土地增值税以国家有关部门审批、备案的项目为单位进行清算，对于国家有关部门批准的分期开发的项目，以分期项目为单位进行清算。对国家有关部门批准的开发项目或分期项目开发周期较长，纳税人自行分期开发的，其收入、成本、费用按规定分别归集的，主管税务机关可将自行分期项目确定为清算单位。
二、土地增值税核算对象
土地增值税以纳税人房地产成本核算的最基本的核算项目或核算对象为单位计算。同一开发项目中包含多种类型房地产的，按以下类别作为核算对象，分别计算收入、扣除项目金额、增值额、增值率，缴纳土地增值税。
（一）普通标准住宅；
（二）其他类型住宅（含普通住宅和非普通住宅）；
（三）非住宅类房产。
从上述规定可以看出，在计算土地增值税时，应当区分“不同类型房地产”分别计算增值额、增值率、缴纳土地增值税，但是在《公告》下发之前，税法对如何划分不同类型房地产"尚未有较为明确规定。实践中，我省各地“不同类型房地产”划分标准不一，给土地增值税征管工作带来一定的困难。我省在广泛征求意见并综合考虑各种因素的基础上，正式确定采用“三分法”，将房地产划分为普通标准住宅、其他类型住宅（含普通住宅和非普通住宅）和非住宅类房产。自公告实施之日起，各省辖市的房地产分类标准与《公告》不一致的，应当统一执行《公告》的分类标准，但各地在本《公告》生效前已经完成清算的项目，按各地原政策口径执行。
三、关于房地产转让收入的确认
（一）转让房地产的有关经济利益的确认
纳税人因转让房地产收取的违约金、滞纳金、赔偿金、分期付款（延期付款）利息以及其他各种性质的经济收益，应当确认为房地产转让收入。
因房地产购买方违约，导致房地产未能转让，转让方收取的该项违约金不作为与转让房地产有关的经济利益，不确认为房地产转让收入。
[解读：
需要注意的是，确认“有关的经济利益”前提是纳税人发生了转让房地产行为，即房地产交易完成。如果房地产交易未发生或者未完成（被撤销），即使纳税人取得了"经济利益"，也应当属于与转让房地产无关的“经济利益”，不应确认为转让房地产所取得的收入。根据上述原则，《公告》进一步明确："因房地产购买方违约，导致房地产未能转让，转让方收取的该项违约金不作为与转让房地产的有关的经济利益，不确认为房地产转让收入。”]
（二）售后返租收入的确认
《江苏省地税局关于房地产开发公司销售返租有关营业问题的批复》（苏地税函[2008]135号）规定：“房地产开发公司销售不动产，采取优惠方式要求购房者无偿或低价将不动产交给开发公司使用若干年。这一经营方式名义上是开发公司让利给购房者，实质上是优先取得了购房者的不动产的使用权，即其他经济利益、因此，对房地产开发公司以此方式销售不动产的行为，应按规定核定其营业额。”
（三）房地产转让价格明显偏低的收入确定
对纳税人申报的房地产转让价格低于同期同类房地产平均销售价格10%的，税务机关可委托房地产评估机构对其评估。纳税人申报的房地产转让价格低于房地产评估机构评定的交易价，又无正当理由的，应按照房地产评估机构评定的价格确认转让收入。
对以下情形的房地产转让价格，即使明显偏低，可视为有正当理由：
1、法院判定或裁定的转让价格；
2、以公开拍卖方式转让房地产的价格；
3、政府物价部门确定的转让价格；
4、经主管税务机关认定的其他合理情形。
主管税务机关在计算“同期同类房地产平均销售价格”时，应当优先采集同一企业销售当月同类房地产销售价格。如果不存在当月价格的，可采集同一企业销售日前后三个月内的同类房地产销售价格。如果不存在前后三个月内的销售价格的，可采集相同或者近似地段其他企业销售日当月或者前后三个月内的同类房地产销售价格。
为了保障纳税人的合法权益，即使主管税务机关能够确定“纳税人申报的房地产转让价格低于同期同类房地产平均销售价格10%"，也不能直接根据同期同类房地产平均销售价格核定其转让价格，而应当委托有资质的房地产评估机构评定交易价，并考虑其是否存在正当理由。如果纳税人申报的房地产转让价格低于房地产评估机构评定的交易价，又无正当理由的，则应按照房地产评估机构评定的价格确认转让收入。
此处的称“正当理由”主要包括两方面因素：一是开发产品本身存瑕疵；二是市场供求关系发生变化。其他因素（如销售给关联方，销售给企业股东和管理人员的亲朋好友等）一般不得认定为存在正当理由。
“法院判定或裁定的转让价格”、“以公开拍卖方式转让房地产的价格”和政府物价部门确定的转让价格”，一般都是在特定的市场供求关系等特殊条件下形成的价格，这些价格能够反映特殊条件下房地产的公允价值。因此，上述三类价格即使明显偏低，也应视为有正当理由。]
四、同一开发项目不同类型房地产成本费用分摊
（一）同一开发项目中建设不同类型房地产的，按该类型房地产建筑面积占该项目总建筑面积的比例分摊取得土地使用权所支付的金额和土地征用及拆迁补偿费（以下简称“土地成本”）。但对占地相对独立的不同类型房地产，应按该类型房地产占地面积占该项目房地产总占地面积的比例计算分摊土地成本。
