（一）关于支出功能分类项级科目的使用问题
1、行政单位
主管部门所属行政单位，如省防汛抗旱指挥部办公室，其支出也应按上述原则分别列示。即维持日常运转的部分，列入行政运行和一般行政管理事务；其他专项开支部分，分别列入防汛、抗旱。
原则上一个部门主要使用一个与本部门的职能相对应的功能科目，例如：人大部门使用“人大事务”（201-01）科目，教育部门使用“教育”（205）科目。大多数行政单位的支出按单位的职能活动设置了多个项。比如人大，项级科目设置了行政运行、一般行政管理事务、人大会议、代表培训、代表工作等项。其中“行政运行”反映人大机关的基本支出。人大会议、代表培训、代表工作反映人大会议、培训、代表视察等重要行政管理专项工作的支出。一般行政管理事务反映人大未单独设置项级科目反映的其他项目支出。因此，人大机关原通过基本建设支出、人大经费等科目安排的各项支出，要按新的项级科目设置情况进行对应。属于基本支出范围的，列入行政运行；属于项目支出的，凡单独设置项级科目的，如人大会议、代表培训、代表工作，应对应到单独设置的项级科目，未单设项级科目的，一律对应到一般行政管理事务项。其他部门所属行政单位（包括实行公务员管理的事业单位），参照上述办法处理。
需要强调的是，“行政运行”、“一般行政管理事务”科目仅用于行政单位（包括实行公务员管理的事业单位）支出的反映。
2、事业单位
（1）行政机关附属的为机关提供服务的事业单位，如信息中心、机关服务中心、后勤中心、医务室等，其支出统一在有关“机关服务”（一般为科目03项）科目反映。
（2）独立履行某项政府职能的事业单位，其支出凡有专门的功能分类科目的，均在有关科目反映。各类学校如小学、中学、大学等，均按单位职能设置小学教育、中学教育、高等教育项。这些单位原通过基建支出、有关事业费、出国费等科目安排的支出，不论基本支出还是项目支出，统一按职能归集，对应到小学教育、中学教育、高等教育项。如某农业事业单位的机构支出列“04项农业事业机构”，某水质监测机构的支出在“水质监测”项级科目反映；某部门所属独立核算医院的支出在“医疗卫生”类下的“医疗服务”款中反映。其他按职能设置项级科目的，如综合医院、中医医院、传染病医院、口腔医院等均按上述原则处理。
（4）事业单位支出凡按具体职能活动设有多个项级科目的，其支出要根据新科目设置情况分别反映。如体育部门原通过“体育竞赛费”、“其他体育事业费”安排的体育竞赛支出，均在“体育竞赛”科目反映；原通过“优秀运动队经费”、“业余训练费用”、“其他体育事业费”安排用于体育训练的支出，均在“体育训练”科目反映；原通过“基本建设支出”、“体育场馆补助费”安排用于体育场馆建设和维护的支出，均在“体育场馆”科目反映。
还有一些事业单位，当部门所属的财务独立核算单位的职能与主管部门相互交叉时，应根据该单位的最终职能使用科目，例如：教育部门所属大学的医院应该使用“医疗卫生”科目，卫生部门所属的学校应该使用“教育”科目。对于非独立核算单位的职能交叉经费应该在本部门职能科目中反映，例如，省属某高校医务室的开支应该列入“教育”科目。
当某一单位有多种职能时，应根据实际情况按将工作任务分解后使用资金，例如：某学校同时拥有初中和高中，该学校编制预算时应该分别编制，实在难以区分，可按照大数原则将资金列入“初中”或“高中”科目。
（二）关于支出经济分类科目的使用问题
二、新旧科目不是严格的“一一对应”关系
由于分类标准、科目涵盖内容不同，新的支出功能分类科目与原支出科目之间并不存在严格的一一对应关系旧的支出类、款、项科目是按基本建设、事业费、行政管理费等经费性质设置的，而新的支出功能分类科目是按政府职能活动确定，由此导致新旧科目之间必然存在内涵上的差别。比如新旧科目中都有“防汛”、“抗旱”两个项级科目，但旧科目只反映有关专项事业费支出，新科目则要反映用基本建设资金、事业费等各项经费安排的所有支出。由于新科目内涵较大，一般要对应多个旧科目，大致可分为以下两种情况：
二是一般性经费支出科目，如“基本建设支出”、“行政管理费”等。必须根据具体的资金投向，对原科目反映的内容进行拆分，并分别确定适用的支出功能分类科目。因此，这类旧科目与新科目的对应关系很难在新旧科目对照表中作具体描述。
三、使用新政府收支分类转换部门预算数据的有关问题
