金佛山以综合性、容量大的中山原始自然风貌独具特色。金佛山由于特殊时期缓冲了冰川的袭击，较为完整的保持了古老而又不同地质年代的原始自然生态，融山、水、林、石、洞和奇、绝、雄、秀、险为一体，引发世人探幽寻胜。
2008年9月，施工人员在南川金佛山上的一个山涧旁开挖人工湖时，挖出了一堆海洋化石群，面积为方圆约一平方公里。化石群分布在一块宽阔平坦的地上，有的呈鱼鳞状，有些呈龟纹状，还有些呈刀砍斧削重叠在一起。其中一条鱼状化石约60厘米，宽约20厘米，棱角分明，活灵活现。这些化石生活在距今约4.3亿年至5亿年前之间，证明当时的金佛山一带全是一片浅海区，属古扬子海的一部分。
我国著名地质学家，洞穴专家朱顺知教授介绍说：“距今6亿至2.7亿年的古生代时期，这里仍是一片海洋。距今1.8亿年前后的中生代三叠纪末期，‘印支运动’使我国华南地区陆地隆起，与华北陆地联成整体。但西南地区仍为古扬子海的一部分，东高西低的地势与现在完全相反。”
由古云梦泽、古巴蜀湖、古滇湖连成一体的古长江，从东向西流向古地中海。距今约8000万至7000万年前的中生代末期，一场燕山造山运动，使得巫山山脉自北而隆起，切断古长江。于是，巫山以东的古长江开始向东流，而巫山以西的古长江则流向西。距今约4000万年的新生代之初，规模宏大的喜马拉雅山运动气势非凡，其所形成的世界第三极的高峰和整个青藏高原，强迫西部之水向东流去，去冲刷、切割挡道的巫山，于是便形成了壮丽的三峡。
金佛山的化石群证明，这里曾是一片浅海，后来因为地质构造运动，使金佛山一带率先被抬升，海水慢慢消失进而形成陆地，岩石暴露出来后，化石自然也就裸露了出来。
当时的海洋上星罗棋布的分布着一些角石类生物，死后沉积到海底，经过若干年的演化和挤压，在重力和物理化学的共同作用下，最后形成了化石群。
由几亿年前的汪洋大海，到如今的群山叠翠，在翻天覆地的变化之后，金佛山为人类留下了极其珍贵的地质变化、生物进化的印迹，成为了发掘不尽的地地质宝库。
在金佛山海拔最高处，有着中国著名的高山天然溶洞。它的岩石形成于3.5亿年前，这就是被称为“天下第一佛洞”的古佛洞。
在2000年左右，我国与英国皇家探险队组成的中英联合科考队，对古佛洞进行了深度考察。随着考察的不断深入，古佛洞的真实面目渐渐展现于世人面前。原来，在金佛山巨大的山体之中，其实是一个空灵玄妙的洞宫世界。
事实上，古佛洞是一个巨大的古地下河流体系的河道，其独特的石壁景观，是数百万年前古暗河水流的结果。在数米高的狭洞顶部，暗河水流形成的痕迹，宛如一条脊梁，随洞形蜿蜒，当地人称其为“龙脊”。
随着这条支流往深处走上约百米，古暗河巨大的主河道赫然显现在人们的眼前。一个高约10多米，面积比标准足球场还要大的地下大厅，让人仿佛置身于巨大的宫殿之中，其高耸的石壁上，清晰可见古暗河河流在远古时期随岁月流逝所刻下的波动“水纹”。
2003年，重庆金佛山科考探险队在古佛洞又发现了底下的天然壁画。这对研究金佛山地区的地址变迁有着非常重要的价值。
据科考队现场初步认定，画壁长达300余米，高近30米，总面积约为9000平方米。画中既有山水风光、名山大川，又有飞禽走兽、大江大河、高山峻岭，似人似物，栩栩如生，惟妙惟肖。
画壁是距今2.5亿年的晚古生代二叠纪黑色灰岩组成。因为岩石较为破碎，后期白色的方解石充填其中，所以形成了黑白分明、对比度强烈的天然画壁。
随后，科考队在洞底的一片乱石中，发现了三段巨型化石骨骼，明显是动物膝关节，肩关节化石。该化石比牛的膝关节大得多，其中的骨骼组织保留十分清晰，整个化石全部钙化。经初步鉴定，这可能是东方剑齿象化石。金佛山首次发现古象化石，对研究史前金佛山地区自然地理环境、生物进化过程具有较高的科学价值。
金佛洞是自然形成的喀斯特溶洞，洞口海拔2080米，面积约为90000余平方米，已探明长度为11.8公里，因其海拔高、面积大、深度长而成为国内溶洞一绝。更为绝妙的是，洞内有两尊高达10多米的巨型天然钟乳佛像。
