作者：国家税务总局厦门市税务局纳税服务和宣传中心供稿
纳税人购进农产品取得增值税专用发票的，以增值税专用发票上注明的增值税额为进项税额。实务中，纳税人可能在增值税一般纳税人处取得增值税专用发票，也可能在增值税小规模纳税人处取得增值税专用发票，其在计算抵扣进项税额时略有差异。
根据增值税暂行条例第八条规定，纳税人从销售方取得的增值税专用发票上注明的增值税税额，准予从销项税额中抵扣。根据《财政部税务总局海关总署关于深化增值税改革有关政策的公告》（财政部税务总局海关总署公告2019年第39号，以下简称39号公告）第二条规定，纳税人购进农产品，原适用10%扣除率的，扣除率调整为9%。纳税人购进用于生产或者委托加工13%税率货物的农产品，按照10%的扣除率计算进项税额，即可以加计扣除1%的进项税额。
企业如果从增值税一般纳税人处取得增值税专用发票，需要具体区分采购的农产品用于初加工，或是深加工为适用13%税率的货物。举例来说，甲食品厂从增值税一般纳税人处购进玉米，经过分级、包装为鲜食玉米（适用税率9%），这属于农产品初加工。已知甲食品厂取得增值税专用发票，票面金额1000元，税率9%，增值税税额90元，价税合计1090元，当月全部领用。那么，根据增值税暂行条例第八条规定，甲食品厂取得的增值税专用发票上注明的90元税额，可以全额抵扣。
再如，甲食品厂同样从增值税一般纳税人处购进玉米，深加工为玉米汁（适用税率13%），取得增值税专用发票，票面金额1000元，税率9%，增值税税额90元，价税合计1090元，当月全部领用。根据39号公告规定，甲食品厂购进玉米用于生产13%税率货物的农产品，按照10%的扣除率计算进项税额，即可以加计扣除1%，实际抵扣的进项税额为90+1000×1%=100（元）。
值得注意的是，企业如果从增值税小规模纳税人处取得增值税专用发票（按3%征收率开具的），计算可抵扣税额时，以票面金额、扣除率为计算依据，与征收率无关；如果从增值税小规模纳税人处取得增值税专用发票（按1%征收率开具的），只能凭票抵扣1%的进项税额。
实务中，纳税人可能直接从农业生产者手中购进免税农产品，取得农产品销售发票或开具农产品收购发票。
根据增值税暂行条例第八条规定，纳税人购进农产品，除取得增值税专用发票或者海关进口增值税专用缴款书外，按照农产品收购发票或者销售发票上注明的农产品买价和11%的扣除率计算进项税额，国务院另有规定的除外。进项税额计算公式：进项税额=买价×扣除率。《财政部税务总局关于调整增值税税率的通知》（财税〔2018〕32号）第二条进一步明确，纳税人购进农产品，原适用11%扣除率的，扣除率调整为10%。根据39号公告第二条规定，纳税人购进农产品，原适用10%扣除率的，扣除率调整为9%。纳税人购进用于生产或者委托加工13%税率货物的农产品，按照10%的扣除率计算进项税额。
例如，丙企业从农民处收购一批小麦，开具的农产品收购发票上注明买价10万元，当月全部领用，研磨为小麦粉（适用税率9%）出售。根据增值税暂行条例第八条、39号公告规定，丙企业直接从农民处收购的小麦，应以发票上注明的农产品买价和9%扣除率计算进项税额。也就是说，丙企业可以抵扣的进项税额为100000×9%=9000（元）。
丙企业如果将收购的这批小麦深加工为麦片（适用税率13%）出售，根据增值税暂行条例第八条、39号公告规定，应以发票上注明的农产品买价和9%扣除率计算进项税额，在生产领用小麦环节可以加计抵扣1%的进项税额。那么，丙企业本月可抵扣进项税额为100000×9%+100000×1%=10000（元）。
部分纳税人进口原材料从海关取得的海关进口增值税专用缴款书，可以按票面税额抵扣。
根据《国家税务总局关于增值税一般纳税人取得海关进口增值税专用缴款书抵扣进项税额问题的通知》（国税发〔2004〕148号）第一条，纳税人进口货物，凡已缴纳了进口环节增值税的，不论其是否已经支付货款，其取得的海关完税凭证均可作为增值税进项税额抵扣凭证。
例如，丁企业为增值税一般纳税人，本月进口了一批黄桃，取得了一张9%的海关进口增值税专用缴款书，注明金额10万元，税额0.9万元。当月，丁企业将这批进口的黄桃，一半用于生产黄桃罐头（适用税率13%），一半用于餐饮服务。根据国税发〔2004〕148号文件第一条、39号公告第二条规定，丁企业进口黄桃以海关进口增值税专用缴款书注明的税额为进项税额，同时在生产领用的50%进口黄桃，可加计抵扣1%进项税额。那么，丁企业可以抵扣的进项税额为100000×50%×9%+100000×50%×（9%+1%）=4500+5000=9500（元）。
实务中，还存在一些农产品进项税额凭票抵扣的特殊处理。例如，纳税人未分别核算用于生产不同税率货物的进项税额等。
根据《财政部税务总局关于简并增值税税率有关政策的通知》（财税〔2017〕37号）第二条、39号公告第二条规定，纳税人购进农产品既用于生产销售或委托受托加工13%税率货物又用于生产销售其他货物服务的，应当分别核算用于生产销售或委托受托加工13%税率货物和其他货物服务的农产品进项税额。未分别核算的，统一以增值税专用发票上注明的增值税额为进项税额。
例如，戊企业从增值税一般纳税人处购买一批水蜜桃，取得9%的增值税专用发票，注明金额20万元，税额1.8万元。当月，戊企业将部分水蜜桃深加工为水果罐头（适用税率13%），剩余水蜜桃直接用于餐饮服务，两部分用量未分别核算。根据现行政策规定，未分别核算，须以增值税专用发票上注明的增值税额为进项税额。即戊企业本月可抵扣的进项税额，为取得增值税发票注明税额1.8万元。