1、股权结构不完善，经营管理水平的不高
2、管理体制不顺，制约了农村信用社的发展
3、金融法律和政策不完善，缺乏有力的宏观保障和支持
我国农村信用社经过近50年的发展演变和15年的改革尝试后，仍然没有促使合作金融法的出台，这就说明我国农村信用社体制改革的理论研究和实践探索还没有为政策法规准备一个统一而有效的标准。我国合作金融法规的缺乏，又使农村信用社的改革探索的空间更大，加之我国地域辽阔，经济发展水平差距大，东部发达地区的农村已经出现城乡一体化，农村信用社的经营规模不仅超过商业银行，而且技术手段和人员素质也与商业银行并驾相当，这就使我国农村信用社今后的改革模式可能出现多样化。然而，缺乏法律支撑的农村信用社在经营管理过程中，特别是在需要法律诉讼时，由于缺乏专门的法律来维持自己的合法权益，因此出现大量“悬空”农村信用社金融资产和债务的现象。这些“失信”现象的大量出现，对我国农村的社会信用状况和金融安全都带来了极其严重的危害。
4、人员素质参差不齐，信贷资产质量低
目前农村信用社普遍存在着信贷资产质量低，信用社自身效益受阻的情况。其主要原因：一是信贷管理偏松，风险防范制约措施不健全，粗放经营，发放贷款不坚持“三查”制度，而是凭经验和主观臆断，造成放款“先天不足”形成风险。二是贷款保障制度不落实，约束力不强，依法管贷意识淡薄，订立借款合同要素不全，抵押担保贷款流于形式，失去法律时效。三是信贷人员业务素质低，不适应新时期贷款管理的要求，不能实事求是地做好市场预测和项目评估考察论证.信贷决策失误，重放轻管，人为的给信用社造成经营损失。四是随着市场经济的发展，不少企业因应变能力差，经济效益低而关停、倒闭，还有的企业借改制和破产之机甩信用社的债务包袱，致使信用社的资产质量每况愈下，严重危及信用社的生存和发展。
二、农村金融体制改革势在必行
农村信用合作社作为服务“三农”的金融机构，后退撤销显然偏离方向，但不改革就没有出路。近年来，我国农村金融体制加大力度分类推进农村信用社的微观体制改革。目前农村信用合作社的现有形式可以作出以下几种改革的备选方案：第一种方案是把经济发达地区农村信用社改为股份银行。第二种方案是自进入2000年后，在中国人民银行的推动下，农村信用社领域进行了三种模式的试点：第一模式指在原有农村信用社框架内进行重组，即2000-2001年进行的以县为单位统一法人、组建省联社为标志的江苏模式；第二种是股份制模式，即2001年江苏省在信用社基础上改组成立的常熟、张家港、江阴三市农村商业银行，即农村合作银行模式；第三种就是跳出农村信用模式，即结合金融准入政策的调整，允许城市商业银行、股份制商业银行甚至国外农村信用社，对被收购的农村信用社降低营业税，以此为基础，使存贷比例达到一定水平，贷款的较高百分比用于支持农业、农村和农民。代表这一模式的是2003年4月在农村信用社基础上改组的浙江鄞州农村合作银行试点模式。
1、目前三种改革模式选择的利弊分析
①农村信用合作社向县一级法人的过渡模式，只能算是一种次优选择。实行县一级法人体制后的农村信用社，仍然沿袭的是农村信用社原有产权结构形式。同时农村信用社实际上是依靠政府的隐形担保而生存，政府通过中央银行实施的监管，现实地演变成为一种行政干预，农村信用社基本上蜕变成“准国有”银行机构。在这种情况下，中央银行主导下的对作为“准国有”组织的农村信用社的改组，实际上仅是“准国有”组织内部的改组。这种结构内的修修补补，不是有利于产权明晰的重组过程，也不是把现行农村信用社进一步推进规范化的合作制的过程。这个过程的实现，没有完成对农村信用社准国有金融机构性质的改变。
