批发市场在日本鲜活农产品流通中占有极其重要的地位，国内70％以上的鲜活类农副产品通过批发市场进入零售环节。
日本鲜活农产品批发市场分三种类型，一是中央批发市场，分布在20万人口以上的城市，开办者必须是地方公共团体，需经农林水产大臣许可；二是地方批发市场，是中央批发市场的重要补充，开办者可以是地方公共团体、股份公司、农协、渔协等，需经都道府县知事的认可；三是共同体及其他类型的批发市场。实际上是以前两种为主。
政府扶持与监管
1960年代末期，日本的鲜活农产品供应短缺，物价猛涨，市民反映强烈，殃及政府的信誉，促使政府重视鲜活农产品的市场流通。政府加强了农产品批发市场的规划、建设和管理。其管理主要体现为：
１、通过立法，确定管理依据。1923年日本就制定了《中央批发市场法》，1971年又制定和颁发了《批发市场法》，这是针对鲜活农产品批发市场的基本法，涵盖开办、规划、运营、监督、审议等环节。在此基础上，1971年又颁发《批发市场法施行令》、《批发市场法施行规则》，1991年制定的《食品流通审议会令》等。也为各地批发市场制定条例提供了规范，如1971年大阪制定的《大阪中央批发市场业务条例》、《大阪中央批发市场业务条例施行规则》等。
３、实行严格的审批制度。中央批发市场的开设需依循中央批发市场发展规划的要求，由开办者（只能是地方公共团体）向农林水产大臣提出申请，经过批准才能实施；地方批发市场的建设也必须符合地方批发市场的规划，由开办者（地方公共团体、民间组织）向都道府县知事提出申请。此外，中央批发市场内的批发商（多为股份公司）需要由农林水产大臣进行资格审查，地方批发市场内的批发商需取得都道府县知事的资格认证。
４、大力扶持批发市场。农产品批发市场建设在日本是一项重大的公益性事业，政府对市场建设及重要设施的改良给予必要的补助。中央批发市场的建设由地方公共团体实施，政府补助占总投资的20%左右，其他部分通过发行地方债券、银行贷款解决。对地方批发市场建设，国家补贴30%，同时都道府县补贴30%。政府还对农产品批发市场建设在贷款利率、贷款期限、税收等方面给予优惠。
运作方式
１、流通组织的构成。批发市场内有三种类型的流通组织：一是一级批发商。批发商需要经过严格的资格认证，大多是有雄厚资金实力的株式会社，一个批发市场只有几家一级批发商。他们占用市场的大部分交易设施，接受生产者委托销售。生产者与批发商是无条件委托的关系，批发商不能拒绝委托；也有批发商向生产者直销买断的情况。二是中间批发商。中间批发商需要得到市场开办者的许可，在市场内有自己的门店，从一级批发商手中购进商品，销售给零售商或大的消费团体。三是竞买者。多是有一定规模的零售组织、贩运商、大的消费团体等，在批发市场没有门店，但是参加批发商组织的拍卖，也可以从中间批发商进货。
２、市场内的拍卖。拍卖是批发市场内最重要的交易活动。绝大部分鲜活农产品由批发商通过组织拍卖把商品销售给中间批发商或其他竞买者，个别特定品种的商品可以直销。原则上批发商不能贩卖市场以外的商品；同时，在批发市场营业的中间批发商，原则上不能从批发商以外的个人或组织进货。
３、市场管理。可分为两条线。一是市场内各个流通组织内的管理，包括各家批发商对拍卖员、理货员、价格分析人员等方面的组织管理，以及各中间批发商的组织与管理。偏向经营管理；二是市场开办者对整个批发市场的组织管理，偏向物业管理。
４、批发市场与生产者、农协的关系非常重要。日本农协是根据1974年国会通过的《农业协同组织法》，由种植大户、技术能人、销售能人牵头，按照民办、民管、民受益的原则，以劳动联合和资本联合为纽带形成的一个利益联合体。为农民提供产前、产中、产后以及农资供应、农业金融、保险等各种服务。
通常情况下，生产者把产品无条件地委托给农协，农协将各组员的产品进行集中、分等定级、加工包装以后，再委托给批发商进行拍卖。批发商代表生产者以及农协的利益。
批发市场管理机构向批发商和中间批发商收取场地、设施租金和占营业额0.25％的管理费，作为市场管理的费用开支和积累。同时，批发商接受生产者委托销售农产品，收取一定的销售手续费，不同产品的销售手续费比率不一样。在东京，批发商的销售手续费占批发交易金额的比率分别为：水产物5.5％、蔬菜8.5％、水果7％、肉类3.5％、花卉9.5％。批发商手续费的比率全国基本上是一致的。
例证：东京大田中央批发市场
1、管理架构：
大田批发市场是第三次规划调整的时候兴建的。其组织管理和业务机构情况（2007年4月1日为准）：
组织机构：总经理1人，下设两个课，一是市场管理课（课长1人），下属四个系，分别是：总务系4人；设施管理系4人；设备系3人；电气系4人。二是业务课（课长1人），下属四个系，分别是：农产品业务系4人；农产品指导系4人；水产品系3人；花卉系4人。
2、交易规模（由此可以推算全国批发市场交易规模）：大田市场规划交易规模为果菜3000吨，水产品300吨，花卉245万枝。市场用地401925平方米。果菜市场占有率是东京中央批发市场（共9个市场）交易额的43.5%，占全国中央批发市场（共71市场）交易额的10.5%。2006年开市278天，交易额234142（百万日元），交易量862156吨；水产占有率是东京中央批发市场（共3个市场）交易额的4.5%，占全国中央批发市场（共53个市场）交易额的1.1%。2006年开市279天，交易额24869（百万日元），交易量29480吨；花卉占有率是东京中央批发市场（5个市场）交易额的55%，占全国中央批发市场（共25个市场）交易额的33.5%。2006年开市310天，交易额52761（百万元），交易量1016138（千支）。其中，果蔬、花卉交易量是日本第一。
3、交易手段：大田中央批发市场花卉的拍卖采取电子化的现代手段，蔬菜、水果的拍卖仍然通过手势等传统叫价方式，依靠竞价来选择买主、形成价格的机制是一致的。约70%实行对手交易，30%通过拍卖完成。
4、交易监控：东京都市场卫生检查所派驻了专门的机构和人员，常年从事农产品质量的抽检和检测工作。
6、花卉电子交易系统：花卉交易的两个一级批发商是大田花卉市场、日本花卉拍卖市场。花卉交易系统是从荷兰引入的自动化交易设备，在全国是第一套。该系统启动是在1999年12月，投资总额约15亿日元。大田花卉拍卖大厅内共有8个拍卖大钟、600余个拍卖席。每天可处理250万枝切花，号称全国最高处理量。具体流程：
第一、收货后在一楼理货区进行理验货作业，抽选出拍卖样品送入拍卖室等待拍卖，非样品装上台车，用输送带送至地下恒温室冷藏，同步进行贴进货条形码。
第三，拍卖后在商品箱上张贴条形码，经输送带送到分拣处，条形码扫读机读取数据，前后相继将保管于地下的整批花卉投入输送线，配合台车进行人工交割分货，大约需要30分钟就可以完成配送任务。
大田花卉交易中的预约订货量已经占到三分之二，包含两天前订货，当天中午12：00前订货两种。显示出花卉预约交易制度已逐步成熟，为网络销售中批量订货奠定了基础。而拍卖交易走向以样品拍卖为主的形式，既降低了劳动成本，保证了商品在供应链环节中的新鲜品质，更显示了交易各方的信用体系已经基本得到保证。