根据土地增值税清算管理规程，土地增值税符合核定征收条件的，由主管税务机关发出核定征收的税务事项告知书后，税务人员对房地产项目开展土地增值税核定征收核查，经主管税务机关审核合议，通知纳税人申报缴纳应补缴税款或办理退税。
部分税务文书也显示出在土地增值税清算事宜上，无论是程序、征收方式还是税款的具体计算，都极易引发税企争议。我们选择了较为典型的案例列示如下，以期提供参考。
江苏南京：2023年度撤销了2020年度作出的核定通知
国家税务总局南京市建邺区税务局
撤销税务事项决定书
建税撤〔2023〕8号
XX公司：（纳税人识别号：XX）
我局于2020年8月19日对你单位作出的《税务事项通知书》（土地增值税清算定率核定）（建税税通〔2020〕85649号），经研究，现决定撤销。
2023年12月13日
广东惠州：大核定，因账簿缺失难以确定收入和扣除项目金额，普通住宅大核后税负率为2.01%，但仍按5%确定
案例解读：该税务文书详细披露了大核定的过程，包括对收入及扣除费用的全面核定，最终确认的普通住宅的税负率为2.01%，但通知书的核定思路是“我算了，但是算的比例比5%低，所以按照5%，而不是企业的情形属于5%，这种税款确认方式存在机械适用、理解税法的问题。实际上，大核定的思路，相当于税务机关按照清算程序对收入、成本、费用、税金分别进行了调整确认，最终计算的税负率更符合项目实际情况。
国家税务总局惠州市惠城区税务局
第二税务分局税务事项通知书
惠城二税税通〔2023〕723号
事由：土地增值税清算审核意见交换通知。
依据：《中华人民共和国土地增值税暂行条例》及其实施细则、《国家税务总局关于印发〈土地增值税清算管理规程〉的通知》（国税发〔2009〕91号）、《国家税务总局广东省税务局土地增值税清算管理规程》（国家税务总局广东省税务局公告2019年第5号）有关规定
通知内容：经对你（单位）报送的阳光谷大厦项目土地增值税清算资料进行审核，现将审核中发现的问题列举如下：
大核(因你（单位）未按照要求提交“阳光谷大厦”项目土地增值税清算审核资料，根据……规定，按核定方式对该项目进行清算，现将核定中发现的问题列举如下：
一、基本情况
在土地增值税清算过程中，发现该项目账簿缺失，成本资料、收入凭证、费用凭证残缺不全，难以确定转让收入和扣除项目金额，根据《国家税务总局关于印发<土地增值税清算管理规程>的通知》(国税发〔2009〕91号)和《国家税务总局广东省税务局土地增值税清算管理规程》（国家税务总局广东省税务局公告2019年第5号）第四十条（三）规定，按核定方式对该项目进行清算。
三、核定情况
（一）销售收入、面积核定情况
收入核定情况、面积核定情况
土增清算审核小组采用从惠州征管质量监控平台查询取得该项目的增量房网签备案数据，并据此确定其销售收入及应税收入。
（二）成本核对情况
……
四、税款计算
经审核测算，该项目普通住宅税负率为2.01%。根据惠州市地方税务局公告2010年1号《惠州市地方税务局关于调整我市土地增值税预征率和核定征收率的公告》（附件三）“土地增值税核定征收率统一为：普通住宅不低于5%，其他项目不低于6%”，因此按征收率5%计算该项目普通住宅的应缴税额：
XX大厦项目的其他类型房地产税负率高于6%，按核定方法计算的应纳税额核定征收土地增值税。
北京：符合条件未按规定清算，核定四项成本后反推确认不同项目的征收率（8%、24%不等）
土地增值税四项成本核定通知书
京平税清税（核）[2022]3号
北京XX投资管理有限公司：
根据《中华人民共和国税收征收管理法》及实施细则、《国家税务总局关于房地产开发企业土地增值税清算管理有关问题的通知》的有关规定，税务机关决定对你（单位）XX项目房地产开发成本中前期工程费、建筑安装工程费、基础设施费、开发间接费按核定标准扣除，其中2003年竣工的高层住宅105843.01平方米，核定四项成本277414529.21元，每平方米2621元；2003年竣工的多层办公886.48平方米，核对四项成本2225951.28元，每平方米2511元。
核定扣除的理由如下：
根据国税发[2009]91号第三十四条“在土地增值税清算中符合以下条件之一的，可实行核定征收……
由于该项目符合土地增值税清算条件，但企业未按照规定的期限办理清算手续，经税务机关责令限期清算，逾期仍不清算，因此对该项目进行土地增值税核定征收。
如不服本通知，应按照本通知依法按期缴纳税款和滞纳金，或者提供相应的担保，然后可以在缴清税款和滞纳金或提供相应担保得到税务机关确认之日起六十日内依法向国家税务总局北京市平谷区税务局申请行政复议；对行政复议决定不服，可以再向人民法院提起行政诉讼。
2022年11月30日
土地增值税核定征收通知书
京平税清税（核）[2022]11号
根据《中华人民共和国土地增值税暂行条例实施细则》、《国家税务总局关于房地产开发企业土地增值税清算管理有关问题的通知》（国税发〔2006〕187号）、《国家税务总局关于印发<土地增值税清算管理规程>的通知》（国税发[2009]91号）的有关规定，税务机关对你（单位）XX项目土地增值税进行核定征收，核定结果如下：
1.该项目房地产转让收入为568,822,309.86元。
2.核定征收率为8.25%。
3.经核定该项目应缴土地增值税46,955,293.58元，已预缴土地增值税0元，应补缴土地增值税46,955,293.58元。
你（单位）应于接到本通知三个工作日内申报缴纳税款。
如不服本通知，应按照本通知依法按期缴纳税款和滞纳金，或者提供相应的担保，然后可以在缴清税款和滞纳金或提供相应担保得到税务机关确认之日起六十日内依法向国家税务总局北京市平谷区税务局或人民政府提出行政复议申请；对行政复议决定不服，可以再向人民法院提起行政诉讼。
2022年12月19日
江苏淮安：发出限改通知后仍未申报，核定征收
国家税务总局淮安市淮阴区税务局
淮阴税二税通〔2023〕29号
事由：土地增值税核定征收通知
依据：《中华人民共和国税收征收管理法》第三十五条，《国家税务总局关于印发〈土地增值税清算管理规程〉的通知》（国税发〔2009〕91号）第三十三条、第三十四条、第三十五条
通知内容：经审核，发现你（单位）开发的XX项目符合核定征收条件，本机关决定核定征收该项目土地增值税，核定征收理由如下：
如对本通知不服，可自收到本通知之日起六十日内依法向国家税务总局淮安市淮阴区税务局税务局申请行政复议，或者自收到本通知之日起六个月内依法向人民法院起诉。
国家税务总局淮安市淮阴区税务局第二税务分局
2023年5月4日
浙江宁波：申报计税价格明显偏低且无正当理由
国家税务总局宁波市税务局第三稽查局
关于送达《税务事项通知书》的公告
以上税务文书自公告之日起满30日，即视为送达。请公告所涉纳税人见公告后，到我局领取《税务事项通知书》。如对我局拟处理意见有异议，可在收到本通知书之日起五个工作日内向我局进行陈述、申辩，或书面提出听证申请，逾期不提出，视为放弃陈述、申辩、申请听证权利。