②苏南模式。苏南三市农村信用社，改制为股份制农村商业银行，在明晰产权、强化约束机制和增进绩效等方面的成效比较明显，但是也有一定缺陷。因为如果在全国范围内统一对农村信用社进行股份制改造，在经济欠发达地区必将产生农村金融抑制，作为弱质产业的农业和农村中小型企业，在信贷的效益选择机制面前，必然受到歧视，金融支持不足。同时这种模式并没有解决农村信用社在经营过程中存在的多元目标的冲突问题，中央要求支持“三农”，地方要求获取利润，监管部门要求防范金融风险，农村信用社自身则要生存。这些目标在实现过程中难以保持一致，缺乏准确的经营目标，造成农村信用社经营思想混乱和经营者的投机问题。在这种多重目标的冲突中，地方政府常常通过行政干预获得地方利益，同时向农村信用社转移成本，然后是农村信用社通过问题暴露把成本汇总，形成不良资产和经营亏损，再把这个风险包袱转移给中央，中央通过履行贷款人的职能或某种形式的补贴化解农村信用社的风险，从而增加了成本。
③浙江经验模式。浙江宁波鄞州农村合作银行的股份合作制模式，尽管能够实现追求一定盈利和为社员服务并举，对中国农村大部分地区而言均是一种可行的金融制度设计，但是实行股份合作制后，由于自然人股东众多，股权分散，他们对农村信用社的所有权难以体现，这表明农村信用社所有者缺位的弊病仍不能有效避免。
三种模式各有利弊，已在我国农村作初出尝试。但是否就一定能适合我国广大农村的金融体制改革，还需要结合本地的实际进行推广，还需要一定的实践检验，才能得出结论。总之，农村信用合作社改革大势已定非改不行。
2、农村金融机构改革的关键是体制问题
农村金融不改革不能适应社会主义市场经济的发展要求，不能从根本上解决为“三农”服务的问题。但改革是有风险的。“三种模式”选择与推行并在各省少数县试点仍然暴露出许多问题：
①农村信用社普遍存在产权不清晰、治理结构不完善的问题
农村信用社的产权在一开始就没有得到清晰的界定，全体社员对他们出资组建的信用社只有名义上的、模糊的亲权归属关系，事实上产权是由国家控制的。所有权不清晰导致农村信用社指望政府会对一切不良货款承担最终责任。其实这是不现实的。
②货款利率浮动机制仍然不活
农村信用社浮动利率改革范围较小、力度不够，离预期目标还有距离。首先从范围上看，迄今为止，信用社浮动利率改革试点虽然在前些年县（市）（联）社的基础上，进一步扩大到省各选择1-2县（市）进行试点，就2000多个县市来说，试点县（市）所占比例只有百分之几。其次，存贷款利率仍然比较小，与农村民间金融的存贷利率仍有很大差距。其三，在信用社改革的大多数试点中，试点范围仍然只限于设在乡镇的营业网点，而位于县城所网点往往不属于试点范围，因此直接限制了浮动利率改革的效果。从另一方面浮动利率改革，实际上并没有有效制约农村资金的流失。其四，农村信用社的改革从根本上限制了浮动利率改革的成效。由于农村货款金额小风险大，相应的贷款成本也高，因此这个浮动范围还不足以使商业性机构获得合理的资金回报以弥补其成本。对货款利率的严格限制，给货款人造成的损失越来越大，并且也最终带来了负债。
③农村金融机构内部结构失衡，非正规信贷遍地开花，但没有获得应有的地位
3、当前农村信用合作社体制改革的几点设想
农村信用合作社是我国金融机构中的一条小船。它的生存空间依靠的是农村点多线长、网络密布，贷款额小而灵活。暂时处于“死不了，活不旺”的位置。我们不能一味地给它贴上“国有”准字号的标签让它在金融风浪里碰下去。从发展方向上看，市场经济的发展必然要求多元的融资渠道。除人民银行以外，其他各行都是商业性质的银行，农村信合组织也不列外，新生的民营银行也将产生并大踏步地参与竞争。为此，农村信合的改革与其迟改不如早改、与其小改不如大改。只要认准服务“三农”这个方向。打破思想上的“花瓶”，从管理体制上入手，明晰产权关系，强化监管服务，具体有如下几点设想：
①所有的农村信用社应当姓“农”、为农
鉴于一半以上农村信用社已经资不抵债，已经成为地方政府和农民头上的沉重负担，扶持、挽救它们还不如对它们实行“安乐死”或者破产，或者拍卖，由民间资本接管，改造成为农村服务的社区银行。即使少数仍在赢利的农村信用社，也要彻底改制，吸收民间资本入股或由民间资本控股。改农村信用社应当变“官办”为“民办”，实现真正的体制创新，达到一个新的水平，彻底解决农村信用社普遍存在的所有权不清晰、法人治理结构不完善、管理水平较差等问题。
