按照现行政策规定：“纳税人购进农产品，从按照简易计税方法依照3%征收率计算缴纳增值税的小规模纳税人处取得增值税专用发票，以增值税专用发票上注明的金额和9%的扣除率计算进项税额。”那么，纳税人应当如何办理纳税申报呢？我们用一个案例来进行解析:
西安金周建筑有限公司，增值税一般纳税人，2024年6月从靓丽农业公司（增值税小规模纳税人）处购进苗木，取得3%的增值税专用发票1份，金额为：600000元，税额为：18000元。
第一步，先计算应抵扣进项税额，应抵扣进项税额为：600000×9%=54000元。
第二步，在7月份办理纳税申报时，点击【电子税务局】——【我要办税】——【税务数字账户】——【发票勾选确认】——【抵扣类勾选】——【待处理农产品发票】——【从小规模处取得3%农产品专票】——选择【按票面金额和基础扣除率计算抵扣】。
第三步，申报表填写：在“增值税及附加税费申报表附列资料（二）本期进项税额明细”——“三、待抵扣进项税额”列——“项目”——“（二）其他扣税凭证”——“农产品收购发票或者销售发票”第31栏次对应的右侧行次里面依次填写份数（1）、金额（600000）、税额（18000）。
第四步，继续申报表填写：在“增值税及附加税费申报表附列资料（二）本期进项税额明细”——“一、申报抵扣的进项税额”列——“项目”——“（二）其他扣税凭证”——“农产品收购发票或者销售发票”第6栏次对应的右侧行次里面依次填写份数（1）、金额（600000）、税额（54000）。
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