设施蔬菜生产过程中的施肥方式很多，如地表撒施、沟施、穴施、冲施、滴灌、叶面喷施等。不同的肥料选用不同的施肥方式，例如，复合肥水溶性不如全水溶性肥料，若随水冲施，则肥料流失多，利用率低，因此，建议复合肥沟施，因为这样可以最大化的发挥肥料效果，也不建议图省事撒施，浪费肥料。
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不同作物、不同生育时期对营养的需求是不同的，施肥要按作物、按生育期补充。例如，大部分蔬菜生长前期需氮肥多，坐果期需钾肥多，如果施肥不考虑生育期，作物就会因养分不协调而影响开花坐果。钙是移动性小、传输慢的元素，应该提前补充，如果当植株表现出缺钙症状，或缺钙现象发生比较严重时，再补充钙肥，植株吸收慢，补钙效果甚微。
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施肥环境
土壤湿度对肥料的影响很大，不仅能影响肥料的理化性质，还能影响施肥浓度、肥料的释放速度等。例如土壤过干时硼不易被吸收，过涝时铁不易被吸收。
此外，大多数菜农浇水时采取大水漫灌的方式，土壤湿度大，养分会随水下渗，造成养分淋失，而在浇水量不足的情况下，肥料不能溶解，或造成土壤溶液浓度过高，从而对蔬菜植株造成危害，并降低肥料利用率。
温度会影响根系和叶片对肥料的吸收程度，也会对肥料的理化性质产生影响。当温度低时，根系对钙、镁的吸收差，温度过高时施肥容易产生肥害，所以施肥时要把握好施肥环境。
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