南京直系亲属房产过户要分夫妻之间和非夫妻之间两种情况来考虑：
当过户双方是夫妻关系时
如果过户的双方是夫妻关系，则可以直接过户，不需要交契税、个税以及营业税。
具体流程为：配图（二楼测绘窗口）——提交资料（二楼受理窗口）——交费领证（三楼发证大厅）
其中，配图需要查验的资料有：房屋权属证书；协议、约定或生效的法院判决离婚调解书（在离婚条件下提供）。
登记需要提交的资料有：房屋权属登记申请书（转移类）；房屋分层分户平面图；房屋所有权证；申请人身份证复印件（查验原件）；结婚证、夫妻关系证明或可以证明夫妻关系的户口簿复印件（与原件核验），双方的约定、协议；或离婚证、离婚协议书复印件（查验原件）；或生效的法院判决书、调解书（后两项均为在离婚条件下提供）。
备注：
1.自行约定的，须双方到场签字；
2.房屋已抵押的，须提供抵押权人同意证明（抵押权人同意证明文本，在二楼商务中心领取）。
夫妻间房产证更名免税吗？
夫妻间房产证更名属于非交易类过户，因此，营业税、契税、个税都是免除的，但需要交登记手续费，具体交费标准如下：
住宅：登记费80元/套（非成套：80元/证）；配图费20元/证。
非住宅：登记费550元/证；配图费20元/证。
当过户双方为非夫妻关系时
如果过户双方为非夫妻关系，则可以采取买卖和赠与两种方式过户。
采取买卖的方式，具体流程为：配图（二楼29-32号测绘窗口）——网签（一楼1号网签窗口）——银行贷款申请（买方如有需贷款，需先行向银行申请贷款审批）——监管（一楼网签、监管窗口）——申请登记（二楼12号受理窗口领号，15-21号窗口办理）——审核制证，交费领证（三楼36号窗口）——银行划款。
其中，配图需要查验的资料有：房屋所有权证；存量房买卖合同。非成套房屋应提交买方身份证复印件（查验原件）、房屋权属证书复印件（查验原件）。
1、第8、9项为单位申请登记时提交，单位所提交的复印件须加盖公章；
2、直系亲属间房屋转让、司法裁定、拍卖、共有人间份额转让、企事业单位等非自然人转让或受让房产的，可取消网签。
买卖过户要交哪些费用？
1、住宅：登记费80元/套；配图费20元/证；转让手续费交易双方各3元/平方米；房改房首次上市交易的，交易双方各100元/套。
2、非住宅：登记费550元/证；配图费20元/证；转让手续费交易双方各5元/平方米。
采取赠与的方式，具体流程为：签定赠与合同——配图（二楼29-32号测绘窗口）——申请登记（二楼12号受理窗口领号，15-21号窗口办理）——审核制证——交费领证（三楼36号发证窗口）。
登记需要提交的资料有：1、房屋权属登记申请书（转移类）；2、房屋分层分户平面图；3、房屋所有权证；4、赠与人（产权人）、受赠人的身份证件复印件（查验原件）；5、赠与合同（非家庭成员之间的房产赠与合同，必须经公证处公证。家庭成员之间的房产赠与，采用规范性赠与合同文本，赠与合同可以不公证。家庭成员指产权人的子女、父母、兄弟姐妹、祖父母、孙子女、外祖父母、外孙子女、公婆、儿媳妇、岳父母、女婿）；6、家庭成员关系证明；7、委托书（赠与合同未经公证的，赠与人、受赠人必须到场办理手续。若赠与合同已经公证，赠与人可以不到场，受赠人不能到场的，可出具委托书，应提交受赠人及受托人的身份证件复印件，查验原件）。
注：赠与合同文本在二楼商务中心领取。
赠与过户要交哪些费用？
1、住宅：登记费80元/套（非成套：80元/证）；配图费20元/证；转让手续费受赠方3元/平方米。
2、非住宅：登记费550元/证；配图费20元/证；转让手续费受赠方5元/平方米。
通过赠与获得房产，免征营业税和个税但需要缴纳契税。对受赠人全额征收，契税缴纳标准为总房价的3%。