在旧版中强调其中的第4章中4.2（技术指标）、4.3（重金属限量指标）和4.4（蛔虫卵死亡率和粪大肠菌群数）、第6章（检验规则）、第7章中的7.1（袋子材料及重量规定）和7.2（袋子外包装标识）为强制性条款（必须执行或者必须符合），其余为推荐性条款，在本次的修改中已经将其取消了。
2、修改了标准的适用范围：
在新版中强调适用于“以畜禽粪便、秸秆等有机废弃物为原料，经发酵腐熟后制成的商品化有机肥料”，相比于旧版中，删除了“动植物残体和以动植物产品为原料加工的下脚料”，但是增加了有机肥“商品化”的定性。
3、增加“腐熟度”和“种子发芽指数”的术语和定义：
腐熟度：即腐熟程度，指堆肥中有机物经矿化、腐殖化过程后达到稳定化的程度；
种子发芽指数：以黄瓜或萝卜种子为试验材料。有机肥料浸提液的种子发芽率和种子平均根长的乘积与水的种子发芽率和种子的平均根长的乘积的比值，用于评价有机肥料的腐熟度（即指数要大于或等于70%）。
4、增加生产原料的分类以及相对应要求
将原料分为三类，分别是适用类、评估类、禁用类。其中禁止选用粉煤灰、钢渣、污泥、生活垃圾（经分类陈化后的厨余废弃物除外）、含有外来入侵物种物料和法律法规禁止的物料等存在安全隐患的禁用类原料。
5、技术指标的修改
在本次修改中删除了“产品颜色的要求”，增加了“机械杂质的质量分数”和“种子发芽指数”，修改了“总养分的质量分数”和“有机质的质量分数”。
旧版中总养分为≥5%，有机质≥45%，新版中则总养分为≥4%，有机质≥30%，两者均有所修改（有机质实质上未发生改变，详见后面）。
6、检测方法的修改及增加
主要涉及有机质含量的计算方法、总氮、总磷和总钾含量的测定方法，增加机械杂质的质量分数和种子发芽指数的测定方法。
2）总氮检测方法未修改，总磷和总钾的含量测定方法中增加了“等离子体发射光谱法”，原先总磷采用的“分光光度法”和总钾“火焰光度法”可继续适用，且为仲裁法适用。
3）增加种子发芽指数的测定方法，主要检测就是将有机肥料和水按1:10混合，振荡1h，静置0.5h，过滤，摇匀。取10粒大小基本一致种子，分别加入浸提液和清水10ml，在25度培养箱避光培养48h后，统计发芽率和测量主根长，做平行试验。
7、修改检验规则
1）型式检验情况增加了“停产再复产时”和“出现重大争议或双方认为有必要”这两种情况。（型式检验为政府抽样，有资质第三方检测）
2）增加“组批”，规定有机肥料的最大批量为500吨；
3）取样方式及重量变化：
旧版是按袋子的3/4处取样，取出不少于100g，每批总量不少于2kg；
新版是按包装部的表面、中间、底部三个水平取样，每袋取出不少于200g，每批总量不少于4kg；
4）增加散装产品的取样规程，旧版采用GB/T6679固体化工产品采样通则；
5）样品缩分：旧版是按缩分至1000g，分装于3个瓶，一瓶用于水分测定，一瓶用于产品分析，一瓶至少保存2个月；
新版中按缩分至2000g，分装于3个瓶，一瓶用于水分测定和种子发芽指数的测定，一瓶用于产品分析，一瓶至少保存6个月；
6）试样制备的余样处理：旧版是作为成分分析使用，新版作为机械杂质的测定使用；
8、包装、标识的变动
1）新版在净含量的变化，删除了重量的上下浮动要求；
2）新版上要求包装袋上要注明主要原料名称（质量分数≥5%，以鲜基计），建议标注二维码；