与2002年已登记产品所用的41个菌种（主要有枯草芽孢杆菌、胶冻样类芽孢杆菌、巨大芽孢杆菌、圆褐固氮菌、细黄链霉菌等，并且以细菌为主）相比，经对目前（截止2012年12月）国家登记的1542个微生物肥料产品进行统计，使用菌种共有140多种，包括细菌、放线菌、真菌、酵母菌等(表3)。
常见微生物肥料用菌介绍：
1、竞争作用
竞争方式：主要包括营养竞争和位点竞争。
营养和空间位点的竞争是指存在于同一微小生物环境中的两个或两个以上微生物之间争夺这一环境内的空间、营养、氧气等的现象。
枯草芽抱杆菌具有较强的竞争和定殖能力，从而抢占病原菌的侵染位点，消耗其周围养分，阻止和干扰病原菌对植物叶面和其他器官的侵染，起到防病抑菌的作用
2、抗生作用
抗生作用是指拈抗微生物通过产生代谢产物在低浓度下就能够对病原微生物的生长和代谢产生抑制作用，从而来影响病原微生物的生存和活动。
3、溶菌作用
枯草芽孢杆菌的溶菌作用主要表现在是通过吸附在病原菌的菌丝上，并随着菌丝生长而生长，而后产生溶菌物质造成原生质泄露使得菌丝体断裂；或者是产生抗菌物质通过溶解病原菌孢子的细胞壁或细胞膜，致使细胞壁穿孔、畸形等现象从而抑制孢子萌发。
4、诱导植物产生抗性及促进植物生长
诱导植物产生抗性作用是指枯草芽孢杆菌不但能够抑制植物病原菌，而且还能够诱发植物自身抗病机制从而增强植物的抗病性能的作用。
5.固氮
胶冻样芽孢杆菌
1.目前，这类细菌是用作生物肥料的最好菌种，以促进土壤无效磷钾的转化，增加土壤磷钾的供给，提高作物产量，其胶质芽孢杆菌解磷、解钾、解硅的强度超强。
2.胶质芽孢杆菌能够产生碳酸酐酶，对二氧化碳的固定具有一定的作用。
3.释放出可溶磷钾元素及钙、硫、镁、铁、锌、钼、锰等中微量元素。
4.在土壤中繁殖后，分泌植物生长刺激素及多种酶，以增强作物对一些病害的抵抗力；也抑制其他病原菌的生长。
5.菌体内的钾在菌体死亡后，游离出来，又可被植物吸收利用。作为微生物肥料中的一种重要功能菌，可提高土壤速效钾、磷含量，提高作物产量和品质等多种效.
巨大芽孢杆菌：
解磷（磷细菌），具有很好的降解土壤中有机磷的功效，解磷固钾
地衣芽孢杆菌：
1.抑制土壤中病原菌的繁殖和对植物根部的侵袭，减少植物土传病害，预防多种害虫爆发;2.提高种子的出芽率和保苗率，预防种子自身的遗传病害，提高作物成活率，促进根系生长；3.改善土壤团粒结构，改良土壤，提高土壤蓄水、蓄能和地温，缓解重茬障碍;4.抑制生长环境中的有害菌的滋生繁殖，降低和预防各种菌类病害的发生;5.促使土壤中的有机质分解成腐殖质，极大的提高土壤肥效;
侧孢芽孢杆菌：促根、杀菌及降解重金属
苏云金芽孢杆菌：杀虫（包括根结线虫），对鳞翅目等节肢动物有特异性的毒杀活性。
胶质芽孢杆菌：有溶磷、释钾和固氮功能，分泌多种酶，增强作物对一些病害的抵抗力。
泾阳链霉菌：具有增强土壤肥力、刺激作物生长的能力。
菌根真菌：扩大根系吸收面，增加对原根毛吸收范围外的元素（特别是磷）的吸收能力。
棕色固氮菌：固定空气中的游离氮，增产。
光合菌群：是肥沃土壤和促进动植物生长的主力部队。
凝结芽孢杆菌：可降低环境中的氨气、硫化氢等有害气体。提高果实中氨基酸的含量。
米曲霉：使秸秆中的有机质成为植物生长所需的营养，提高土壤有机质，改善土壤结构。
淡紫拟青霉：对多种线虫都有防治效能，是防治根结线虫最有前途的生防制剂。