现行增值税规定，农业生产者销售的自产农业产品免征增值税(农业生产者，包括从事农业生产的单位和个人);对从事蔬菜批发、零售的纳税人销售的蔬菜免征增值税;农民专业合作社销售本社成员生产的农业产品，视同农业生产者销售自产农业产品免征增值税;对从事农产品批发、零售的纳税人销售的部分鲜活肉蛋产品免征增值税;采取“公司+农户”经营模式，视同农业生产者销售自产农产品免征增值税。也就是说，增值税一般纳税人所购进农产品在上一个环节基本上是免征增值税。一般来说，享受免征增值税，相应不能开具增值税专用发票。但对国有粮食储备购销企业销售粮食免征增值税但可以开具增值税专用发票属于例外情形。作为一般纳税人购买农产品如何抵扣进项税
一、从一般纳税人处取得专用发票。购进农产品，取得一般纳税人开具的增值税专用发票或海关进口增值税专用缴款书，直接按票上的进项税额抵扣，不需要计算应抵扣的进项税。例如：某公司从某一般纳税人企业购进小麦一批，对方开了增值税专用发票，金额10万元，税额0.9万元，此时，该公司直接按正常取得专票认证抵扣，可抵扣进项税为0.9万元。当然，如果用于生产或委托加工13%税率货物的农产品，还能加计抵扣1%。
二、从小规模纳税人处取得专用发票。根据规定，购进农产品，从按照简易计税方法依照3%征收率计算缴纳增值税的小规模纳税人取得增值税专用发票的，以增值税专用发票上注明的金额和9%的扣除率计算进项税额。用于生产13%税率的，按照10%扣除率计算进项税额。现政策规定，疫情期间小规模纳税人按照1%征收率计算缴纳增值税，并可以开具增值税专用发票。开具1%专票是否可以9%或10%计算抵扣各地的答疑口径是不同的，纳税人执行的很混乱。国家税务总局答疑的口径：从小规模纳税人处购进农产品取得1%专票不得按票面金额的9%或10%计算抵扣，只有取得3%的专票才可以。例如：某公司从某小规模纳税人企业购进小麦一批，取得代开的增值税专用发票，金额10万元，税额0.3万元，此时，该公司能抵扣的进项税=10×9%=0.9万元，计入原材料金额=10+0.3-0.9=9.4万元。
三、向农业生产者个人购进的自产农产品，可以凭自行开据的农副产品收购发票计算抵扣进项税。农产品收购发票是指收购单位向农业生产者个人(不包括从事农产品收购的个体经营者)收购自产农业免税产品时，由付款方向收款方开具的发票。农户销售自产农产品免征增值税，企业在开具收购发票的时候也是免税开具。开具收购发票在“发票管理-发票填开”处选择“收购发票填开”。如果此处没有“收购发票填开”项目，则需要到主管税务机关进行申请。开具收购发票应当注意：收购发票上的销售方(农户)，要与购销合同上的销售方一致，销售方确实是给企业提供货物的人。企业给销售方支付货款时，收款人姓名应该与销售方名称一致。即保证业务真实性。
四、农产品生产单位销售自产农产品或向农民专业合作社销售的农产品以及采取“公司+农户”经营模式销售的农产品，都是免征增值税，可以开具免税的农副产品销售发票。作为购买方虽然索取的是免税的增值税普通发票，但仍然可以根据发票金额计算抵扣增值税。可以抵扣的进项税额=票面金额×9%，用于生产13%税率深加工产品按照10%扣除率计算进项税额。
注意：一是纳税人购进农产品既用于生产销售或委托受托加工13%税率货物又用于生产销售其他货物服务的，应当分别核算用于生产销售或委托受托加工13%税率货物和其他货物服务的农产品进项税额，未分别核算的，统一以增值税专用发票或海关进口增值税专用缴款书上注明的增值税额为进项税额或以农产品收购发票或销售发票上注明的农产品买价和9%的扣除率计算进项税额。二是纳税人购进农产品，在购入当期，应遵从农产品抵扣的一般规定，按照9%计算抵扣进项税额。如果购进农产品用于生产或者委托加工13%税率货物，则在生产领用当期，再加计抵扣1个百分点。
2019年4月的解析——
农产品，到底该怎么抵扣进项税？
朋友一进门就唉声叹气：这个农产品怎么这么麻烦啊，进项税抵扣问题我本来以为已经搞明白了，结果公司从超市买了些水果、蔬菜，开的有专票和普票，我查了半天，搞不清楚应该不应该抵扣进项税。你说，农产品，到底该怎么抵扣进项税？
我说：农产品的进项税抵扣确实比较特殊，需要专门聊一聊。
朋友说：我就不明白了，为啥农产品要搞特殊化？
我说：你想啊，农民伯伯辛辛苦苦地种出粮食啊、水果啊，饲养的牲口卖出去，又挣不了多少钱，你忍心让他们缴税？
朋友说：我是不忍心让他们缴税，可我听你叫农民伯伯我更不忍心，小孩这么叫还可以，你这把年纪还这样称呼，我有点起鸡皮疙瘩。
