市社科联机关、市社科院设13个内设机构，核定事业编制60名(其中,市社科联机关事业编制19名。设主席(院长)1名(正局级),副主席(副院长)3名(副局级);内设机构设正处级领导职数14名(含机关党总支专职副书记1名,计入市社科联机关),副处级领导职数4名(其中,市社科联机关1名).
（一）办公室。负责日常工作的综合协调和管理服务。负责文电会务、督查督办、信息宣传、机要保密、安全应急、值班管理、信访舆情、对外联络、后勤保障等工作。负责机构编制、人事管理、社会保障、财务、国有资产管理和离退休干部管理等工作。牵头组织实施流程再造工作。
（二）学会部。指导全市社会科学界各学会、研究会等研究组织的组织建设和业务活动,开展联谊活动,促进学科和队伍建设。组织实施全市社会科学优秀成果评奖工作,发布和推介优秀成果。组织开展国内外社科学术研讨交流。收集、整理、反映团体会员和社会科学工作者的要求、意见和建议,维护其合法权益。指导和管理市级社科类社会组织的党建工作。参与拟订和实施全市社会科学发展规划。
(三)科普部。负责宣传普及社会科学理论知识。建立市社科普及专家库,组织、协调社科专家、学者开展社科咨询服务。指导、协调各社科学会、研究会等研究组织的社科普及工作。协调推进社会科学界与自然科学界的联系协作。组织开展全市社科普及志愿服务行动,指导社科普及教育基地建设。负责社科普及信息化建设工作。负责全市社科普及工作者的培训工作。
(四)经济研究所。承担全市经济发展、市场化改革、产业发展政策、金融、对外经济贸易、新经济理论及应用、民营经济、营商环境等领域重大问题的调查研究,提供战略咨询与对策建议。开展经济发展形势分析与预测等工作。
(六)区域发展研究所。承担全市区域经济发展、区域比较研究、区域协调发展、"一带一路"建设、中国-上海合作组织地方经贸合作示范区建设、城市群建设、城乡统筹发展等领域重大问题的调查研究,提供战略咨询与对策建议。开展全市区域发展形势分析与预测等工作。
(七)城市发展研究所。承担全市城市科学理论与发展战略、城市规划建设与管理、城市发展途径、城市比较研究、城市美学、现代服务业、公共事业产业化等领域重大问题的调查研究,提供战略咨询与对策建议。开展全市城市发展形势分析与预测等工作。
(八)政治法律研究所。承担全市改革开放和社会主义市场经济发展中的政治法律、政治文明建设、政治体制改革、社会稳定、法治政府建设、政治经济体制改革、行政管理等领域重大问题的调查研究,提供战略咨询与对策建议。
(九)文化与历史研究所。承担全市文化事业、文化产业、文化体制改革和地方历史等领域重大问题的调查研究,提供战略咨询与对策建议。开展文化发展形势分析与预测等工作。
(十)农业农村研究所。承担全市乡村振兴、农业现代化、农村经济发展、农村文化、农村基层组织建设、农村生态文明、农村改革、农村人口等领域重大问题的调查研究,提供战略咨询与对策建议。开展农业农村发展形势分析与预测等工作。
(十一)科研管理处。负责科研工作规划、科研经费使用管理工作。负责科研课题、科研成果管理,组织社科研究成果鉴定工作。负责科研人员的成绩考核、继续教育管理工作,推荐优秀科研人员。负责地方特色新型智库建设工作。组织开展社科理论研究、重要课题的调研和科研攻关。承担科研工作的国际、国内合作与对外学术交流。组织协调重大行政决策专家咨询、论证和评估工作,联络社科专家、学者为政府机构、企业提供服务。
(十二)编辑部。编辑出版发行社会科学理论学术刊物,承担《青岛社会科学》期刊的编辑出版发行及日常管理。向有关报刊推荐优秀作品,开展社科刊物交流。牵头组织经济社会发展蓝皮书的撰写及编辑出版工作。收集、分析、整理和报送社会科学和社会经济发展重要信息,提供有关市领导参阅。
(十三)信息资料室。负责图书报刊、文献资源(含数字资源)的采集、管理、交流工作。负责信息摘编和重要文献翻译工作。负责网络维护与管理、网络安全、网站运营管理等信息化建设工作。
市社科联机关职能由办公室、学会部、科普部承担。机关党总支负责市社科联机关、市社科院党的建设和群团工作。