一是要按照《财政部国家税务总局关于农民专业合作社有关税收政策的通知》规定，严格区分社内自产产品和成员产品、社外农业产品及生产资料的交易，准确反映应税项目和免税项目、应税收入和免税收入。
二是要严格区分小规模纳税人和一般纳税人，分别精准核算。小规模纳税人为年应征增值税销售额(年应税销售额是指纳税人在连续不超过12个月或4个季度的经营期内累计应征增值税销售额，包括纳税申报销售额、稽查查补销售额、纳税评估调整销售额)≤500万元，适用3%征收率。购进货物不予抵扣进项税额，按照销售额乘以征收率征收。一般纳税人为年应征增值税销售额≥500万元，适用13%、9%、6%三档税率，并按销项税额和进项税额的差额纳税。
(一)合作社为小规模纳税人的核算。合作社为小规模纳税人，销售额达到纳税起征点时，适用3%征收率。购进货物不予抵扣进项税额，按照销售额乘以征收率征收。合作社发生应交增值税业务时，应按照税法等规定缴纳增值税，借记“银行存款”“应收款”等科目，贷记“经营收入”“应交税费—应交增值税”等科目;合作社缴纳增值税时，借记“应交税费—应交增值税”科目，贷记“银行存款”科目。
【例1】某合作社为小规模纳税人，适用税率为3%，对外销售非成员生产的农产品一批，开具增值税普通发票中注明含税货款为16.48万元，款项已存入银行，合作社当期用银行存款缴纳增值税4800元。
分析：合作社对外销售非成员生产的农产品不属于合作社免税优惠范围，且合作社应税销售额超过15万元，达到小规模纳税人的纳税起征点，合作社应依法纳税。
不含税销售额=含税销售额÷(1+征收率)=164800÷(1+3%)=160000(元)
应交增值税额=不含税销售额×征收率=160000×3%=4800(元)
1.计税时
借：银行存款164800
贷：经营收入160000
应交税金—应交增值税
4800
2.缴纳增值税时
借：应交税金—应交增值税
贷：银行存款4800
(二)合作社为一般纳税人的核算。合作社经营规模属于一般纳税人，按照购进扣税法核算。
1.合作社购入应税商品的核算
合作社购入应税商品时，根据收到的增值税专用发票中注明应计入采购成本的数额，借记“固定资产”“产品物资”等科目，根据增值税专用发票中注明的可抵扣增值税数额，借记“应交税费—应交增值税(进项税额)”科目，按照应付或实际支付的数额，贷记“银行存款”“应付款”等科目。
【例2】某合作社联合社为一般纳税人，适用增值税税率为9%，购入原材料一批，增值税专用发票中注明货款50万元，增值税数额4.5万元。货款和进项税额已用银行存款支付，编制会计分录为：
借：产品物资—原材料
500000
应交税费
—应交增值税(进项税额)
45000
贷：银行存款545000
注：如购入应税商品发生退货，作相反的会计分录。
2.合作社销售应税商品的核算
合作社销售应税商品时，按照经营收入和应收取的增值税数额，借记“银行存款”“应收款”等科目。按照增值税专用发票中注明的增值税数额，贷记“应交税费—应交增值税(销项税额)”科目，按照实现的经营收入，贷记“经营收入”等科目。
【例3】接上例，合作社购入的原材料对外销售给非成员，价款60万元，按规定应收取增值税数额5.4万元，提货单和增值税专用发票已交给购买方，款项已经收到并存入银行。编制会计分录为：
借：银行存款654000
贷：经营收入—销售收入
600000
—应交增值税(销项税额)
54000
同时结转成本
借：经营支出—销售支出
贷：产品物资—原材料
注：如销售应税商品发生退货，作相反的会计分录。
3.合作社缴纳增值税的核算
合作社缴纳增值税时，借记“应交税费—应交增值税(已交税金)”科目，贷记“银行存款”科目。
【例4】接上例，当月合作社发生销项税额54000元、进项税额45000元，则当月应交增值税额为销项税额和进项税额的差额9000元，合作社用银行存款缴纳。编制会计分录为：
借：应交税金
—应交增值税(已交税金)
9000
贷：银行存款9000
二、应交消费税的核算
合作社销售应税商品，发生应交消费税业务时，按照税法等规定应缴纳的消费税数额，借记“税金及附加”科目，贷记“应交税费—应交消费税”科目;合作社缴纳消费税时，借记“应交税费—应交消费税”科目，贷记“银行存款”科目。
【例5】某合作社对外出售本社拥有的专利使用权，取得应税收入30万元，消费税率为5%，当期用银行存款缴纳消费税1.5万元。编制会计分录为：