我说：我这不是从小学生开始这么称呼习惯了吗。说正经的，农业生产者销售自产的农产品是免增值税的。支持三农，这个没话说。但你知道增值税是环环抵扣政策，具有传导机制，国家对最上游的初级农产品免税，如果不进行政策上的特殊规定，最直接的结果会导致下游企业没办法抵扣进项税，多缴增值税，整体看就成了转移税负，而不是扶持农业了。所以政策上既要免除农业生产者的增值税，又要想办法让下游企业充分抵扣进项税，所以，购进农产品抵扣进项税政策就格外繁琐。
朋友说：哦，这样啊，那政策上做了些什么特殊规定呢？
我说：对于企业购进农产品抵扣进项税，一共有两种抵扣方式，第一种方是式凭票抵扣；第二种方式是核定扣除。各有各的特殊规定。
朋友说：那你先说说第一种凭票抵扣有什么具体规定吧。
我说：农产品凭票扣税，你只需要记住：有四种凭证，四种抵扣方法。
这四种可以扣税的凭证有：一增值税专用发票；二海关专用缴款书；三农产品销售发票；四农产品收购发票，后面这两种属于普通发票。
朋友忍不住嘀咕：为啥又是销售发票，又是收购发票，这农产品发票到底应该是谁开？
我说：这是农产品的一个特殊点，其他货物当然都是销售方开发票，但农产品呢？既可以农业生产者开具销售发票，又因为农产品收购企业会面对许多农户，很多农户是不具备开发票的条件和能力的，所以允许反向开具发票，由收购企业向农户开具农产品收购发票。
朋友说：哦，四种凭证我了解了，那四种抵扣方法是什么？
我说：农产品的四种进项税抵扣方法。第一种：收到一般纳税人开具的增值税专用发票或海关专用缴款书，就是按发票上的税额抵扣，这个很常规化；
第二种：从小规模纳税人购进农产品，取得3%征收率的增值税专用发票，发票上的标明的税额虽然是3%，从2019年4月1日，按票面金额和9%的扣除率计算抵扣进项税。取得的是3%的专票却可以按9%计算抵扣，这种抵扣方式可是独一份啊！
第三种：从农业生产者手中购进农产品，按收购发票和销售发票，注明的买价和9%扣除率计算进项税。
第四种：如果购进的农产品用于生产13%税率的货物的，在领用当期加计扣除1%的进项税，也就等于实际扣除率是10%。这是营改增后简并税率的时候出现的规定，主要是为了维持原先的扣税力度，而专门制定的。
朋友说：哦，是这样啊，让我琢磨一下啊。普通发票，除了农产品收购发票和销售发票，其他的都不能抵扣吗？
我说：是的，采取凭票扣税的方式，农产品能抵扣的只有上面这四种凭证和四种扣税方式，其他的都不能。比如你们公司从小超市购进蔬菜取得的免税的普通发票，或者买了点水果，取得了3%征收率的普通发票，这些都是不能抵扣进项税的。
朋友说：我觉得这个农产品收购发票听起来还挺方便的，上次我们公司从养殖场买一些鸡鸭肉，作为员工福利发放，可养殖场没有给我们公司开票，我们公司能不能自己开一张农产品收购发票来计算抵扣进项税吗？
我哑然失笑：当然不可以，首先，这个收购发票必须是对农业生产者个人开具，肯定不能给养殖场开收购发票。另外农产品收购发票不是你想领就能领的，首先你公司确实有收购农产品的业务，另外还需要具备其他的一些条件，经过申请审批后才能领购。像你们公司偶尔买点农产品这样的业务，肯定是不能领购农产品收购发票的。
朋友说：哦，好吧。那你再说的第二种方式，农产品核定扣除进项税，有什么具体规定呢？
我说：那个说来话又长了，天色已晚，你搞明白这个，核定扣税咱们下次再聊。
案例解析
情形1
农产品加工企业A，从境外进口的农产品，关税完税价格为100万元，取得《海关进口增值税专用缴款书》，注明税额为10万元。
那么A企业增值税进项抵扣为缴款书上注明税额10万元。
情形2
农产品加工企业A，从一般纳税人B处购买农产品，取得B企业开具的增值税专用发票，发票上注明的金额为100万元，票面增值税额为10万元。
那么A企业增值税进项抵扣为票面增值税额10万元。
情形3
农产品加工企业A，从小规模纳税人B处购买农产品。取得B从税务机关代开的增值税专用发票，发票上注明的金额为100万元。
那么A企业可以抵扣的增值税为100万元*9%=9万元。
情形4
农产品加工企业A，从农业生产者B处购买自产的农产品，取得自开(或代开)的收购发票，买价为100万元。
那么A企业可以抵扣的增值税为100*9%=9万元。
情形5
农产品加工企业A，从农业生产者B处购买自产的农产品，开具了农产品收购发票，买价为100万元。
情形6
农产品加工企业A，从批发市场(或超市)购买的免税的蔬菜、鸡蛋、肉等农产品，取得了增值税普通发票，发票上注明的金额为100万元。
那么A企业可以抵扣的增值税为0。
财税专题
《中华人民共和国增值税暂行条例》第十五条规定，农业生产者销售的自产农产品免征增值税。
《中华人民共和国增值税暂行条例》第十二条规定，小规模纳税人增值税征收率为3%，国务院另有规定的除外。