②通过加强对金融中介的监管、放松利率管制等措施，创造一个促进乡村金融市场发展的有利环境。使想贷款、敢贷款的农民贷得了款。使想得利的大胆融资，权责分明，风险共担。
③重新对农业银行、农业发展银行和农村信用社及邮政银行进行功能定位和调整，建立一个更完善、更有活力的真正为“三农”服务的农村金融体系。
④建立农村多元化的金融服务体系
农村经济发展的多元化要求金融服务的多元化。商业金融、政策性金融和社区金融组织、民间金融同时并存才有可能满足农村经济发展所必需的多样化的金融需求。深化农村信用社改革重要的是解决两个问题：一是产权关系；二是管理体制。考虑到农村经济发展的不平衡，各地信用社的经营状况差异较大，要按照股权结构多样化、投资主体多元化原则，根据不同地区情况，分别进行股份制、股份合作制和完善合作制的试点。把农村信用社逐步办成由农民、农村工商户和各类经济组织入股，为农村经济发展服务的社区性地方金融机构。同时，也要因地制宜地确定农村信用社的组织形式。包括在经济比较发达、城乡一体化程度较高、信用社的资产规模较大且已商业化经营的少数地区，可以组建股份制或股份合作制银行机构；在人口相对稠密或粮棉商品基地县，可以县为单位将农村信用社和县联社各为法人改为统一法人；其他地区可在完善合作制的基础上，继续实行乡镇农村信用社、县联社各为法人的体制；加大对高风险农村信用社的兼并重组，对少数严重资不低债的，可考虑予以撤销。
农村信用社改革要坚持服务“三农”的经营方向，即使是实行了股份制改造的机构，也要根据当地农村产业结构状况，确定一定比例的资金用于支农，其信贷资金大部分要用于支持本地区农业和农民。需要强调的是，上级金融监管机构不是直接干预农村信用社的业务经营活动，而只是间接的、宏观的管理，防止出现金融秩序混乱。
4、农村信用合作社改革的目标定位
①明晰产权：让农民真正成为信用社的主人
产权关系是农村信用社改革的核心和基础。以前信用社的产权在表面上是明确的，一般认为是“法人产权”，由广大农民、乡镇个私企业入股组成。但实际上，法人产权是一个模糊不清的概念，导致产权边界不明确，产权监护人不落实、不固定等情况。这样一来，入股农民对产权的使用权、让渡权、处置权和收益权等都受到各种禁止或限制。
以法人为单位改革信用社产权制度，解决信用社“谁出资、谁管理、谁负责”的问题，这是信用社改革的关键。我国各地经济发展水平不一，信用社的经营状况又千差万别，因此，信用社产权改革要按照股权结构多元化、投资主体多元化的原则，完善信用社法人治理结构，使信用社真正成为自主经营、自我约束、自我发展、自担风险的市场主体，让农民真正成为信用社责权利相结合的主人。
②理顺体制：让农民的利益得到保护
③强化服务：让农民切实享受金融服务
事实上，近年来各地信用社积极开办农户小额信用贷款和农户联保贷款，将信用社支持重点转向广大农户发展生产、改善生活，加大对农民和农业的信贷投入，在支持“三农”经济发展中发挥了重要的、不可替代的作用。但是，与广大农民群众的需求和农村经济发展的需要相比，信用社在服务方式、融资渠道和服务手段等方面还有很大差距，农民贷款难的问题在少地区还不同程度地存在。
农基信用社改革的最终目的，就是要让信用社为广大农民提供有力的金融扶持，增加支农投入，帮助农民发展生产增加收入，促进农业和农村经济发展。对农户小额信用贷款利率不上浮，个别风险较大的可小幅上浮，对受灾地区的农户贷款，还可适当下浮。这对于广大农民来说，无疑是利好消息。还要在大力推广小额信用贷款等各种行之有效的支农服务做法和经验的同时，进一步加大支农资金投放力度，合理确定贷款投向，支持农民发展生产，促进农村产业结构调整；进一步拓宽支农服务领域，创新服务品种，增加服务手段让信用社真正成为亿万农民脱贫致富奔小康的好帮手。
