1.风险提示：水产品收购单价异常偏高
风险防控建议：水产品加工企业应规范财务核算，严格按照《农产品增值税进项税额核定扣除试点实施办法》（财税〔2012〕38号印发）有关规定准确计算每月核定扣除的进项税额，依法如实申报纳税。根据《中华人民共和国发票管理办法》有关规定，纳税人开具发票应当按照规定的时限、顺序，逐栏、全部联次一次性如实开具，不得开具与实际经营业务不符的发票，水产品加工企业不得在开具农产品收购发票时故意虚高水产品收购价格从而造成违规多抵扣进项税额。
2.风险提示：纳税人的生产经营情况发生变化，未向税务机关提出重新核定扣除标准申请
风险描述：根据《广东省国家税务局广东省财政厅关于在水产品行业试行农产品增值税进项税额核定扣除办法的公告》（广东省国家税务局广东省财政厅公告2013年第17号）有关规定，税务机关按照核定程序审定的扣除标准仅适用于该纳税人的当前时期的生产经营情况。如果纳税人生产经营情况发生变化，扣除标准已不再适用的，纳税人应向主管税务机关提出重新核定扣除标准申请，主管税务机关按照规定程序报省级税务机关重新核定该纳税人的扣除标准。
风险防控建议：纳税人的生产经营情况发生变化，扣除标准已不再适用的，应及时向主管税务机关提出重新核定扣除标准申请并提供说明企业生产、经营真实情况的证据及申请资料，申请资料包括：
（1）农产品增值税进项税额扣除标准核定申请书；
（2）《农产品增值税进项税额核定扣除申请表》；
（3）主管税务机关要求的其它资料。
3.风险提示：水产品下脚料未申报销售收入
风险描述：对于从事水产品加工的企业来说，水产品下脚料是加工过程中最常见的废料之一。对于这些下脚料，一般处理方法是将其当作废料丢弃或者直接作为饲料出售给养殖场和其他加工企业。根据《中华人民共和国增值税暂行条例》第一条规定，在中华人民共和国境内销售货物或者提供加工、修理修配劳务以及进口货物的单位和个人，为增值税的纳税义务人，应当依照本条例缴纳增值税。如果水产品加工企业对政策把握不准，对加工过程中产生的下脚料、废弃物的销售行为不进行纳税申报，就会产生漏缴、欠缴税款的风险。
风险防控建议：根据《财政部国家税务总局关于印发〈农业产品征税范围注释〉的通知》（财税字〔1995〕52号）水产品下脚料也属于水产品的范围，销售水产品下脚料应该适用和销售水产品一样的税率向税务机关进行纳税申报。
4.风险提示：环保税申报信息不全
风险描述：《中华人民共和国环境保护税法》规定，应税污染物包括大气污染物、水污染物、固体废物和噪声。水产品加工企业往往只申报污水或者废气排放的数据，容易忽略固体废物贮存、处置、综合利用的基础信息申报，也未对噪声源进行信息采集申报。纳税人应当依法如实办理纳税申报，对申报的真实性和完整性承担责任。如果环保税信息申报不全，就会产生少缴、漏缴税款风险。
5.风险提示：兼营行为中的免税项目进项税额未分开核算
风险描述：水产品初加工企业多为中小企业，往往多元化经营，有兼营业务的企业，除了水产品初加工以外，还可能会从事上游养殖。《中华人民共和国增值税暂行条例》第十五条规定，农业生产者销售的自产农产品”免征增值税。企业从事的水产品养殖属于免税项目。《营业税改征增值税试点实施办法》（财税〔2016〕36号文件印发）第二十七条规定，用于简易计税方法计税项目、免征增值税项目、集体福利或者个人消费的购进货物、加工修理修配劳务、服务、无形资产和不动产的进项税额不得从销项税额中抵扣。水产品初加工企业的一般纳税人从事免税的水产品养殖项目所使用的电费、水费、材料等，如果没有与其初加工业务使用的区分，就会导致在水产品初加工应税业务中违规抵扣了免税业务的进项税额，产生涉税风险。
风险防控建议：如果有上述兼营行为，企业应当划分免税项目及非免税项目的进项税额，免税项目的进项税额不得用于非免税项目的抵扣。如果无法划分的，按照《营业税改征增值税试点实施办法》（财税〔2016〕36号文件印发）规定：第二十九条适用一般计税方法的纳税人，兼营简易计税方法计税项目、免征增值税项目而无法划分不得抵扣的进项税额，按照下列公式计算不得抵扣的进项税额：
不得抵扣的进项税额＝当期无法划分的全部进项税额×（当期简易计税方法计税项目销售额+免征增值税项目销售额）÷当期全部销售额。
6.风险提示：违规享受初加工水产品企业所得税优惠
风险描述：根据《中华人民共和国企业所得税法》规定，初加工的水产品项目免征企业所得税。按照《财政部国家税务总局关于发布〈享受企业所得税优惠政策的农产品初加工范围（试行）〉的通知》（财税〔2008〕149号）规定，水生动物初加工是指将水产动物（鱼、虾、蟹、鳖、贝、棘皮类、软体类、腔肠类、两栖类、海兽类动物等）整体或去头、去鳞（皮、壳）、去内脏、去骨（刺）、擂溃或切块、切片，经冰鲜、冷冻、冷藏等保鲜防腐处理、包装等简单加工处理，制成的水产动物初制品。熟制的水产品和各类水产品的罐头以及调味烤制的水产食品不属于初加工范围。如果企业对政策掌握不熟，可能将水产品罐头加工等不属于初加工范围业务申报享受企业所得税优惠，造成违规享受税收优惠的风险。
风险防控建议：企业财务人员要加强对税收政策的学习，重视税收优惠政策的享受与落实，在经济业务发生时，应进行准确鉴别并判断是否属于优惠政策享受范围，对把握不准的应及时咨询主管税务机关，避免出现违规享受税收优惠情况而产生涉税风险。
7.风险提示：签订农副产品收购合同未缴纳印花税
风险描述：根据《中华人民共和国印花税暂行条例施行细则》第十三条第一款规定，对国家指定的收购部门与村民委员会、农民个人书立的农副产品收购合同免纳印花税
水产品加工企业一般不是国家指定的收购部门，与养殖户签订的收购合同需要缴纳印花税，避免产生漏缴少缴税收风险。
风险防控建议：根据《中华人民共和国印花税暂行条例》附件《印花税税目税率表》规定，购销合同包括供应、预购、采购、购销结合及协作、调剂、补偿、易货等合同。立合同人按购销金额万分之三贴花。水产品加工企业收购水产品签订收购合同属于购销合同，应按合同金额的0.03%缴纳印花税。
8.风险提示：向非农业生产者违规开具农产品收购发票
风险描述：根据《广东省国家税务局关于加强农产品收购发票管理有关问题的公告》（公告〔2015〕14号）规定，纳税人向农业生产者个人收购自产农产品，可以向主管税务机关申请领用农产品收购发票，主管税务机关根据纳税人的经营项目和经营规模，对其领取发票的种类、数量、版面金额以及领取方式按规定予以确认；纳税人应按照发票管理办法的要求领用、开具和保管农产品收购发票，如实填写收购发票有关栏目，并向收款人逐笔开具发票。水产品加工企业直接从养殖户收购的水产品应当开具农产品收购发票，从批发商购进的水产品应该取得由销售方开具的销售发票。水产品加工企业如果错误对水产品批发商开具了农产品收购发票，是不符合发票开具规定的，在企业所得税申报时不能作为有效税前扣除凭证，已经税前扣除的还需要进行纳税调增并按规定补缴企业所得税款及滞纳金。