纳税人购进农产品进项抵扣时，不同的扣除凭证可能存在不同的抵扣方式，可以分为认证抵扣、计算抵扣和核定扣除三种方式，符合条件的，还可以同时适用加计抵减政策，本文结合案例对不同情形下进项税额如何抵扣进行解析，并对存在的涉税风险进行提示。
第一部分进项如何抵扣
注：农产品进项扣除率政策沿革，1994.1.1-2001.12.31，税率为10%；2002.1.1-2017.6.30，税率为13%；2017.7.1-2018.4.30，税率为11%（加计扣除2%）；2018.5.1—2019.3.31日，税率为10%（加计扣除2%）；2019.4.1年以后税率为9%（加计扣除1%）。
一、取得增值税专用发票
例1.某企业2019年5月向一般纳税人收购牛尾用于生产牛毛（9%税率），取得增值税专用发票，票面金额1000，税率9%，增值税额90，价税合计1090元，则可以抵扣的进项税额90元。当月全部领用。
采购时：
借：原材料—牛尾1000
应交税费—应交增值税（进项税额）90
贷：应付帐款1090
领用时：
借：生产成本1000
贷：原材料—牛尾1000
（二）纳税人购进用于生产或者委托加工13%税率货物的农产品，按照10%的扣除率计算进项税额。
例2.某企业向一般纳税人收购牛尾用于生产洗净毛（13%税率），取得增值税专用发票，票面金额1000，税率9%，税额90元，价税合计1090元，则可以抵扣的进项税额100元。当月领用一半原材料。
领用时：加计扣除农产品进项税额=90×1/2÷9%×1%=5元
借：生产成本495
应交税费—应交增值税（进项税额）5
贷：原材料500
（三）从按照简易计税方法依照3%征收率计算缴纳增值税的小规模纳税人取得增值税专用发票的，以增值税专用发票上注明的金额和9%的扣除率计算进项税额。
例3.某企业2019年6月向小规模纳税人收购牛尾用于生产牛毛（9%税率），取得其向税务机关代开的增值税专用发票，票面金额1000，征收率3%，税额30，价税合计1030元，则总的可以抵扣的进项税额90元。当月领用一半原材料。
借：原材料—牛尾940
贷：应付帐款1030
借：生产成本470
贷：原材料470
例4.某企业向小规模纳税人收购牛尾用于生产洗净毛（13%税率），取得其向税务机关代开的增值税专用发票，票面金额1000，征收率3%，税额30，价税合计1030元，则总的可以抵扣的进项税额100元。当月领用一半原材料。
借：生产成本465
（四）纳税人购进农产品既用于生产销售或委托受托加工13%税率货物又用于生产销售其他货物服务的，应当分别核算用于生产销售或委托受托加工13%税率货物和其他货物服务的农产品进项税额。未分别核算的，统一以增值税专用发票上注明的增值税额为进项税额。
二、取得海关进口增值税专用缴款书
以海关进口增值税专用缴款书上注明的增值税额为进项税额。应自开具之日起360日内向主管税务机关报送《海关完税凭证抵扣清单》，申请稽核比对。
三、开具农产品收购发票，或者取得农产品销售发票
（一）农产品免征增值税范围：
注意：对上述单位和个人销售的外购的农业产品，以及单位和个人外购农业产品生产、加工后销售的仍然属于注释所列的农业产品，不属于免税的范围，应当按照规定税率征收增值税。
2.根据财税〔2008〕81号规定，对农民专业合作社销售本社成员生产的农业产品，视同农业生产者销售自产农业产品免征增值税。
3.根据总局公告2013年第8号规定，纳税人采取“公司＋农户”经营模式，纳税人回收再销售畜禽，属于农业生产者销售自产农产品，应根据《中华人民共和国增值税暂行条例》的有关规定免征增值税。
4.根据总局公告2010年第17号规定，制种企业在规定的生产经营模式下生产销售种子，属于农业生产者销售自产农业产品，应根据《中华人民共和国增值税暂行条例》有关规定免征增值税。
5.根据财税字〔1999〕198号、财税〔2014〕38号规定，对承担粮食收储任务的国有粮食购销企业销售粮食、大豆免征增值税，并可对免税业务开具增值税专用发票。
（二）纳税人购进农产品，取得（开具）农产品销售发票或收购发票的，以农产品销售发票或收购发票上注明的农产品买价和9%的扣除率计算进项税额。
例5.某企业向农民收购自产牛尾用于生产牛毛（9%税率），开具农产品收购发票，金额98784元，则总的可以抵扣的进项税额为98784×9%=8890.56元，原材料的成本=票面金额98784×91%=89893.44元。
