随着全电发票试点范围的扩大，我们发现试点纳税人农产品进项税额抵扣的方式发生了重大变化。
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概述
现行农产品进项税额抵扣的基本情况可用下图来表示：
农产品进项税额抵扣一共有五种凭证，其中9%农产品专用发票，以及海关进口增值税专用缴款书，都是通过勾选抵扣的，这两类凭证的抵扣方式现在是这样，以后也不会变。
而对于农产品销售发票和收购发票，以及小规模纳税人开具3%的专票等三类凭证，目前是计算抵扣（取得小规模纳税人开具3%专票未分别核算的除外），在全电发票时代将会发生重大变化，因此，下文的讨论主要针对这三类凭证。
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三类凭证再分类
1.农产品销售发票。首先我们要搞清楚一个概念，什么叫「农产品销售发票」，根据《财政部、税务总局关于简并增值税税率有关政策的通知》（财税〔2017〕37号）第二条第（六）项的规定，《中华人民共和国增值税暂行条例》第八条第二款第（三）项和本通知所称销售发票，是指农业生产者销售自产农产品适用免征增值税政策而开具的普通发票。
因此，当我们看到税收政策中提到农产品销售发票时，要知道它的含义，一是对应的农产品必须是销售方自产的，二是发票类型必须是免税的普票，即税率栏显示「免税」或者「***」。
2.农产品销售发票再分类。全电发票试点以后，农产品销售发票根据开具渠道又可以细分为三类。
一是全电农产品销售发票，左上角显示「自产农产品销售」标签，如下图：
二是税控农产品销售发票，如下图：
三是个人代开农产品销售发票，如下图：
3.农产品收购发票再分类。又可以细分成两类，一是税控农产品收购发票，如下图：
二是全电农产品收购发票，如下图：
4.从小规模处购进的3%农产品专票再分类。此类发票又可分成两类，一是自开，二是代开。
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全电发票时代农产品抵扣
我们用一张图来表达全电发票时代农产品的抵扣方式。也就是说，当你成为全电发票试点纳税人（这简直是一定的）的时候，你就要按照下图所示的方式抵扣农产品了。
1.9%专票和专用缴款书，前已述及，抵扣方式不变，还是先勾选，再确认，然后申报，9%专票填在附表二的第2栏，专用缴款书填在附表二的第5栏。
新增两类可以勾选抵扣的凭证，全电农产品销售发票和农产品收购发票（包括全电和税控），这两类发票与9%专票一样，可以直接勾选确认，但进项税额需填入附表二的第6栏。
注意：只有主管税务机关在金三核心征管系统【登记户归类管理】中将纳税人进行功能认定后，且其在开票时选择了特定业务标签，即「自产农产品销售」、「农产品收购」，所开出的发票，才可以在税务数字账户中勾选得到！
2.税控农产品销售发票和小规模自开3%农产品专票，这两类需要先进行处理，然后再勾选抵扣。具体方法如下。
进入税务数字账户，选择【发票勾选确认】-【抵扣类勾选】-【待处理农产品发票】：
（1）税控农产品销售发票处理。选择【自产农产品销售发票】，录入「开票日期起」、「开票日期止」、「是否处理」三个必录查询条件后，点击【查询】按钮。然后针对每一张发票，系统均要求纳税人判断具体类型，是属于，还是不属于，还是部分属于农产品销售发票。
（2）从小规模处购进的3%农产品专票处理。选择【从小规模处购进的3%农产品专票】会提示何种情况下可以使用该功能：
关闭提示信息，录入「开票日期起」、「开票日期止」、「是否处理」三个必录查询条件后，点击【查询】按钮，根据实际情况进行选择「类型」，是「按票面税额抵扣」，还是「按票面金额和基础扣除率计算抵扣」。
3.代开农产品销售发票和代开3%农产品专票，这两类发票需要先进行信息录入采集，才能进入勾选抵扣模块。
进入税务数字账户，选择【发票勾选确认】－【抵扣类勾选】－【抵扣勾选】，界面如下图所示，能看到有一个选项【代开农产品发票录入】。
点击【代开农产品发票录入】，进入代开农产品发票录入界面。