国有粮食企业增值税政策调整以后，不少市、地在贯彻执行新的规定中提出了一些问题。根据财政部、国家税务总局《关于粮食企业增值税征免问题的通知》（财税字[1999]198号）和国家税务总局《关于国有粮食购销企业开具粮食销售发票有关问题的通知》（国税明电[1999]10号）等规定，现将有关问题通知如下：
1.有县以上（含县）粮食行政管理部门的资格审定批准文件，具备相应规模的粮食仓储设施，有相应的粮食检验、保管专业人员；
2.承担中央、地方政府安排的粮食收购并储存的任务；
3.在中国农业发展银行开立基本帐户，粮食收购资金从农业发展银行专项贷款，实行封闭运行；
4.收购、储存粮食的利息、费用由粮权所属政府的财政部门拨付；
三、免税货物的范围问题
1.享受免税的国有粮食购销企业销售的粮食，是指《农业产品征税范围注释》（财税字[1995]52号）规定的粮食范围；
2.军队用粮、救灾救济口粮、水库移民口粮的免税，仅限于经有权部门批准的品种、数量，并使用指定的有效票证销售的粮食；
3.享受免税的储备食用植物油的范围，是指《增值税部分货物范围注释》（国税发[93]151号）列举的食用植物油。已经国税机关认定免税资格的国有粮食企业，应在财务上单独核算免税粮食和食用植物油的品种、数量及销售额；未单独核算的，一律不予免征增值税。
四、增值税专用发票的开具问题享受免税的国有粮食购销企业，自1999年8月1日起，可继续使用增值税专用发票，其销售给属于一般纳税人的生产、经营单位的粮食，暂准予开具增值税专用发票。开具的专用发票，比照非免税货物填开，企业记帐销售额为“价税合计”数。属于一般纳税人的生产、经营单位，从国有粮食购销企业购进的免税粮食，可依照国有粮食购销企业开具的增值税专用发票注明的税额抵扣进项税额。
五、免税企业的纳税申报问题享有免税优惠的国有粮食企业，仍应按规定进行纳税申报。销售三种免税粮食或储备食用植物油的企业，应将销售粮油的批准文件和粮票等资料，作为纳税申报的备查资料，单独装订，供国税机关核查。上述备查资料，是否要在申报当期报送，由市、县国税局确定。具有免税资格的国有粮食企业，不按期进行纳税申报的，除按征管法的有关规定给予处罚外，还应取消其免税资格。
六、期初存货已征税款和留抵税额的处理问题享受免税优惠的国有粮食购销企业，其免税粮食部分的期初存货已征税款余额和留抵税额不予退还，应全部转入成本；有政府储备食用植物油销售业务的企业，其储备油的期初存货已征税款和留抵税额也应转入成本。
七、免税资格管理问题享有免税优惠的粮食企业，在其免税的条件发生变化时，应当及时向主管国税机关报告，停止其免税；对不报告的，国税机关有权收缴已免征的税款。属于骗取免税的，一律按偷税论处。每年年度终了，市、县国税局应对国有粮食企业的征免税情况进行一次清算，清算结果存入税收征管档案，并根据清算情况重新审定其免税资格。
八、与原有免税政策的衔接问题自1999年8月1日起，国有粮食企业增值税征免税政策改按财政部、国家税务总局（财税字[1999]198号）文件和本通知执行，原有的按比例划分征免税的规定同时废止。
各地应及时组织力量对国有粮食企业按比例征免税期间的纳税情况进行清算。今后，国税机关对国有粮食企业进行纳税检查，查补的税款，凡属于在1999年8月1日前的，仍按原有的规定处理。