农业是自然再生产和经济再生产相结合的再生产过程。与工业经济活动相比，许多农产品是人们的生活必需品，需求弹性小，且存在多种自然风险，农产品的这些特殊性使农产品物流表现出显著的自有特征。
由于不同地区的气候、土壤、降水等自然条件存在差异，各地适宜种植品种不同，农产品生产呈现出明显的季节性和区域性特征，而农产品的消费则是全年性的，这就决定了农产品物流过程中需要大量的库存，且需要在较大范围进行调度与运输，有严格限制的交货提前期；安全卫生性，对农产品生产和贮运提出了更高要求，如全程的冷链，加工中的无菌环境，产品配送过程中不能和有其他气味的商品混运以防串味，还应注意配送中微生物和重金属的交叉污染等问题等。由于人们的绿色消费理念，尤其是食品安全意识的增强，对绿色物流提出了更高的要求。
随着世界经济的发展和人们生活水平的普遍提高，人们对物质资料的需求呈不断上升的趋势，在吃饱穿暖的基本需求得到满足之后，对农产品品质和品种的多样化提出了更高的要求，决定了农产品物流品种多、数量大的特点。
农产品自身的生理生化特性及其特殊重要性，要求在农产品物流过程中的加工、储存、运输、配送等环节都必须提供一定的环境和温度控制条件，如鲜活农产品的冷链储藏、运输、加工、销售等；农产品加工过程中对环境细菌的控制等，要求有特殊的专业技术和设施设备，一方面保证了农产品质量和营养价值，另一方面也更好地实现了农产品的经济价值及其附加价值。可见，在农产品物流的整个过程中，各环节所涉及的设施设备、工具、技术、质量控制标准等专业要求高，且具有较强的技术性，可以确保农产品品质、质量达到规定要求。
农产品不同于工业品的最大特点在于其品质和营养价值的保证，以及加工程度的提高会大大增加农产品价值的实现程度。比如，粮食深加工和精加工、水果加工、畜牧产品加工及海洋水产品加工等。一般来说，重要的是每一个环节的质量保证。农产品物流的增值环节主要包括：一是农产品的分类与包装的增值服务；二是农产品适度加工的增值服务，如通过对粮食的研磨、色选、细分或者规格化等生产加工工序，以一定的商品组合开展农产品促销，能够促使农产品物流的顺利进行；三是农产品社区配送增值服务；四是鲜活农产品的冷链物流增值服务；五是绿色农产品所需的特殊农产品物流的增值服务。
农产品生产的分散性、季节性，使农产品物流的风险增大。农产品生产点多面广，消费地点分散，市场信息更加分散，使人们难以全面把握市场信息，容易造成供给与需求不匹配的状况；而且，由于农作物和牲畜都需要一定的成长成熟期，具有一定的季节性且不能即时生产，无法迅速对市场供给进行有效的调节，导致市场价格波动大。过高的流通风险会降低物流经营者的预期利润，使经营者更多地采取短期的机会主义行为，不利于形成有序的市场竞争和培育市场主体。
我国农业生产中较为突出的矛盾之一是小规模生产与大市场、大流通之间的矛盾。我国土地政策实施的是家庭承包责任制，土地分散，规模小，种植品种杂乱，规模化、组织化程度低，导致生产盲目性，容易造成农产品“买难”和“卖难”交替出现的现象。这种农产品的“小生产”和“大市场”之间的矛盾决定了农产品流通过程呈现出由分散到集中再由集中到分散的基本特点，即首先进行农产品的大批量集结，送至需求地，再按照客户的单个订单将农产品进行拆分，以此来提高农产品物流的规模效应，降低运营成本。
近两年，我国CPI涨幅一直居高不下，其中食品价格的上涨成为CPI涨幅扩大的主要动力源。虽然游资炒作等因素也推动了农产品涨价，但流通成本高的显性因素是不争的事实。