小作坊食品生产许可证的代办费用因不同代办机构而异，通常在500元以上。代办机构的费用收取方式存在两种，一种是根据申请人的业务复杂度收取，例如产品类别、规模、复杂度、深度、时限等因素。另一种是根据代办服务分级收取，例如服务内容、代办范围、行业不同类别、服务的付出量及付出成本等因素。因此，具体的代办费用会根据代办机构、服务种类、申请人需求等因素而发生改变。
值得一提的是，许多代办机构会出现收费上限，申请人在确定代办机构时应该确认对方收费标准，避免出现超出预算的情况。同时，为保障消费者权益，建议申请人选择正规、信誉良好的代办机构进行代办。
总体来看，小作坊食品生产许可证代办费用在500元以上，实际费用会因申请人需求和代办机构收费标准等因素而有所不同。建议申请人选择正规、信誉良好的代办机构作为合作伙伴，确保顺利地完成许可证的申请程序。
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