纳税人被法院判决土地、房屋权属转移无效，购买土地、商品房的实际交付面积小于合同约定面积，能否申请退还契税这些纳税人关心的问题，《财政部税务总局关于贯彻实施契税法若干事项执行口径的公告》(财政部税务总局公告2021年第23号，以下简称“23号公告”)给予了明确解答：纳税人缴纳契税后，如发生因人民法院判决或者仲裁委员会裁决导致土地、房屋权属转移行为无效、被撤销或者被解除等3种情形，可以申请退还契税。
一、土地、房屋权属登记后可退税
具体来说，契税法第十二条明确了办理土地、房屋权属登记前可以申请退税的情形，即在依法办理土地、房屋权属登记前，权属转移合同、权属转移合同性质凭证不生效、无效、被撤销或者被解除的，纳税人可以向税务机关申请退还已缴纳的税款，税务机关应当依法办理。但是，实务中还存在办理土地、房屋权属登记后可以申请退税的情形，例如，在权属转让合同无效的情况下，产生恢复原状(即土地、房屋权属变更至原权利人)的法律后果的，纳税人可以申请退还契税。
二、“退房”后退税，需分情况处理
现行《财政部国家税务总局关于购房人办理退房有关契税问题的通知》(财税〔2011〕32号)明确，对已缴纳契税的购房单位和个人，在未办理房屋产权变更登记前退房的，退还已纳契税。9月1日起施行的契税法和23号公告延续了这一规定，并明确了权属转移登记前，转移合同不生效、无效、被撤销或者被解除，以及权属转移登记后，法院判决或者仲裁委员会裁决导致土地、房屋权属转移行为无效、被撤销或者被解除，产生符合条件的“退房”，可以申请退还契税。
三、多缴契税符合条件可以退还
为保证土地、房屋权属承受方正当权益，23号公告明确了多缴纳契税可退还的两种具体情形：在出让土地使用权交付时，因容积率调整或实际交付面积小于合同约定面积，需退还土地出让价款;在新建商品房交付时，因实际交付面积小于合同约定面积，需返还房价款的，均可申请退税。
具体来说，契税法第四条明确，土地使用权出让、出售，房屋买卖的契税计税依据，为土地、房屋权属转移合同确定的成交价格。权属转移合同确定的成交价格确实发生变更的，计税依据也应变更。同时，税收征收管理法第五十一条明确，纳税人超过应纳税额缴纳的税款，应予退还。
举例来说，A公司与政府签订土地出让合同，取得一块土地的使用权并缴纳了契税。因该地块处于机场附近，有关部门对建筑物实行限高管理。建筑物限高后，A公司可建建筑面积减少。据此，该地政府与A公司签订补充协议调整容积率，并在交付土地时，将少计算的2.6亿元土地出让金退还给A公司。已知A公司所在省份适用3%的契税税率。那么，A公司可以按规定向主管税务机关申请退还多缴契税：26000×3%=780(万元)。
需要注意的是，与退税规定相对应，因误差，政府或房地产开发企业超过合同约定面积提供土地、房屋，那么，承受方在补交土地出让价款和房款的情况下，还应按照变更后的契税计税依据，如实补缴契税。