三、农村信用合作社体制改革实践中应注意的问题
尽管信用社改革已经由试点向广大农村推行并已取得了初步的成效，但要达到理想的目标，还需作长期性的制度安排和改革实践的检验。
1、建立存款保险制度，增强合作信用度
根据信用合作社经营规模小，抵御风险的能力弱的特点，为了维护入股社员的利益，同时也是为了保护存款人的利益，依照国际惯例有必要由国家出资成立存款保险公司。这种存款保险机构属于不以营利为目的的政策性保险公司，可以按照信用合作社的存款额收取保费，对经营不善的信用合作社可以采用借款等方式给予救助，对依法破产的信用合作社的存款依照标准给予理赔。
2、完善农村信用合作社的税收政策
信用合作社是弱势群体的联合，国家有责任，也有义务对其进行政策扶持。建国后一直到1986年前我国对信用合作社一直是免征营业税的，1986年以后基于当时的农村信用合作社已经成为当时农业银行的基层组织，国家开始对农村信用合作社征收营业税，税率5%。1997年3月上调为8%，后来财政部又规定从2003年1月1日起，对改革试点地区农村信用合作社按3%的税率征收营业税。要通过税收政策的扶持，使农村信用合作社能够早日走上健康的发展道路。
3、加强农村信用合作社的外部监督机制
4、加快农村信用合作金融立法
根据我国《立法法》的规定：涉及基本经济制度以及财政、税收、海关、金融和外贸基本制度的事项只能制定法律。合作金融是一种独立于国家金融、商业金融、政策性金融的一种基本的金融组织形态，对其理应由立法机关制定法律来规范和保障。而信用合作社的性质、经营宗旨、服务对象、组织管理体系、内部控制等与商业银行是有很大差异的，将信用合作社定位为企业法人，等同于其他商业金融机构来统一用《商业银行法》规范也是不合适的。因此，必须尽快制定适合我国国情的《信用合作社法》，以保障我国信用合作社在法制的轨道上健康发展。
5、培养较高素质的信贷人员是实现同行业竞争的根本
6、强化贷款管理，规范信贷运作行为，防范和化解金融风险
农村信用社要树立“资产质量第一”的观念，把资产质量视为生命线，向提高资产质量要效益。第一，树立风险意识，增强风险观念。要切实提高对新形势下信贷风险防范和化解工作的再认识.因为在市场经济条件下，由于多种因素的作用，信贷资金在参与社会再生产进程中，存在着不同程度的偶然性和不确定性，偶然性和不确定性越大，风险发生的可能性就越大，这是市场经济运行的必然。也就是说，只要有贷款业务发生，就有信贷风险存在，特别是随着农村信用社业务的不断发展和贷款投放量的增加，发生风险的可能性越来越大。所以，要增强农村信用社自求平衡，自担风险及在市场经济中生存发展的危机感和紧迫感，牢固确立信贷资产质量是信用社业务经营的生命线，将信贷资产的风险防范和化解工作列为重要议事日程常抓不懈。第二，要做好信贷风险化解工作减少风险损失。对目前已经形成的贷款风险，信用社要千方百计采取措施加以缓解和处理。一是要对现有信贷资产进行清理，实事求是地反映资产占用形态，落实债务，补办补齐有关贷款手续，特别是要加强对一逾双呆贷款的监控和管理，力争使现有的存量贷款都具有法律时效，最大限度地保全信贷资产。
我国已经加入WTO，中国金融市场已经逐步全面开放，外资金融机构将逐步以同等国民待遇的身份，进入中国金融市场。让我们真的感觉“狼来了”。由于外资金融机构拥有雄厚的资金实力、先进的技术设备、灵活多变的市场经济管理经验，一方面会对我国金融机构的生存与发展构成严重威胁，但另一方面，它们的到来，也将给我国金融业带来更多的竞争活力。面对竞争，农村信用社应该按照现代金融体制改革的要求，努力提高自身实力，在竞争中求得发展。作为一繁重而复杂的系统工程，农信社改革任重道远，也就注定了改革过程中必然充斥着现实与传统的冲撞，习惯与创新的承接，甚至是一次次的试过重来，改革充满艰辛，还有一段很长的路要走，并必须走下去。