一、关于土地增值税清算时收入如何确认？
土地增值税清算时，已全额开具商品房销售发票的，按照发票所载金额确认收入；未开具发票或未全额开具发票的，以交易双方签订的销售合同所载的售房金额及其他收益确认收入。销售合同所载商品房面积与有关部门实际测量面积不一致，在清算前已发生补、退房款的，应在计算土地增值税时予以调整。
二、非直接销售和自用房地产的收入如何确定？
（一）房地产开发企业将开发产品用于职工福利、奖励、对外投资、分配给股东或投资人、抵偿债务、换取其他单位和个人的非货币性资产等，发生所有权转移时应视同销售房地产,其收入按下列方法和顺序确认：
1.按本企业在同一地区、同一年度销售的同类房地产的平均价格确定；
2.由主管税务机关参照当地当年、同类房地产的市场价格或评估价值确定。
（二）房地产开发企业将开发的部分房地产转为企业自用或用于出租等商业用途时，如果产权未发生转移，不征收土地增值税，在税款清算时不列收入，不扣除相应的成本和费用。
（三）房地产企业用建造的本项目房地产安置回迁户的，安置用房视同销售处理，按《国家税务总局关于房地产开发企业土地增值税清算管理有关问题的通知》（国税发〔2006〕187号）第三条第（一）款规定确认收入。
三、房地产开发企业未支付的质量保证金，其扣除项目金额的确定问题
房地产开发企业在工程竣工验收后，根据合同约定，扣留建筑安装施工企业一定比例的工程款，作为开发项目的质量保证金，在计算土地增值税时，建筑安装施工企业就质量保证金对房地产开发企业开具发票的，按发票所载金额予以扣除；未开具发票的，扣留的质保金不得计算扣除。
四、房地产开发项目清算受理的条件应如何理解？
（一）纳税人符合下列条件之一的，应进行土地增值税的清算。
1.房地产开发项目全部竣工、完成销售的；
2.整体转让未竣工决算房地产开发项目的；
3.直接转让土地使用权的。
（二）对符合以下条件之一的，主管税务机关可要求纳税人进行土地增值税清算。
1.已竣工验收的房地产开发项目，已转让的房地产建筑面积占整个项目可售建筑面积的比例在85%以上，或该比例虽未超过85%，但剩余的可售建筑面积已经出租或自用的。此条可用公式表示：（已转让可售建筑面积+出租或自用可售建筑面积）÷总可售建筑面积≥85%。
2.取得销售（预售）许可证满三年仍未销售完毕的；
3.纳税人申请注销税务登记但未办理土地增值税清算手续的，应在办理注销登记前进行土地增值税清算；
4.省（自治区、直辖市、计划单列市）税务机关规定的其他情况。
五、清算规程中所称的“已竣工验收”的房地产开发项目，应当如何理解把握？
房地产开发企业开发商品房等建设项目，凡符合下列条件之一的，应视为已经竣工验收：