二是设施农用地供给不足、管理弹性不够。一方面农业产业发展需要仓库、场地及管理用房等；另一方面，栽培模式的创新发展和智能化设施装备的广泛应用也需要硬化部分土地，但设施农用地供给相对不足。以花卉生产为例，上海花卉产业前途光明，现代化花卉生产需要硬化土地，但现有农业用地政策不准硬化，而设施农用地备案指标有限，严重制约了花卉产业旺盛发展。
农业产业被误认为主要污染源
从全市面上来看，对农业环保工作的理解和对农业污染源的认定，存在严重的认知误区，已经阻碍了农业产业正常、有序、可持续发展。
在养殖业领域，由于存在认识误区，畜禽养殖和水产养殖在环保治理中常遭“诟病”，往往简单地将养殖业作为污染源搞“一刀切”，进行取缔、关停、禁止或限制，在一定程度上导致畜禽养殖业的加速退养，水产养殖业也是如此。将养殖业简单地归为“污染源”是欠科学的，搞“一刀切”更不可取，合理规划养殖业空间布局，科学利用畜禽粪污制成的有机肥，不但不会造成环保问题，还可以变废为宝，成为农业循环发展、绿色发展的重要支撑。养殖业“受伤”，也影响了种植业生态循环发展和地力改善。
在种植业领域，随着近年来化肥农药使用量逐年减少，从耕地质量调查结果来看，全市耕地地力稳中有升，土壤重金属污染风险较小。但对标上海绿色农业发展的目标来看，耕地质量总体状况仍待改变，绿色防控技术有待提升，种植户用地养地意识普遍缺乏，农业面源污染问题不容忽视，仍然过分依赖化学农药和化肥，土壤酸化趋势明显、设施土壤次生盐渍化较重、耕作层变浅和板结现象较为突出，持续推进减肥减药工作任重道远。农业环保问题，根本上需要通过现代技术的手段来解决，通过科学、合理、到位的约束机制来解决，从促进可持续发展角度考虑，简单采取禁止、退养等做法不可取。
产业环境束缚农业产业高质量发展
一是农业经营主体“小、散、乱”问题有待突破。目前，全市农民专业合作社空壳化、不规范的现象比较严重，各类农业经营主体“小、散、乱”现象较为普遍，综合能力不强，生产主体的组织化、规模化程度偏低。以特色农产品优势区为例，从事经济作物生产的农业企业、家庭农场、合作社、园艺场、种植大户等生产经营主体规模化种植（经济作物10亩以上，其中果树为30亩以上）面积为2.67万亩，散户种植面积为3.93万亩，规模化生产经营占比为40.47%。由于分散生产经营，产品相对单一、总量较小，生产主体与市场衔接不足等，阻碍着品牌化建设和产业融合发展的进程。各类主体间没有形成强有力的联合与合作，难以形成品牌效应，导致农业综合效益较低。
二是农业产业体系有待进一步建立健全。近年来，本市在地产农产品产销对接方面作了一些有益尝试，形成了从“卖稻谷”向“卖大米”转变的成功做法，但全市通过这一方式销售的大米数量不多，生产主体的参与度不高；蔬菜田头交易的比重依然较大，采用订单农业生产量依然较小。农产品附加值仍处在较低水平，农业产业体系还存在资源环境匹配度不高、流通体系效率不高、低端农产品过剩和高端优质农产品供给不足并存等问题，亟待建立健全覆盖全产业链的农业产业体系。
三是项目扶持重点有待进一步聚集。自2016年市级项目管理权限下放到各区后，项目扶持重点未聚焦在原已形成的特色产业上，而分散于茶叶、芝麻、荷花、灵芝等非优势产业，项目规模偏小、过度分散、总数偏多现象至今并无改观，资金使用“撒胡椒面”现象严重，不利于农业产业集群式发展，也不利于形成规模化、集约化、现代化的农业发展之路。
融合发展尚处初级阶段，农民增收遭遇瓶颈
一是产业融合发展的创收能力低。以往上海农民增收主要靠就业工资性收入、转移性收入、财产性收入和其他经营性收入等，现在已不可持续。各区农业产业融合发展尚处于初级阶段，休闲、旅游、农家乐餐饮、民宿等配套设施不足，农民收入仍主要依靠农业初级产品，农民增收遭遇瓶颈。以金山区吕巷水果公园为例，公园每年可吸引游客超100万人次，但通过发展旅游业给当地带来的增收极为有限，相反却增加了交通、环境等压力。
二是仍然缺少促进产业融合发展的可落地性政策。作为国际化大都市，上海农业势必要走融合发展之路，但推进过程还存在诸多障碍。就民宿发展而言，目前全市虽然已经制定了乡村民宿发展指导意见，但尚缺乏全市统一的民宿发展规划和行业评级标准，导致服务水平参差不齐，日常监管不力。还有相当一部分民宿尚未取得合规证照，处于“黑户口”状态。另外，在对休闲农业试点项目调研中，反映比较集中的问题是乡村建设项目的审批管理照搬城镇项目的技术规范进行审核和报批，如绿化覆盖率、停车位面积、消防供水、供电配置、建筑高度、装配式建筑等，急需制定乡村建设导则，明确乡村建设项目审批规范。
务农人才匮乏，农业机械化现代化水平偏低
目前，各涉农区农业产业发展仍然受限于农业从业人员匮乏、年龄老化，新型职业农民力量不足等问题。农业从业人员中，50岁以上者占大多数。以粮食生产功能区农业从业人员为例，从事粮食生产的劳动力人数为53746人，平均年龄为57.69岁，其中平均年龄最高的是崇明，为60.88岁，松江最低，为48.8岁。经济作物生产、蔬菜生产领域老龄化问题更为突出，普遍超过60岁。农业从业人员结构失衡，新理念、新技术、新模式推广运用受限，阻碍了都市现代绿色农业发展。除水稻生产机械化水平较高外，水果、鲜食玉米等用工量大且相对集中的特色经济作物生产机械化水平偏低、替代不足。这种青黄不接和落后生产力水平的状况必须引起高度重视。
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