借：原材料—牛尾89893.44
应交税费—应交增值税（进项税额）8890.56
贷：应付帐款98784
（三）购进用于生产销售或委托受托加工13%税率货物的农产品，按照10%的扣除率计算进项税额。
例6.某企业向农业合作社收购牛尾生产洗净毛（13%税率），取得农产品销售发票，金额98784元，则总的可以抵扣的进项税额为98784×10%=9878.40元。本月全部领用。
（1）采购时：
（2）领用时加计扣除：
公式：加计扣除农产品进项税额=当期生产领用农产品已按票面税率（扣除率）抵扣税额÷票面税率（扣除率）×1%。=8890.56÷9%×1%=987.84
借：生产成本88905.60
应交税费—应交增值税（进项税额）987.84
贷：原材料89893.44
（四）未分别核算时
纳税人购进农产品既用于生产销售或委托受托加工13%税率货物又用于生产销售其他货物服务的，应当分别核算用于生产销售或委托受托加工13%税率货物和其他货物服务的农产品进项税额。未分别核算的，统一以农产品收购发票或销售发票上注明的农产品买价和9%的扣除率计算进项税额。
四、可同时适用加计抵减
生活服务业纳税人同时兼营农产品深加工，可以同时适用农产品加计扣除以及加计抵减政策。
按照《财政部税务总局海关总署关于深化增值税改革有关政策的公告》（财政部税务总局海关总署公告2019年第39号）的规定，提供生活服务的销售额占全部销售额的比重超过50%的纳税人，可以适用加计抵减政策。该纳税人如果同时兼营农产品深加工业务，其购进用于生产或者委托加工13%税率货物的农产品，可按照10%扣除率计算进项税额，并可同时适用加计抵减政策。
例7：某公司系一般纳税人，主营业务为植物养护，兼营农产品生产，该企业2018年4月至2019年3月期间的植物养护销售额占全部销售额的比重超过50%。2019年4月购进农产品10000元用于生产蔬菜罐头，当月已全部领用。当期其他一般计税项目取得允许抵扣的进项税额合计2000元。
解析：由于农产品用于深加工，进项税额允许按照10%扣除率计算抵扣1000元。其他允许抵扣的进项税额2000元。甲公司可以计算加计抵减的进项税额基数是3000元，允许加计抵减应纳税额300元。
五、农产品核定扣除
大部分地区使用投入产出法核定农产品增值税进项税额，纳税人购进农产品根据主要用途不同可分为以下三类，核定方法如下：
（一）用于生产或委托加工货物，且构成产品实体
1、投入产出法
当期允许抵扣农产品增值税进项税额=当期农产品耗用数量×农产品平均购买单价×扣除率/（1＋扣除率）
当期农产品耗用数量=当期销售货物数量（不含采购除农产品以外的半成品生产的货物数量）×农产品单耗数量
注：农产品是指列入《农业产品征税范围注释》（财税字〔1995〕52号）的初级农业产品，扣除率为销售货物的适用税率，下同。目的是为了体现增值税对增值额征税的特点，使得最终产品销项计算税率和它的原料的进项计算税率相一致。
例8：某公司2019年5月1日—5月31日销售10000吨巴士杀菌羊乳，其主营业务成本为6000万元，农产品耗用率为70%，原乳单耗数量为1.06，原乳平均购买单价为4000元/吨。使用投入产出法计算核定的进项税额。
当期允许抵扣农产品增值税进项税额=当期农产品耗用数量×农产品平均购买单价×扣除率/（1＋扣除率）=10000吨×1.06×0.4×9%/（1＋9%）=385.45万元。
【提示】如果此例换成生产出的产品是酸奶等13%税率的货物，则公式中的扣除率为13%。
依据：财税〔2012〕38号、财政部税务总局海关总署公告2019年第39号
借：应交税费—应交增值税（进项税额）3854500
贷：主营业务成本3854500
2、成本法
当期允许抵扣农产品增值税进项税额=当期主营业务成本×农产品耗用率×扣除率/（1＋扣除率）
农产品耗用率=上年投入生产的农产品外购金额/上年生产成本
农产品外购金额（含税）不包括不构成货物实体的农产品（包括包装物、辅助材料、燃料、低值易耗品等）和在购进农产品之外单独支付的运费、入库前的整理费用。
例9：某酒厂（一般纳税人）外购粮食生产销售白酒，采用成本法核定增值税进项税额。经税务机关核定的粮食耗用率为80%。2019年6月，企业主营业务成本为150万元。假设不考虑其他副产品。