借：税金及附加—消费税
15000
贷：应交税费—应交消费税
2.缴纳消费税时
借：应交税费—应交消费税
贷：银行存款15000
三、其他应交税费的核算
(一)应交资源税的核算。合作社发生应交资源税业务时，按照税法等规定应缴纳的资源税数额，借记“税金及附加”等科目，贷记“应交税费—资源税”科目;合作社缴纳资源税时，借记“应交税费—资源税”科目，贷记“银行存款”科目。
【例6】某合作社对外销售资源税应税产品1000吨，税法规定每吨产品应交资源税5元，当期用银行存款缴纳资源税5000元。编制会计分录为：
借：税金及附加—资源税
5000
贷：应交税费—应交资源税
2.缴纳资源税时
借：应交税费—应交资源税
贷：银行存款5000
(二)应交城市维护建设税的核算。合作社发生应交城市维护建设税业务时，按照税法等规定应缴纳的城市维护建设税数额，借记“税金及附加”等科目，贷记“应交税费—应交城市维护建设税”科目;合作社缴纳城市维护建设税时，借记“应交税费—应交城市维护建设税”科目，贷记“银行存款”科目。
【例7】某合作社当月实际缴纳增值税3万元、消费税额1.5万元，无其他抵扣事项，当地城市维护建设税为1%，当期用银行存款缴纳城市维护建设税450元。编制会计分录为：
借：税金及附加
—城市维护建设税450
贷：应交税费
—应交城市维护建设税
450
2.缴纳交城市维护建设税时
借：应交税费
贷：银行存款450
(三)应交教育费附加及地方教育费附加的核算。合作社发生应交教育费附加及地方教育费附加业务时，按照税法等规定计算出应缴纳的教育费附加及地方教育费附加数额，借记“税金及附加”等科目，贷记“应交税费—应交教育费附加及地方教育费附加”科目;合作社缴纳教育费附加及地方教育费附加时，借记“应交税费—应交教育费附加及地方教育费附加”科目，贷记“银行存款”科目。
【例8】某合作社按照税法等规定计算应缴纳教育费附加及地方教育费附加1350元，款项已用银行存款支付。编制会计分录为：
—教育费附加及地方教育费附加
1350
—应交教育费附加及地方教育费附加
2.缴纳教育费附加及地方教育费附加时
贷：银行存款1350
(四)应交房产税、土地使用税、车船使用税、印花税的核算。合作社发生应交应交房产税、土地使用税、车船使用税、印花税业务时，按照税法等规定应缴纳的房产税、土地使用税、车船使用税、印花税数额，借记“税金及附加”科目，贷记“应交税费—应交房产税(或应交土地使用税、应交车船使用税、应交印花税)”科目;合作社缴纳房产税、土地使用税、车船使用税、印花税时，借记“应交税费—应交房产税(或应交土地使用税、应交车船使用税、应交印花税)”科目，贷记“银行存款”科目。
【例9】某合作社本月应缴纳房产税6万元、土地使用税3万元、车船使用税3000元、印花税1350元，全部款项已用银行存款支付。编制会计分录为：
—房产税60000
—土地使用税30000
—车船使用税3000
—印花税1350
—应交房产税60000
—应交土地使用税
30000
—应交车船使用税
3000
—应交印花税1350
2.缴纳上述税金时
贷：银行存款94350
(五)应交个人所得税的核算。合作社按照税法等规定代扣代缴个人所得税时，借记“应付工资”“应付劳务费”科目，贷记“应交税费—应交个人所得税”科目。缴纳个人所得税时，借记“应交税费—应交个人所得税”科目，贷记“银行存款”“库存现金”科目。
【例10】某合作社本月应付管理人员工资共计10万元，应代扣代缴个人所得税2000元，实发工资9.8万元。全部款项已用银行存款支付。编制会计分录为：
1.代扣个人所得税时
借：应付工资(明细)2000
—应交个人所得税(明细)
2000
2.缴纳个人所得税时
贷：银行存款2000
四、应交企业所得税的核算
合作社应当在盈余总额的基础上，按照税法有关规定进行纳税调整，计算出当期应纳税所得额，按照应纳税所得额与适用所得税税率为基础计算确定当期应纳税额。
合作社发生应交企业所得税业务时，按照税法等规定应缴纳的企业所得税数额，借记“所得税费用”科目，贷记“应交税费—应交企业所得税”科目;合作社缴纳企业所得税，借记“应交税费—应交企业所得税”科目，贷记“银行存款”科目。
【例11】某合作社联合社2021年度盈余及盈余分配表反映，按照税法有关规定进行纳税调整后，应税收益为3.6万元，企业所得税税率为25%，当期用银行存款缴纳企业所得税0.9万元。编制会计分录为：