1997年12月14日至18日，经中英联合探险队数次探测，虽未全部完成，但已测长度近12千米，最宽处130米，总面积90000余平方米。入洞斜下，从断壁处木梯转折下至洞底，前有钟乳石酷似佛身，高20余米。“金佛洞”便由此而得名。
自洞口入内，走过落差达50余米的惊险刺激、狭小陡峭的人工木梯后，跃入人们眼帘的是气势宏伟的金佛大厅。高达18.88米的天然大佛，让人不禁肃然起敬；洞内富丽堂皇的玉华宫，让人流连忘返；聚宝凝锐的藏经阁，使人目不暇接；高大深邃的望天宫，让人望而生畏；独一无二的大穴，使人驻足兴叹；变幻莫测的迷宫殿，让人有惊无险。
洞内硝泥、坑灶、地铺随处可见，证明这里曾是古老的地下制硝工场，其规模之大，世间罕见。这里岔洞若迷宫，钟乳密集，地下溪水潺潺，有支洞形成天然环线至木梯处，然后返回地面。
2003年，重庆金佛山科考探险队在金佛山最高峰——风吹岭的古佛洞内，发现了10000余只金丝燕。这种金丝燕被当地人称为“岩燕”。有关专家认为，这一发现对研究金佛山地区的生态变迁，以及古地理、古气候、古环境史具有重要的价值。
粪堆上方是一个高不可测的巨大漏斗状洞穴，密密麻麻的燕窝有如星罗棋布，上万只金丝燕数千甚至上万年就居住在这里，并且繁衍生息。
金丝燕要出洞觅食，必须在黑暗中不断发出超声波，以帮助辨别方向，才能安全飞出2000多米长的古佛洞。每到春夏秋时节，人们可以感觉到有成群结队的金丝燕在洞内穿梭飞翔，而冬季则只是偶尔才会有一些金丝燕在洞内嘶鸣。
上万只金丝燕是季节迁徙还是冬眠在古佛洞南支洞里，至今还是一个谜。
与古佛洞相似，在金佛洞内也发现了大面积的天然壁画，长度大约有300米，高度有20多米甚至30米，面积达七八百平方米。
金佛山的溶洞分布广泛，无处不在。从海拔2000米左右的古佛洞、仙女洞、黑风洞、金佛洞，到山脚的大宝洞、桃源洞，说得出名称的就有近千个溶洞，还有一些不知名和无人问津的溶洞，更是数不胜数。
与其他地方的溶洞相比，金佛山的溶洞大多规模庞大，洞中套洞，为世人展示着一个跨越时空的奇幻地下世界。而它深厚的历史沉淀，也成为美丽的神话故事的催化剂，引发人们无穷的想象。
说起石林，人们首先会想到云南以喀斯特地貌为主体的石林景区。然而，同样是喀斯特地貌，却有一处与全球的喀斯特地貌截然不同的地区，这就是金佛山石林。
与其它石林相比，同样有石峰、石屏、石芽，同样是千姿百态的石林景观，但不同的是，金佛山的石林有着充满生命活力的石树共生的奇观。石峰、石屏上生长的茂密植被一年四季长青，远看见不着石头，近看不见着树，有如韬光养晦的智者，掩藏于遮天蔽日的原始林海中。微风暗渡之时，隐有鸟语花香，曲径通幽之处，又见峭壁峥嵘。走进这片浓荫之下的石林，才能真正感悟大自然造化之神奇、自然生命之奥秘。
2005年3月，国际岩溶自然遗产地专家、世界自然遗产保护联盟洞穴与岩溶特别工作组席史密斯教授、中国科学院袁道先院士、西南师范大学杨晓霞博士等地质地理专家一行18人，对申报“中国喀斯特”世界遗产提名地金佛山进行了实地考察后，感到非常震惊。
中外专家在金佛山考察后认为，金佛山喀斯特地理构造特色突出，形成年代久远，规模庞大，生物资源丰富，特色突出，具有代表性，堪称“生态石林”、“绿色石林”的代表。
“树抱石”、“石抱树”的奇观，成为了金佛山石林的一大特色。而金佛山的生态石林，目前是在重庆喀斯特地貌上发现最早，在全国也是植被发育和保存最好的生态石林。
在国内外众多地方，喀斯特地貌大多不利于植物的生长，而且岩溶地区的生态恢复重建，在全国范围内也都是一个重大的难题。然而，在金佛山，这个典型的喀斯特地貌，却恰恰成为了奇树仙草的天堂。
碧潭幽谷，这处人间仙境，就是因金佛山雄伟险峻的地形而成。峡谷从山顶自上而下蜿蜒曲折十几公里，生长着南川润楠、紫楠为主的亚热带常绿阔叶林。境内古木参天，老藤纵横，苔藓遍布，涧流湍急，保持着最古老、最原始的自然风貌。大小裂谷陡峭险峻，如刀切斧辟，银瀑飞泻，让人叹为观止。
金佛山，大自然雕琢亿万年为人类留下的珍品，吸引着人类好奇的目光，也吸引着人类探索的脚步，人们徜徉其中，惊叹于它的神奇。大自然在这里留下的一笔一画，都成为了人类永远探索不尽的奥秘。