S公司是一家主攻智能制造方向的工业企业，注册资金为2亿元。2022年11月，S公司与G公司签订不动产转让协议，以1.05亿元（含增值税）的价格受让G公司2011年建成的不动产，其中房屋、建筑物建筑面积2.4万平方米，土地使用权面积2.8万平方米。随后，S公司与承包方签订建设工程合同，出包4000万元（含增值税），将该房屋、建筑进行重新装修，另向该承包方支付工程管理费200万元（含增值税），发生符合资本化条件的借款费用80万元（含增值税）。也就是说，该不动产达到预定可使用状态前所发生的合理、必要支出，共计4280万元（含增值税）。2024年4月底，建造工程完工投入正式使用；6月办理竣工结算。
购买环节
在不动产购买环节，主要涉及增值税、契税和印花税的处理。
在增值税方面，根据《财政部税务总局海关总署关于深化增值税改革有关政策的公告》（财政部税务总局海关总署公告2019年第39号）规定，一般纳税人取得不动产或不动产在建工程的进项税额可以从销项税额中一次性抵扣。取得不动产的方式，包括直接购买、投资入股或抵债、接受捐赠等形式。销售方不论是按一般计税方法，还是按简易计税方法，都应以其取得的全部价款和价外费用为销售额，开具对应税率或征收率的增值税发票。
基于此，S公司购买G公司土地使用权与房屋、建筑物，取得的G公司开具的增值税专用发票上注明的进项税额500万元，可从销项税额中予以抵扣。值得注意的是，《营业税改征增值税试点实施办法》（财税〔2016〕36号附件1，以下简称《实施办法》）第二十七条规定，企业购进不动产，若是专用于简易计税方法计税项目、免征增值税项目、集体福利或个人消费等情形的进项税额，不允许从销项税额中抵扣。
同时，根据《国家税务总局关于全面推开营业税改征增值税试点有关税收征收管理事项的公告》（国家税务总局公告2016年第23号，以下简称23号公告）规定，销售不动产，纳税人自行开具或者税务机关代开增值税发票时，应在发票“货物或应税劳务、服务名称”栏填写不动产名称及房屋产权证书号码，“单位”栏填写面积单位，备注栏注明不动产的详细地址。
在契税方面，根据契税法规定，在中华人民共和国境内转让土地使用权、买卖房屋的，以承受的单位和个人为契税的纳税人。纳税人应当在依法办理土地、房屋权属登记手续前申报缴纳契税。土地使用权出售与房屋买卖，以土地、房屋权属转移合同确定的成交价格（不含增值税）为契税的计税依据，包括应交付的货币以及实物、其他经济利益对应的价款。
本案例中，S公司取得该不动产，既包括了土地使用权，又包括了地上的房屋、建筑物，应将该不动产的整体转让价格1亿元（不含增值税），按照当地的契税税率计算缴纳契税。笔者提醒，如果交易双方通过签订“补充协议”等形式另行约定补充价格的，应一并作为转让价格计征契税。纳税人申报的成交价格明显偏低且无正当理由的，由税务机关依照税收征收管理法的规定核定。
装修环节
不动产购入后，企业往往还需对其进行装修，以使其达到预定可使用状态。在装修环节，主要涉及增值税、企业所得税、房产税和印花税的处理。
在增值税方面，根据《实施办法》第三十九条规定，纳税人兼营销售货物、劳务、服务、无形资产或者不动产，适用不同税率或者征收率的，应当分别核算适用不同税率或者征收率的销售额；未分别核算的，从高适用税率。《实施办法》第二十七条第（六）款规定，购进的贷款服务涉及的进项税额不得从销项税额中抵扣。本案例中，承包方既提供适用9%税率的建筑服务，又提供适用6%税率的工程管理服务，属于增值税兼营行为，应分别核算销售额分别计税并按规定开具增值税发票。S公司可以以其取得的建筑服务发票、工程管理服务专用发票上注明的进项税额，从当期销项税额中抵扣，但S公司发生的借款利息所对应的进项税额，不得在增值税销项税额中抵扣。根据23号公告规定，纳税人提供建筑服务开具增值税发票的，应在发票的备注栏注明建筑服务发生地县（市、区）名称及项目名称，收票方须对收到的增值税发票予以核实。
在房产税方面，根据《国家税务总局关于进一步明确房屋附属设备和配套设施计征房产税有关问题的通知》（国税发〔2005〕173号）、《财政部国家税务总局关于房产税、城镇土地使用税有关问题的通知》（财税〔2008〕152号）、《财政部国家税务总局关于安置残疾人就业单位城镇土地使用税等政策的通知》（财税〔2010〕121号）等规定，房产税中的房产原值，应根据国家有关会计制度规定进行核算，且应包含地价（包括为取得土地使用权支付的价款、开发土地发生的成本费用等）和不可移动的房屋附属设施（如给排水、采暖、消防、中央空调、电气及智能化楼宇设备等）。本案例中，S公司在装修过程中符合会计核算资本化条件的4280万元支出，应按不含增值税价款计入房产原值。
在印花税方面，根据印花税法所附《印花税税目税率表》规定，建设工程合同按照价款的0.3‰计算缴纳印花税；借款合同按照借款金额的0.05‰计算缴纳印花税。也就是说，S公司对外发包接受建筑劳务与发包方签订的建设工程合同，需按照价款的0.3‰计算缴纳印花税；与金融机构之间签订借款合同而发生的借款费用，需按照借款金额的0.05‰计算缴纳印花税。