近年来，农用化肥施用量逐年增加，由于施肥技术落后，化肥平均利用率30%~40%，大量流失进入水体，造成水环境污染。由于氨的挥发和反硝化脱氮对大气也造成一定的影响。此外，还导致营养失调、土壤结构破坏、促进土壤酸化、降低微生物活性。农药的过量使用是造成农业面源污染的另一个主要因素。主要农药品种包括有机磷、菊酯类杀虫剂、杀菌剂、除草剂和生物农药。国家已明令禁止的农药如DDT、六六六等已得到禁止，但是人们在生产中擅自扩大使用限时限量限作物农药（如甲胺磷、甲基对硫磷、呋喃丹等）的范围，任意加大施用量，不执行安全间隔期用药，对农业环境造成严重污染。农药利用率低，高的只有30%，一般约为10%，约90%的农药散失到农田土壤，随雨水流入河流，造成土壤和水体污染，残留在水、土壤中的农药污染农畜产品，通过食物链富集在人体内，对人体造成危害。高毒农药的施用，在杀灭害虫的同时也杀死了害虫天敌，破坏了农业环境的生态平衡。同时，害虫抗药性增加，使防治成本加大，导致恶性循环。大量废弃农膜残留在土壤中，直接影响植物根系发育，恶化土壤，对农田产生较大影响。据调查，农膜残留量达到约7.36%，平均达13.4kg/hm2。
1.2畜禽养殖业污染
畜禽养殖业占农业总产值的比重较大，约40%，但是规模化养殖程度不高，家庭散养较多。大多数养殖场没有粪便和污水处理设施。畜禽粪便通常采取自然堆放方法进行分解、发酵，最后返田。在存放过程中大量畜禽粪便因降雨径流进入水体，引起水体富营养化，或释放出以氨气、硫化氢为主的恶臭气体污染空气，范围有时可达数千米。
1.3农村生活垃圾污染
农村生活垃圾主要包括固体废弃物（主要是植物秸秆）、农村生活垃圾、农村生活污水。植物秸秆等农业固体废弃物每年的产量十分巨大，大部分没有得到充分利用。人们将其直接丢弃在田间地头，任其腐烂，或放火焚烧，其焚烧对当地大气的污染产生了较大的影响。由于农民的生态环境意识浅薄和农村基础设施落后，生活垃圾利用率极低，大部分露天堆放，不但直接传播病菌，其渗漏也严重污染了地表水和地下水。地表径流和水土流失是造成面源污染的一个重要因素。聊城市大部分县市引用黄河水浇溉土地。仅阳谷县由于长期引用黄河水，致使古河道淤积堵塞，夏天雨季到来时，雨水携带着生活污水冲毁部分道路、桥梁，致使水土流失严重，地表径流面积扩大。
2农业面源污染的控制措施
面源污染具有分布面广、排放量多、随机性强的特点，治理难度较大。若不对面源污染进行有效地控制，将会对整个农业、特别是对南水北调流域水环境质量造成较大影响和威胁。同时，控制面源污染是一项长期性的、复杂的、艰巨的系统工程，必须与生态建设和环境保护有机结合，采取有效措施，控制、削减面源污染物的排放总量，才能达到预期的目标。
2.1化肥污染控制
2.2农药污染控制
2.3人、畜、禽粪尿污染控制
人、畜、禽粪尿污染控制，首先要做好粪尿的收集，粪便的存放要设专门的防渗存放池，周围设围堰，池上要搭建防雨棚，避免雨淋形成径流，对地表水造成污染，或污水下渗，污染地下水。人、畜、禽粪便的最佳处理方法是池气厌氧发酵。沼气厌氧发酵是减轻或消除农业面源污染的有效途径。特别是大、中型集约化养殖场或集中养殖区，建设大、中型沼气发酵工程，是实现无害化、无污染生产的可行途径。小型养殖场或养殖户可发展猪（牛、羊）—沼—菜、猪（牛、羊）—沼—果、猪（牛、羊）—沼—渔等种植、养殖和沼气“多位一体”的生态家园建设。
2.4加快面源污染控制体系建设
为了准确、全面地了解聊城市的面源污染情况，及时掌握境内水源、水质和南水北调流域水环境质量的现状及变化趋势，控制南水北调流域的其他水系汇入输水主渠道，必须大力加强面源环境监测能力建设，努力提高监测能力，及时、准确地为水环境管理提供详实可靠的科学依据。同时，在重点投资项目区，各级农业环境监测部门要建立起一支机动性强、效率高的事故应急处理快速反应体系队伍和一个监测功能齐全的实验中心，以应对突发性污染事故的发生。