增值税是对销售货物或者提供加工、修理修配劳务以及进口货物的单位和个人就其实现的增值额征收的一个税种，也是我国最大的税种。根据《增值税暂行条例》规定，一般纳税人的增值税税率为17％和13％，小规模纳税人的税率为3％。
农民专业合作社作为从事销售货物（包括农产品、农资等）的单位，应当依法缴纳增值税，但可享受税收优惠。根据《增值税暂行条例》、《财政部、国家税务总局关于农民专业合作社有关税收政策的通知》（财税〔2008〕81号）、《国家税务总局关于粕类产品征免增值税问题的通知》（国税函〔2010〕75号）、《财政部、国家税务总局关于免征蔬菜流通环节增值税有关问题的通知》（财税〔2011〕137号），农民专业合作社可以享受以下增值税优惠政策：
（一）销售本社成员生产的农业产品，视同农业生产者销售自产农业产品，免征增值税。（财税〔2008〕81号）
（二）向本社社员销售的农膜、种子、种苗、化肥、农药、农机，免收增值税。（财税〔2008〕81号）
（三）销售饲料，可以享受13％的增值税优惠税率（《增值税暂行条例》第二条）。除豆粕以外的其他粕类饲料产品，均免征增值税。（国税函〔2010〕75号）
（四）对以批发、零售方式销售的蔬菜免征增值税。蔬菜品种参照《蔬菜主要品种目录》。经挑选、清洗、切分、晾晒、包装、脱水、冷藏、冷冻等工序加工的蔬菜，属于免税蔬菜范围。（财税〔2011〕137号）
此外，增值税一般纳税人从农民专业合作社购进的免税农业产品，可按13％的扣除率计算抵扣增值税进项税额。（财税〔2008〕81号）
二、企业所得税
企业所得税是对我国境内的企业和其他取得收入的组织（个人独资企业、合伙企业除外）征收的一个税种。根据《企业所得税法》规定，企业所得税税率为25％，符合条件的小型微利企业税率为20％，国家重点支持的高新技术企业税率为15％。
根据《财政部对全国人大代表有关建议的答复》（财农便〔2009〕20l号）规定，农民专业合作社参照企业所得税法关于一般企业的规定，享受企业所得税减免政策。据此，根据《企业所得税法实施条例》规定，农民专业合作社可享受的企业所得税优惠政策包括：
（一）从事蔬菜、谷物、薯类、油料、豆类、棉花、麻类、糖料、水果、坚果的种植；农作物新品种的选育；中药材的种植；林木的培育和种植；牲畜、家禽的饲养；林产品的采集；灌溉、农产品的初加工、兽医、农技推广、农机作业和维修等农、林、牧、渔服务业项目，可以免征企业所得税。（《企业所得税法实施条例》第八十六条）
（二）从事花卉、茶叶以及其它饮料作物和香料作物的种植；海水养殖、内陆养殖，减半征收企业所得税。（《企业所得税法实施条例》第八十六条）
三、营业税
营业税是对在我国境内提供应税劳务、转让无形资产或销售不动产的单位和个人，就其所取得的营业额征收的一个税种。根据《营业税暂行条例》规定，营业税税目税率依照《营业税税目税率表》执行，大多数税目的税率为3％、5％两档，娱乐业的税率为5％到20％，具体由省级人民政府在法定幅度内决定。
四、契税
契税是以所有权发生转移变动的不动产为征税对象，向产权承受人征收的一个税种。根据《契税暂行条例》规定，契税税率为3％到5％，具体适用税率由省级人民政府在法定幅度内，按照本地区的实际情况决定。
根据《契税暂行条例细则》（财法字〔1997〕52号）第十五条规定，承包荒山、荒沟、荒丘、荒滩土地使用权，用于农、林、牧、渔业生产的，免征契税。
五、印花税
印花税是以经济活动中签立的各种合同、产权转移书据、营业帐簿、权利许可证照等应税凭证文件为对象的一个税种。根据《印花税暂行条例》规定，印花税税率依照《印花税税目税率表》确定，比例税率为0.05‰到1‰，定额税率按件收取每件5元。
根据《财政部、国家税务总局关于农民专业合作社有关税收政策的通知》（财税〔2008〕81号）、《国家税务总局关于对保险公司征收印花税有关问题的通知》（国税地字〔1988〕37号）规定，农民专业合作社可享受的印花税优惠主要包括：
（一）与本社成员签订的农业产品和农业生产资料购销合同，免征印花税。（财税〔2008〕81号）
（二）农林作物、牧业畜类保险合同，免征印花税。（国税地字〔1988〕37号）
六、耕地占用税
耕地占用税是对占用耕地建房或者从事其他非农建设为征收对象的一个税种，属于一次性税收。根据《耕地占用税暂行条例》规定，耕地占用税以纳税人占用耕地的面积为计税依据，按照规定的适用税额一次性征收。税额按照人均耕地面积和经济发展情况确定，每平方米5元至50元。
（一）建设直接为农业生产服务的生产设施占用的农用地（林地、牧草地、农田水利设施用地、养殖水面以及渔业水域滩涂等），不征收耕地占用税。（《耕地占用税暂行条例》第十四条）
（二）占用林地、牧草地、农田水利用地、养殖水面以及渔业水域滩涂等其他农用地的适用税额，可适当低于占用耕地的适用税额。（财税〔2007〕176号）
七、城镇土地使用税
城镇土地使用税是以开征范围的土地为征税对象，对拥有土地使用权的单位和个人征收的一个税种。根据《城镇土地使用税暂行条例》规定，城镇土地使用税税额为每平方米0.9元到30元，具体税额由地方政府根据市政建设情况、经济繁荣程度等条件确定。
根据《城镇土地使用税暂行条例》第六条规定，直接用于农、林、牧、渔业的生产用地免征城镇土地使用税，财政部另行规定的免税水利设施等用地，免征城镇土地使用税。
八、房产税
房产税是以房屋为征税对象，向产权所有人征收的一个税种。根据《房产税暂行条例》规定，房产税依照房产余值计算缴纳的，税率为1.2％；依照房产租金收入计算缴纳的，税率为12％。
根据《国家税务总局关于调整房产税和土地使用税具体征税范围解释规定的通知》（国税发〔1999〕44号）规定，农林牧渔业用地和农民居住用房屋及土地，不征收房产税。
九、车船税
车船税是对在我国境内车辆、船舶，按照规定的计税依据和年税额标准计算征收的一个税种。根据《车船税法》规定，车船的税额依照《车船税税目税额表》执行。车辆具体税额由省级人民政府依照法定幅度和国务院规定确定。船舶具体税额由国务院在法定税额幅度内确定。
根据《车船税法》第三条规定，捕捞、养殖渔船免征车船税；农村居民拥有并主要在农村地区使用的摩托车、三轮汽车和低速载货汽车，定期减征或者免征车船税。
十、车辆购置税
车辆购置税是对在我国境内购置应税车辆的单位和个人征收的一个税种。根据《车辆购置税暂行条例》规定，车辆购置税税率为10％。
根据《财政部、国家税务总局关于农用三轮车免征车辆购置税的通知》（财税〔2004〕66号）规定，农用三轮车免征车辆购置税。