长。
8、重金属
重金属会在植物中积累，最终通过食物链集中到人身上，对人造成伤害。同时重金属也会对农作物的生长造成损害。
9、有害微生物
很多厂家有机肥生产过程中，由于工艺水平原因，未能达到一定温度，大部分蛔虫卵、大肠菌群等未能大部分杀灭，这就影响了作物健康生长。
二、使用方法的原因
1、用作追肥
用户把有机肥当化肥来追肥，没能及时盖土，肥料只在土壤表面，不能与土壤充分进行接触，不能起到改良土壤的效果。
加上日晒雨淋，有益的微生物不能起作用，养分也会随水流失，有机肥的缓冲能力、疏松土壤、持水透气、保温保肥等功能也都体现不出来。
有机肥最佳方式应当配合无机肥作为基肥使用，最好与土壤进行混合，或者起码要做到有机肥不裸露在土壤表面，如沟施穴施等。
2、有机肥与作物直接接触
有些用户担心肥效不够，或想尽快见效，在使用时把有机肥与作物直接接触，这样会导致烧苗严重会死树。
3、新鲜粪便
直接使用新鲜粪便中含有大量病菌和寄生虫，直接使用会危害果树。
三、机肥的最佳使用方式则是：
化肥减量、搭配使用
在农作物施肥过程中，如果单施有机肥，虽有利于培肥地力，但肥效迟缓。而偏施化肥，而忽略有机肥的施用，往往导致土壤板结，影响土壤物理性状。
1、因此增施有机肥，减少化肥，搭配使用，能起到很好效果
2、减少养分固定，提高肥效
化肥施入土壤后，有些养分被土壤吸收或固定，降低了养分的有效性。而与有机肥混施后，可以减少化肥与土壤的接触面，减少化肥被土壤固定的几率，提高养分的有效性。
3、保蓄养分，减少流失，改善作物对养分的吸收
化肥溶解度大，施用后对土壤造成较高的渗透压，影响作物对养分和水分的吸收，增加养分流失的机会。如与有机肥搭配混用，能克服这个弊端，促进作物对养分和水分的吸收。
4、有效调节土壤酸碱度，改良土壤结构
碱性土壤单一施酸性化肥，铵被植物吸收后，剩下的酸与土壤中氢离子结合生成的酸，会导致酸性增强，土壤板结加剧。如与有机肥搭配混用，能提高土壤的缓冲能力，有效地调节酸碱度，使土壤酸性不至增高。
5、增加土壤养分，提高土壤活力
有机肥是微生物生活的能源，化肥是供给微生物生长发育的无机营养。两者混用能促进微生物的活力，进而促进有机肥的分解。土壤微生物的活动还能产生维生素，生物素，烟碱酸等，增加土壤养分，提高土壤活力，促进作物健壮生长。
总之，推广有机肥是落实科学发展观、建设社会主义新农村的重大战略举措，是促进农业增产、农民增收的重要措施，是提高农产品品质、增强市场竞争力的重要环节，用好有机肥，是发展循环经济建设节约型社会的重大行动，是减少污染、培肥地力、提高农业综合生产能力的治本措施，是降低生产成本、促进农民节本增收的重要途径。