因为在计算士地增值税时，应当区分不同类型房地产外别计算增值额、增值率，缴纳土地增值税，所以就产生了成本赞胀扣除项目在不同类型防地产之间的分摊问题。
根据《公告》的规定，在分摊土地成本时应当分两步进行：第一步，先将占地相对独立（一般是物有道路、围墙等分隔）的不同类型房地产，按该类型房地产睦地面积占该项目房地产总占地面积的比例计算分摊土地成本。第二步，对于剩余混建的不同类型房地产，应当首先确定混建房屋占地的总土地成本，然后根据混建房屋中某一类型房地产建筑面积占该项目混建总建筑面积的比例分摊土地成本。
需要说明的是，土地征用及拆迁补偿费是为取得土地使用权而付出的代价，在圭征用和拆迁阶段，房地产开发行为尚未开始，因此不宜将土地征用及拆迁补偿费直接归属于房地产开发成本，而应当先在取得土地使用权所支付的金额中归集，然后朝据房地产开发项目实际占用土地情况，分摊至房地产开发项目。此次《公告》将“土地征用及拆迁补偿费”归集为“土地成本”，是对此前税收政策存在瑕疵的修正。]
（二）同一开发项目中建设的不同类型房地产发生的建筑安装工程费，前期工程费、基础设施费、公共配套设施费、开发间接费用，按本公告第二条所规定的核算对象分别归集。如不能按不同类型房地产分别归集的，应按照不同类型房地产的建筑面积占该项目总建筑面积比例分摊。
纳税人发生的开发成本应当归集至不同类型房地产。如果纳税人只存在一种类型房地产，或者在会计核算时，能够根据不同类型房地产确定成本对象，并准确归集开发成本，那么不同类型房地产的开发成本就可直接确定。如果纳税人存在两种类型以上房地产，并且未能根据不同类型房地产归集开发成本的，则应当按照不同类型房地产的建筑面积占该项目总建筑面积比例计算分摊开发成本。如果某一类型房地产存在区别于其他类型房地产的特定成本（例如某一类型房地产发生了装修成本）的，此类特定成本应单独归集并准确核算，并将此类特定成本直接归集至该类型房地产。]
（三）同一开发项目中建设的不同类型房地产应分摊的利息支出，凡能够按不同类型房地产计算分摊并提供金融机构证明的，允许据实计算扣除，但最高不能超过按商业银行同类同期贷款利率计算的金额。利息支出以外的其他房地产开发费用，按本条第（一）、（二）项规定计算分摊的金额之和的5%计算扣除。
凡不能按转让房地产项目不同类型房地产计算分摊利息支出或不能提供金融机构证明的，房地产开发费用按本条第（一）、（二）项规定计算分摊的金额之和的10%计算扣除。
利息支出以外的其他房地产开发费用一律按照取得土地使用权支付的金额与房地产开发成本之和的5%计算扣除，不必考虑纳税人的实际发生额。]
五、关于房地产开发成本、费用的扣除
（一）房地产开发成本核定扣除
纳税人在办理土地增值税清算申报时所附送房地产开发成本凭证或资料不符合清算要求或不实的，税务机关可参照当地建设工程造价管理部门公布的造价定额资料，结合房屋结构、用途、区位等因素，核定开发成本的单位面积金额标准，并据以计算扣除。
（二）公共配套设施成本费用的扣除
对项目规划范围之外的开发成本（例如对小区周边绿化、道路进行整治发生的成本费用），在计算土地增值税时一律不予扣除。
人防工程的使用权和收益权无偿移交给全体业主的证明材料，应当包括房地产企业在当地主要媒体上的移交公告。]
（三）装修装饰费用的扣除
凡以建筑物或构筑物为载体，移动后会引起性质、形状改变或者功能受损的装修装饰物支出，可以作为开发成本计算扣除。上述之外的其他装修装饰费用支出，一律不得作为开发成本扣除。
对房地产开发企业售楼处等营销设施的装修费用，应计入房地产开发费用。
售楼处等营销设施属于为销售房地产服务的设施，其装修的目的主要是改善销售环境和提升企业形象，而不是直接对外销售，因此《公告》规定，对房地产开发企业售楼处等营销设施的装修费用，应作为房地产开发费用处理，不得计入开发成本。]
（四）取得土地使用权所支付费用的扣除
纳税人为取得土地使用权所支付的地价款，在计算土地增值税时，应以纳税人实际支付土地出让金（包括后期补缴的土地出让金），减去因受让该宗土地政府以各种形式支付给纳税人的经济利益后予以确认。
房地产开发企业支付的土地闲置费不得扣除。
取得土地使用权支付的金额应为纳税人为取得土地使用权实际支付的金额，不包括政府以各种形式减免或者返还的金额。《公告》的上述规定有效防止了纳税人虚增土地成本、堵塞了土地增值税征管漏洞。
2、政府性基金和行政事业性收费按照以下原则处理：
（2）允许计入开发成本的费用、基金，如果是在开发项目竣工验收之后发生的，则也应计入开发费用。
允许计入开发成本的政府性基金和行政事业性收费，在计算土地增值税时允许加计扣除，并作为计算房地产开发费用扣除限额的计算基数。