一、“两证”合一后，许可证将如何发放？
按照《种子法》要求，实行种子生产和种子经营“两证”合一，是种子生产许可和经营许可的实质合并。种子生产经营许可证由种子企业注册所在地农业主管部门按权限核发，其余种子生产地、种子销售地无需重复核发同类型许可证。《许可办法》将许可证分为主证、副证，主证注明许可证编号、企业名称、统一社会信用代码、住所、法定代表人、生产经营范围、生产经营方式、有效区域、有效期至、发证机关、发证日期等事项；副证注明生产种子的作物种类、种子类别、品种名称及审定(登记)编号、种子生产地点等内容。主证、副证是一个有机整体，副证载明的作物种类和品种不得超越主证规定的生产经营范围。
二、许可证副证应当如何变更？
为落实简政放权、方便申请人，《许可办法》提出：在有效期内变更副证载明的生产种子的品种、地点等事项的，应当在播种三十日前向原发证机关申请变更并提交相应材料，申请材料齐全且符合法定形式的，原发证机关应当当场予以变更登记。考虑到各地行政审批改革进展不一，对确实不能当场变更的，发证机关应当坚持从简从快的原则，可进一步细化副证变更程序。省农牧厅印发了《省级核发农作物种子生产经营许可证办事指南》的通知(甘农牧办发〔2016〕66号)对省级核发农作物种子生产经营许可证副证变更做出了明确规定，简化了办理程序。
三、许可证载明的“有效区域”主要是指什么？
考虑到我国种子生产尤其是杂交制种多为异地制种的实际情况，限制种子销售区域客观上不利于现代种业发展，为加快形成全国统一大市场，《许可办法》规定：一是种子生产经营许可证载明的有效区域是指企业设立分支机构的区域；二是种子生产地点不受种子生产经营许可证载明的有效区域限制，由发证机关根据申请人提交的种子生产合同复印件及无检疫性有害生物证明确定；三是种子销售活动不受种子生产经营许可证载明的有效区域限制，但种子的终端销售地应当在品种审定、品种登记或标签标注的适宜区域内。四、如何申办育繁推一体化许可证？
根据《种子法》和《许可办法》规定，育繁推一体化许可证的审核机关由省级农业主管部门调整为县级农业主管部门，核发机关由农业部调整为省级农业主管部门。同时，考虑到其许可证全国有效，在许可核发前要求在中国种业信息网统一公示，公示期为5个工作日。公示内容包括企业名称、住所、法定代表人、生产经营范围等。
同时，根据《许可办法》第三十二条规定，***控股子公司的科研育种、生产、加工、检验、贮藏等设施设备以及自有品种，可以作为母公司申办育繁推一体化许可证的条件。同时，为推动企业兼并重组、避免同业竞争、做强育繁推一体化企业，凡是母公司取得了育繁推一体化许可证的，其***控股子公司不可重复利用上述办证条件申请办理种子生产经营许可证；其***控股子公司也不得申领与母公司同类作物的育繁推一体化许可证。
五、外资企业许可证如何办理？
《种子法》第六十二条规定，***建立种业***安全审查机制；境外机构、个人投资、并购境内种子企业，或者与境内科研院所、种子企业开展技术合作，从事品种研发、种子生产经营的审批管理依照有关法律、行政法规的规定执行。
外商投资企业申请领取育繁推一体化种子生产经营许可证，应当先取得农业部核发的种子生产经营许可证(F证)，再到企业所在省份申请领取育繁推一体化种子生产经营许可证(A证)。六、转基因棉花如何办理许可证？
农业部于2016年9月18日对《转基因棉花种子生产经营许可规定》进行了修订，实行两证合一、取消注册资本和固定资产等要求。转基因棉花种子生产经营许可证，由企业所在地省级农业主管部门审核，农业部核发。与其他种子生产经营许可证不同的是，转基因棉花种子生产经营许可证在受理审核前，需征得种子生产所在地省级农业主管部门书面同意；同时，由于转基因种子生产涉及转基因安全问题，因此其主证、副证变更不实行简易程序，仍按原程序申请、受理、审核、核发。七、鲜食、爆裂玉米如何办理许可证？
《许可办法》第三十五条规定：“申请领取鲜食、爆裂玉米的种子生产经营许可证的，按非主要农作物种子的许可条件办理”，但办理程序不变，按《许可办法》十三条有关规定执行。由于鲜食、爆裂玉米属主要农作物，因此申请领取鲜食、爆裂玉米的种子生产经营许可证的，除品种条件外，可按非主要农作物种子(D证)的许可条件办理，生产经营的品种应当通过品种审定。如果申请的鲜食、爆裂玉米属于常规种的，按照主要农作物常规种子许可证(C证)核发的品种条件，应当具有1个以上该类审定品种。如果申请的鲜食、爆裂玉米属于杂交种的，按照主要农作物杂交种子及其亲本种子许可证(B证)核发的品种条件，应当具有自育品种或作为***选育人的审定品种1个以上，或者合作选育的审定品种2个以上，或者受让品种权的品种3个以上。
八、非主要农作物如何办证？
