1、有些税务问题需要与当地主管税务机关沟通确认；
（2）股权转让涉税风险
每年发奖金的时候，即便是审计师，很多时候都会“精打细算”，自己算了一笔账，再看看合伙人能否给搞个“税收筹划”，因为个人所得税缴得心疼。实务中，情况是一样的，涉及到奖金、提成、股东分红或者福利、工资等问题时，由于涉及到需要缴纳个人所得税，而且个人所得税有时候一交就不是一两百块钱的事情，往大了说，有时候可能是一辆奥迪、一辆宝马或者更大的事情了，特别是高管的奖金、股东的分红。
那这一块怎么做才能发现这些问题？常见的核查方法：
2）现金突击盘点
3）检查是否有个人卡情况及个人卡流水核查
……
（5）未开票收入未确认销项税并申报缴纳增值税及附加税
很多企业的财务都是以发票为依据进行账务处理的，对于没开票的，很多财务不做收入，不确认销项，即使做了收入，也未必会确认销项税并申报缴纳增值税及附加税。
（6）附属收入未缴纳增值税及附加税
（7）资本性投入、债务豁免引起的企业所得税和印花税问题
《关于企业所得税应纳税所得额若干问题的公告》（国家税务总局公告2014年第29号）的第二条规定：
（二）企业接收股东划入资产，凡作为收入处理的，应按公允价值计入收入总额，计算缴纳企业所得税，同时按公允价值确定该项资产的计税基础。
上面的股东划入资产、债务豁免除了涉及到企业所得税问题，还涉及到子公司的印花税问题。资本公积增加了，但是没有缴纳印花税。
（8）个人股东借款年终未归还涉税风险
（9）虚构交易少缴纳税款问题
当目标公司有类似于以下情况时，通过虚构交易的动机就会比较大：
1）有大量的销项税但是却缺少进项税；或者有大量进项但是缺少销项；又或者进项和销项在母公司或者子公司之间很不合理，需要搞些手段综合一下
3）有些公司盈利过头了，有些公司有一屁股未弥补亏损
4）有些公司的费用能加计扣除
（10）内外账、个人卡问题
内外账的问题，不用多说，民营企业干这事的不少，最主要的无非就是为了少交点税，两套账、三套账甚至有些有四套账的…外账主要用于报税，也有些用于审计，对外借款，给少数股东…这里面涉及到的问题税务问题就比较多了，各种税务问题都有可能涉及。
个人卡的情况在民营企业也特别常见，民营企业常用个人卡收付款，隐瞒收入，虚增成本费用等，同时通过个人卡进行发放奖金、工资、分红等操作，涉及的税务问题也比较多，各种税务问题也都有可能涉及。
房产税的问题常见的是目标企业有自有房产，部分自己作为办公用，部分对外出租了，但是自用和对外出租的一直没有缴纳房产税。
（12）虚增资产
当然，当企业想要通过购买发票的形式去虚增固定资产时，合同、审批表之类的也会一条龙给配得整整齐齐，这个时候核查就不能简单地看看合同、看看发票就完事了，因为合同发票这些肯定都有，目标公司也不傻，他们还得应付税务局…
（13）无发票费用支出等
1）项目工程款长期未与对方进行结算，大量的工程支出未能及时取得发票
3）支付给个人的劳务费无法取得发票
有些没有发票的，存在不能在企业所得税税前抵扣的问题。
（14）印花税问题
实务中涉及到印花税的情况也不少
1）股东的资本性投入确认资本公积，没有缴纳印花税
2）收到股东的实际出资，没有缴纳印花税
4）签订借款合同没有缴纳印花税
（15）环保税问题
此外，并非所有发生计入研发费用的支出都可以加计扣除，实务中有不少企业一股脑地全部加计扣除了。
实务中很多关联方资金拆借都是无息的，也有少部分是高额利息。
关联方之间无息借款，往往会涉及到增值税的问题，容易被当地主管税务机关认定为不符合独立交易原则，需要补交税款及滞纳金。
此外，关联方资金拆借还有一些其他的“优惠”：
1）非原始拆迁收据无法作为土地成本进行抵扣
2）部分工程款、设计款未能及时取得发票
3）土地成本部分由母公司分摊过来且成本较高，能否扣除存在一定风险
4）借款利息费用过高，能否全部纳入项目成本存在不确定性
（19）固定资产处置增值税涉税问题
固定资产处置，不同情况下适用不同税率，当一般都涉及到增值税的问题，实务中有不少企业没有缴纳增值税。