新颁布的《农药管理条例》对农药管理制度、登记制度、生产管理制度、经营管理制度、假冒伪劣农药定义、农药的使用回收以及违法惩处等进行了重大修订。按照上报国务院的版本，修订重点有如下内容：
修订重点内容如下：
改革农药管理体制：
一件事情一个部门管。
强化农业部门监管手段(第41条)
进入农药生产、经营、使用场所实施现场检查;
对生产、经营、使用的农药实施抽查检测;
向有关人员调查了解有关情况;
查阅、复制合同、票据、账簿以及其他有关资料;
查封、扣押违法生产、经营、使用的总要，以及用于违法生产、经营、使用农药的工具、设备、原材料等;
查封违法生产、经营、使用农药的场所。
明确生产经营者主体责任(第5条)
农药生产企业、农药经营者应当对其生产、经营的农药的安全性、有效性负责，自觉接受政府监管和社会监督;
农药生产企业、农药经营者应当加强行业自律，规范生产、经营行为。
扩大农药登记的申请主体(第7条第1款)
除农药生产企业、国外出口企业外，允许新农药研制者申请农药登记。
允许转让登记资料(登记证禁止转让)
新农药研制者;
农药生产企业：向具有相应生产能力的生产企业。
改革农药登记试验制度
新农药登记试验由农业部批准，其他报省级农业部门备案;
取消农药临时登记
国内企业：经省级农业部门提出申请报农业部;
国外企业：直接向农业部申请;
农药登记证有效期5年。
完善假农药定义
假农药：以非农药冒充农药;以此种农药冒充他种农药;农药所含有效成分种类与农药的标签、说明书标注的有效成分不符。
按假农药处理的农药：禁用的农药;未依法取得农药登记证而生产、进口的农药;未附具标签的农药。
完善劣质农药的定义
劣质农药：不符合农药产品质量标准;混有导致药害等有害成分(删除失去使用效能的农药);
按劣质农药处理的农药：超过农药质量保证期的农药。
改革农药生产许可制度
取消农药生产许可证和生产批准文件;
将农药生产企业核准改为农药生产许可。
规范委托生产行为
委托人：取得相应的农药登记证，对委托加工、分装的农药质量负责;
受托人：取得农药生产许可证;
双罚：委托人、受托人均要处罚。
健全农药生产管理制度
原材料采购查验制度：产品质量检验合格证+有关许可证明文件;
原材料进货记录制度：保存2年以上;
出厂检验制度：附具合格证;
出厂销售记录制度：保存2年以上。
加强农药标签管理
农药生产企业不得擅自改变经核准的农药的标签内容，不得在农药的标签中标注虚假、误导使用者的内容。
实行农药经营许可制度(卫生用农药除外)
定点经营：限制使用农药;
条件：人员、场所和设施、制度;
有效期：5年;
设立分支机构：向分支机构所在地县级农业部门备案，对其分支机构的经营活动负责;
健全农药经营管理制度
采购查验制度：包装+标签+合格证+有关许可证明文件，不再需质量检验;
采购台账制度：保存2年以上;
销售台账制度(卫生用农药除外)：购买人，保存2年以上;
推荐说明制度(卫生用农药除外)：询问病虫害情况(必要时实地查看)+科学推荐+正确说明;
经营隔离制度：卫生用农药分柜销售，其他农药的经营场所不得经营食品、食用农产品、饲料;
境外企业不得直接销售：设立销售机构或委托代理机构;
完善农药使用指导分工
县级政府：制定并组织实施农药减量计划;对自愿减量的农药使用者，给予鼓励和扶持。
农业部门：加强农药使用指导、服务，建立健全农药安全、合理使用制度，组织推广农药科学使用技术，规范农药使用行为。
林业、粮食、卫生等部门：加强对林业、储粮、卫生用药农药安全、合理使用的技术指导，环境保护主管部门：加强对农药使用过程中环境保护和污染防治的技术指导，
乡镇政府：协助开展农药使用指导服务工作。
强化农药使用者的义务
严格按照农药的标签使用农药，不得扩大使用范围、加大用药剂量或者改变使用方法;
不得使用禁用的农药;
不得将剧毒、高毒农药用于：防治卫生害虫，蔬菜、瓜果、茶叶、菌类、中草药材的生产，水生植物的病虫害防治;
遵守安全间隔期的要求;
不得在饮用水水源保护区、河道内丢弃农药，农药包装物或者清洗施药器械;
不得在饮用水水源保护区内使用农药;
不得使用农药毒鱼、虾、鸟、兽等。
完善农药使用记录制度
主体：农产品生产企业、食品和食用农产品仓储企业、专业化病虫害防治服务组织、农民专业合作社;
期限：保存2年以上。
建立农药废弃物回收制度
回收主体：农药生产企业、农药经营者。
建立农药诚信档案制度
主体：县级以上地方农业部门;
要求：建立农药生产、经营诚信档案并予以公布;发现涉嫌犯罪的，依法移送公安机关查处。
建立农药召回制度
召回条件：发现农药对农业、林业、人畜安全、农产品质量安全、生态环境等有严重危害或者较大风险;
召回要求：停止生产、经营、使用，通知上下游主体，向农业部门报告，召回产品并记录。
完善已登记农药退出规定
退出情形：同召回情形;
组织机关：农业部;
评审单位：农药登记评审委员会;
退出措施：撤销、变更相应的农药登记证，必要时决定禁用或者限制使用并予以公告。
建立假劣农药和农药废弃物处置制度
对象：假农药、劣质农药和回收的农药废弃物等;
主体：具有危险废物经营资质的单位;
费用承担：相应的农药生产企业、农药经营者;不明确的，由所在地县级财政列支。
规范农业部门及其工作人员行为
对象：农业部门及其工作人员
农药鉴定机构及其工作人员
要求：不得参与农药生产、经营活动
增加生产经营者不符合条件的处理
由县级以上地方农业部门责令限期整改;
逾期拒不整改或者整改后仍不符合规定条件的，由发证机关吊销生产经营许可证。
加大违法行为惩处力度
责令停止生产经营;
没收违法所得、违法生产经营的产品和用于违法生产经营的工具、设备、原材料等;
罚款：按货值金额计算;
吊证。
农药登记证吊销后不受理制度
被吊销农药登记证的，5年内不再受理其农药登记申请。
欺诈获证不受理制度
以欺骗、贿赂等不正当手段取得行政许可的，依法处罚，申请人3年内不得再次申请该行政许可。
对违法人员实行行业禁入
行为：未取得许可证生产、经营农药，或者被吊销登记证、许可证;
禁业：直接负责的主管人员10年内不得从事农药生产、经营活动。农药生产企业、农药经营者招用此类人员的，吊销农药生产许可证、农药经营许可证。