解：当期允许抵扣粮食增值税进项税额=当期主营业务成本×农产品耗用率×扣除率/（1＋扣除率）=150*0.8*0.13/1.13=13.81万元
依据：财税〔2017〕37号第二条第三项、财税〔2012〕38号
3、参照法
试点纳税人购进农产品生产销售上述产品以外的其他产品，可采取“参照法”，在投产当期增值税纳税申报时向主管税务机关提出申请，参照所属行业或者生产结构相近的其他纳税人的平均水平，确定农产品单耗数量，由主管税务机关据实核定，并报省税务局备案。
（二）购进农产品直接销售
当期允许抵扣农产品增值税进项税额=当期销售农产品数量/（1－损耗率）×农产品平均购买单价×9%/（1＋9％），
损耗率＝损耗数量/购进数量
例10：某纺织厂系增值税一般纳税人，以外购皮棉为原料生产棉纱，2019年5月8日，自某商贸小规模纳税人处收购皮棉200吨，取得对方代开的增值税专用发票1张，金额80万元，税额2.4万元，款项尚未支付。该企业皮棉无期初库存，当月对外直接销售皮棉90吨，每吨含税售价4400元，假定当地税务机关核定的损耗率为5%。该纺织厂当月应纳增值税额是多少？
1、购进时：
借：原材料824000
贷：应付账款824000
2、直接销售时：
借：应收账款39600
贷：其他业务收入363302.75
应交税费—应交增值税（销项税额）32697.25
皮棉期末平均购买单价为824000÷200=4120元/吨。核定扣除的进项税额＝当期销售农产品数量/（1－损耗率）×农产品平均购买单价×9%/（1＋9%）
=90/（1-5%）×4120/（1+9%）×9%=32227.91元
借：其他业务成本338572.09（倒挤）
应交税费—应交增值税（进项税额）32227.91
贷：原材料370800（=4120×90）
应纳税额=4400/（1+9%）×90×9%-32227.91=469.34元
（三）购进农产品用于生产经营且不构成货物实体的（包括包装物、辅助材料、燃料、低值易耗品等）
当期允许抵扣农产品增值税进项税额=当期耗用农产品数量×农产品平均购买单价×（10%或9%）/（1+10%或9%)
注：购进用于生产销售或委托加工13%税率货物的，扣除率为10%；用于生产销售或委托加工初级农产品的，扣除率为9%。
例11：某粮食加工厂2019年5月购进原木50000元作为燃料，用于生产胶合板,6月生产年糕销售耗用燃料20000元。
购进时：
借：原材料50000
贷：银行存款50000
生产领用时：
借：主营业务成本20000
贷：原材料20000
核定扣除进项税额=20000/（1+10%）×10%=1818.18元。
借：应交税费—应交增值税（进项税额）1818.18
贷：主营业务成本1818.18
六、申报表填写
例12：某一般纳税人2019年6月，从一般纳税人处购进农产品，取得增值税专用发票1份，票面金额10000元，税额900元；从小规模纳税人处购进农产品，取得增值税专用发票1份注明金额10000元，税额300元；从农民处收购免税农产品20000元，开具农产品收购发票1份，后领用10000元农产品用于生产13%税率的货物，已按照规定分别核算。假设增值税专用发票已通过增值税发票选择确认平台选择用于抵扣的增值税专用发票。
（一）解析
1、从一般纳税人处取得专用发票，以增值税专用发票上注明的增值税额900元为进项税额；
2、从小规模纳税人取得专用发票，以增值税专用发票上注明的金额10000元和9%的扣除率计算进项税额为900元；
3、开具农产品收购发票的，以农产品收购发票上注明的农产品，用于生产销售13%税率货物，按照10%的扣除率计算进项税额（其中1%于实际领用时加计扣除）20000×9%+10000×1%=1900元。
可抵扣进项税额=10000×9%+10000×9%+20000×9%+10000×1%=3700元。
（二）增值税申报表填写
(一）第1栏“（一）认证相符的增值税专用发票”是2，3栏的合计数，第2栏“本期认证相符且本期申报抵扣”,份数填写1份，税额填写900元。
（二）第4栏“（二）其他扣税凭证”，是5，6，7，8a,8b栏的合计数。