《种子法》第三十一条规定：“只从事非主要农作物种子和非主要林木种子生产的，不需要办理种子生产经营许可证”。新《种子法》延续了原《种子法》对于非主要农作物可不申办种子生产许可证的规定，其立法本意在于强调种子基地监管的重心在主要农作物。《许可办法》第十三条规定：“从事主要农作物常规种子生产经营及非主要农作物种子经营的，其种子生产经营许可证由企业所在地县级以上地方农业主管部门核发”。此条规定，并没要求只从事非主要农作物种子生产的，办理种子生产经营许可证。同时，根据新《种子法》要求，种子生产许可证和种子经营许可证实行“两证”合一，实质合并，不再按生产或经营单独核发许可证，因此，凡是从事种子经营的，无论是主要农作物或是非主要农作物，都应当申办种子生产经营许可证。申办非主要农作物种子生产经营许可证的，也应提交种子生产相应材料，并考虑到保护生产经营非主要农作物种子的商业秘密，办法规定，副证将其种子生产地点标注至省级行政区域。九、申领许可证需要什么品种条件？
1、主要农作物常规种子生产经营许可证(C证)或非主要农作物种子的生产经营许可证(D证)。《许可办法》第七条规定：“生产经营主要农作物常规种子的，生产经营的品种应当通过审定，并具有1个以上与申请作物类别相应的审定品种；生产经营登记作物种子的，应当具有1个以上的登记品种”。此条并没有要求“自育”或“受让品种权”。鉴于我国主要农作物常规品种和非主要农作物品种尚未完全保护，当前业界普遍认可品种选育单位，因此，申办许可证的种子企业，或者为品种选育人，或者与品种选育单位签订***生产经营协议，无论该品种是否保护，均可认为符合该类型种子生产经营许可证的品种条件。在《非主要农作物品种登记办法》未出台实施前，或者申请生产经营的作物尚未纳入非主要农作物登记范围的，可暂不要求非主要农作物生产经营企业具有相应的品种条件。在《非主要农作物品种登记办法》出台后，纳入非主要农作物登记目录的，必须严格执行企业具有1个以上登记品种的要求。
2、主要农作物杂交种子及其亲本种子生产经营许可证(B证)。《许可办法》第八条规定：“生产经营的品种应当通过审定，并具有自育品种或作为***选育人的审定品种1个以上，或者合作选育的审定品种2个以上，或者受让品种权的品种3个以上”。此条规定明确列出了品种条件的3种情形，为并列关系，只要符合其中1项情形即可。关于“受让品种权的品种”，此品种必须是已经并正在有效保护的具有植物新品种权证书的品种，也必须通过审定，申办许可证的种子企业必须与品种权单位签订***转让协议，可不要求变更品种权保护证书。
3、育繁推一体化种子生产经营许可证(A证)。《许可办法》第九条规定：“生产经营主要农作物种子的，生产经营的品种应当通过审定，并具有相应作物的作为***育种者的***审定品种3个以上，或者省级审定品种6个以上(至少包含3个省份审定通过)，或者***审定品种2个和省级审定品种3个以上，或者***审定品种1个和省级审定品种5个以上。生产经营杂交稻种子同时生产经营常规稻种子的，除具有杂交稻要求的品种条件外，还应当具有常规稻的作为***育种者的***审定品种1个以上或者省级审定品种3个以上。生产经营非主要农作物种子的，应当具有相应作物的以本企业名义单独申请获得植物新品种权的品种5个以上”。此条规定，生产经营主要农作物种子的，必须以办证企业名义审定的自育品种或作为***育种者的品种；生产经营非主要农作物种子的，必须以办证企业名义单独申请的保护品种。转让品种权的品种，不能作为育繁推一体化办证的品种条件。
十、申领许可证需要什么人员条件？
主要包括两类人员，一是专业技术人员，包括种子生产、加工贮藏、种子检验、科研育种等专业人员，这些人员是《种子法》规定的办证条件，但取消了对这些人员的资格考核。专业人员由企业根据岗位设置自行安排。申办许可证时，申请企业提供企业缴纳的社保证明复印件，不再要求提供劳动合同。关于社保证明，只要符合法律法规和有关政策的要求即可，由企业查询打印并加盖社保部门印章。
二是企业法定代表人和高级管理人员，要求提供人员名单及其种业从业简历。《种子法》第七十五条规定，因生产经营假种子犯罪被判处有期徒刑以上刑罚的，种子企业或者其他单位的法定代表人、直接负责的主管人员自刑罚执行完毕之日起五年内不得担任种子企业的法定代表人、高级管理人员。第七十六条规定，被吊销种子生产经营许可证的单位，其法定代表人、直接负责的主管人员自处罚决定作出之日起五年内不得担任种子企业的法定代表人、高级管理人员。
十一、如何做好备案管理？
新版种子生产经营许可管理系统启用同时，旧版系统并行使用。种子生产经营许可证的申请、受理、审核、核发、打印以及原有许可证有效期内的生产经营许可信息填报等业务，在新版系统中统一进行，原许可证在有效期内变更等业务，在旧版系统中办理。
十四、农民自留种串换有何限制？
为了保护农民利益，规范种子市场秩序，《种子法》第三十七条规定，农民个人自繁自用的常规种子有剩余的，可以在当地集贸市场上出售、串换，不需要办理种子生产经营许可证。与原《种子法》相比，增加了“当地”二字。因此，《许可办法》对农民个人、串换区域、串换数量作了进一步明确。农民个人应当为以家庭联产承包责任制的形式签订农村土地承包合同的农民；当地集贸市场应当为农民个人所在乡(镇)区域；同时，其出售、串换的种子数量不应超过其家庭联产承包土地的年度用种量，从而进一步规范农民自留种串换行为。违反规定出售、串换种子的，视为无证生产经营种子。