根据我国作物种类和土壤条件，采用微生物肥料与化肥配合施用，既能保证增产，又减少了化肥使用量，降低成本，同时还能改善土壤及作物品质，减少污染。
2、绿色食品生产
生产绿色食品要求肥料必须首先保护和促进施用对象生长和提高品质；其次不造成施用对象产生和积累有害物质；三是对生态环境无不良影响。微生物肥料基本符合以上三原则。
3、环保
利用微生物的特定功能分解发酵城市生活垃圾及农牧业废弃物而制成微生物肥料是一条经济可行的有效途径。
4、改良土壤
微生物肥料中有益微生物能产生糖类物质，占土壤有机质的0.1%，与植物粘液，矿物胚体和有机胶体结合在一起，可以改善土壤团粒结构，增强土壤的物理性能和减少土壤颗粒的损失，在一定的条件下，还能参与腐殖质形成。所以施用微生物肥料能改善土壤物理性状，有利于提高土壤肥力。
生物菌肥的功效：
生物菌肥是以微生物的生命活动导致作物得到特定肥料效应的一种制品，是农业生产中使用肥料的一种。它本身并不含有大量植物生长发育所需要的营养元素，而是含有大量的有益微生物，在土壤中或植物体上通过微生物的生命活动，改善作物的营养条件、固定大气中的氮素或者活化土壤中某些无效态的营养元素，从而促进作物生长并使环境中的养分潜力得以充分发挥，为作物生长创造一个良好的土壤微生态环境。
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