（三）第6栏“农产品收购发票或者销售发票”，注意从小规模纳税人处购进农产品时取得增值税专用发票情况也填写在本栏，但购进农产品未分别核算用于生产销售13%税率货物和其他货物服务的农产品进项税额情况除外。“税额”栏＝农产品销售发票或者收购发票上注明的农产品买价×9%+从小规模纳税人处购进农产品取得增值税专用发票上注明的金额×9%，填写2700元，份数填写2份。执行农产品增值税进项税额核定扣除办法的，填写当期允许抵扣的农产品增值税进项税额，不填写“份数”“金额”。
（四）第8a栏“加计扣除农产品进项税额”：填写纳税人将购进的农产品用于生产销售或委托受托加工13%税率货物时加计扣除的农产品进项税额。该栏不填写“份数”“金额”。税额栏填写100元。
（五）第12栏“当期申报抵扣进项税额合计”填写合计数：份数3份，金额40000元，税额3700元。
第二部分存在的涉税风险
一、购进农产品没有索取增值税专用发票，没有扣税凭证，导致无法抵扣进项税额。
二、购进农产品取得税务机关代开的增值税专用发票，在进行增值税纳税申报时按发票上注明的税额（3%征收率对应的增值税额）填列附列资料（二）第1栏和第2栏，导致少抵扣进项税额。
三、从批发、零售环节小规模纳税人购进农产品取得普通发票抵扣了进项税额。
（一）从批发、零售环节纳税人处购进免税蔬菜
（二）从批发、零售环节纳税人处购进免税鲜活肉蛋产品
四、向农业生产者购买农产品与从批发零售环节购买农产品未分开核算。
建议取得农业生产者开具的普通发票，在备注栏内或具体农产品名称后注明“农业生产者自产”，以免难以区分。
五、2019年4月1日以前收购的农产品，4月1日以后用于生产或委托加工13%税率的货物，错误地按照2%加计扣除。
对于4月1日以后领用农产品用于生产或委托加工13%税率的货物，不论4月1日以前收购还是4月1日之后收购，应统一按照1%加计扣除。
六、购进农产品既用于生产销售或委托受托加工13%税率货物又用于生产销售其他货物或服务的，未分别核算用于生产销售或委托受托加工13%税率货物和其他货物或服务的农产品进项税额。未分别核算的，企业必须统一以增值税专用发票或海关进口增值税专用缴款书上注明的增值税额为进项税额，或以农产品收购发票或销售发票上注明的农产品买价和9%的扣除率计算进项税额。
七、核定扣除未按规定计算可抵扣进项税额。
存在农产品平均购买单价计算错误、扣除率适用错误等，或者将取得专用发票的农产品抵扣进项后又进行核定扣除，造成重复抵扣等风险。
八、未按规定开具农产品收购发票
（一）从非农业生产者处购买的农产品开具了农产品收购发票，存在不予抵扣进项税额的风险。
（三）发生了交易，但人为操纵农产品收购数量或价格，造成不缴或少缴税款，存在行政处罚甚至被认定为虚开发票的风险。
（四）未发生交易，虚开农产品收购发票。
对于虚开农产品收购发票或销售发票的，存在进行行政处罚，依法追究刑事责任的风险。
《发票管理办法》第三十七条规定，虚开发票的，由税务机关没收违法所得；虚开金额在1万元以下的，可以并处5万元以下的罚款；虚开金额超过1万元的，并处5万元以上50万元以下的罚款；构成犯罪的，依法追究刑事责任。
根据《全国人民代表大会常务委员会关于惩治虚开、伪造和非法出售增值税专用发票犯罪的决定》（主席令〔1995〕第57号）第五条规定，虚开用于骗取出口退税、抵扣税款的其他发票的，构成虚开专用发票罪。根据《最高人民法院关于虚开增值税专用发票定罪量刑标准有关问题的通知》（法〔2018〕226号）和《刑法》第二百零五条规定，虚开的税款数额在五万元以上的，以虚开增值税专用发票罪处三年以下有期徒刑或者拘役，并处二万元以上二十万元以下罚金；虚开的税款数额在五十万元以上或者有其他严重情节的，处三年以上十年以下有期徒刑；虚开的税款数额在二百五十万元以上的或者有其他特别严重情节的，处十年以上有期徒刑或者无期徒刑，并处五万元以上五十万元以下罚金或者没收财产。
单位犯本条规定之罪的，对单位判处罚金，并对其直接负责的主管人员和其他直接责任人员，处三年以下有期徒刑或者拘役；虚开的税款数额在五十万元以上或者有其他严重情节的，处三年以上十年以下有期徒刑；虚开的税款数额在二百五十万元以上的或者有其他特别严重情节的，处十年以上有期徒刑或者无期徒刑。
虚开增值税专用发票或者虚开用于骗取出口退税、抵扣税款的其他发票，是指有为他人虚开、为自己虚开、让他人为自己虚开、介绍他人虚开行为之一的。
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