1、颁发部门不同。卫生许可证由卫生行政部门颁发，生产许可证由报质量技术监督局颁发。
2、适用范围不同。卫生许可证：根据2005年12月卫生部印发的《食品卫生许可证管理办法》，“任何单位和个人从事食品生产经营活动，应当向卫生行政部门申报，并按照规定办理卫生许可证申请手续；经卫生行政部门审查批准后方可从事食品生产经营活动，并承担食品生产经营的食品卫生责任。”生产许可证：适用于企业发证、换证、迁址、增项等的生产许可证申请。集团公司与其所属单位一起取证的，集团公司与所属单位分别填写《生产许可证申请书》。
3、从属法律不同。《食品安全法》第二十九条规定，国家对食品生产经营实行许可制度。从事食品生产、食品流通、餐饮服务，应当依法取得食品生产许可、食品流通许可、餐饮服务许可。生产许可证受《中华人民共和国工业产品生产许可证管理条例》管理约束。
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