1、关于部门预算编制中涉及基金及专项收入的填列问题，这部分资金必须保证专款专用、以收定支。主要包括政府性基金（103-01）、专项收入（103-02）、部门在编制预算时，一是要合理准确预计收入，编制好收入计划；二是在开支这些经费时，必须使用对应的支出科目，例如：“养路费”的收入使用“养路费收入”科目、支出时使用“养路费支出”（214-01-15）支出科目，这样，才能完整核算基金及专项收入的收支。
2、关于“外交”（202）科目，原则上地方政府不使用该科目，只有受外交部委托举办活动的开支才可以使用。
3、关于“科学技术”（206）科目，该科目是新政府收支分类改革的特例之一，既包括用于科技部门执行政府职能的有关事务支出，还包括原来的“科学事业费”和“科技三项费用”，各部门在使用新科目编制2006年度预算时，应该将原来的“科学事业费”和“科技三项费用”在此科目中反映，不得列入本单位的功能科目。省属公益类科研院所及农科院、植物所的经费也应该在该科目中反映。其他各部门所属的研究所经费原则上在本部门功能科目中反映。
4、关于“其他支出”229类“住房改革支出”03款科目，该科目作为政府收支分类改革的又一特例，适用于所有编制部门预算的单位。
5、各部门的离退休经费、医疗经费应该直接在本部门的功能科目中反映。
6、为完整反映省本级的支出，补助各市县的经费不得由省级部门直接支付。部分省、市共用的专款在编制部门预算时，必须进行分解，根据各自的职能将资金分解到各个功能和经济科目。
8、“环境保护”是新设立的类级科目，现行科目中的农林水事务方面的支出涉及环境保护的，应在该科目下反映。
9、新政府收支分类部门预算包括预算资金、非税资金（包括政府性基金）、债务资金等所有资金，采用多维报表可分别输出一般预算收支、基金预算收支及债务预算分类报表。
四、需要特别说明的有关问题
1、各部门所属单位的支出适用科目
2、原“科技三项费用”的适用科目
原“科技三项费用”安排的支出，按归口管理的原则集中在“科学技术”类下的“应用技术研究与开发”、“产业技术研究与开发”等项级科目反映。原各部门采用“科技三项费用”科目的也使用“科学技术”类下的“应用技术研究与开发”、“产业技术研究与开发”等项级科目反映
3、财政对各类企业支出的适用科目
4、关于新的科目体系与预算管理方式的衔接问题
“这次政府收支分类改革虽然牵涉面广，但它只改变资金的反映渠道和统计口径，并不触及单位的资金分配、管理权限和工作流程，不涉及利益格局的调整，主要是一项技术性和基础性的改革。为尽快确立新的政府收支分类框架，当前不改变预算管理的基本流程和管理模式，不改变预算平衡口径及政府基金、预算外资金、社会保险基金等管理方式”。国办秘书二局在给国务院领导的请示中专门讲到了这个问题，同时也得到了国务院领导的认可。改革后，各地可以用新科目继续编制政府一般预算收支、政府性基金预算收支和预算外收支预算，各级政府可以继续向人大报送一般预算收支、基金预算收支。同时，根据实际需要，各地也可以用新科目进行全部政府收支的统计汇总。
5、关于科目口径变化和数据转换问题
改革前后科目名称、口径发生较大变化，如新科目中的“教育支出”，除包括原“教育事业费”之外，还包括教育基建支出、教育行政费支出以及其他用于教育方面的支出。为保证预算编制和执行的可比性，财政部决定对2006年的预算（政府预算和部门预算）和预算分月执行数按新科目作一次数据转换，以实现新旧科目的衔接和可比。但改革后新科目数据与以前年度的旧科目数据则不能再直接进行比较。
6、关于政府性基金收支分类的问题
在新的政府收支分类中，政府性基金收支不再分块单独反映。基金收入统一归入“非税收入”，并设款项科目反映。基金支出则在有关类款级支出功能分类科目下单独设置项级科目反映。如“公路养路费支出”，新的政府收支分类将其作为“公路运输”下的一个项级科目反映。这样做便于完整反映“公路运输”这项功能的全部支出情况。待将来条件成熟后，可以根据实际支出情况把基金打开，并入有关具体支出功能分类科目。如“农业发展基金”，可能有用于技术推广的，可有用于病虫害防治的，都应分别列入有关科目。
7、关于基建支出的处理问题
基建支出不是支出功能分类科目，考虑到科目规范性，为方便管理，在支出经济分类中，拆分成“基本建设支出”和“其他资本性支出”两个类级科目，基本建设支出科目专门反映发改委基建，其他资本性支出反映除发改委基建之外的所有资本性支出。