或者，受沈恒刘玉秀案判影响，《契税法》(中人民共和国主席令第52号)第十二条及其附属文件《财政部税务总局关于贯彻实施契税法若干事项执行口径的公告》(财政部税务总局公告2021年第23号)第五条关于纳税凭证、纳税信息和退税第(四)项第1小项规定，因人民法院判决或者仲裁委员会裁决导致土地、房屋权属转移行为无效、被撤销或者被解除，且土地、房屋权属变更至原权利人的;在依法办理土地、房屋权属登记前，权属转移合同、权属转移合同性质凭证不生效、无效、被撤销或者被解除的，且土地、房屋权属变更至原权利人的，纳税人可以向税务机关申请退还已缴纳的税款。对于纳税人疏忽、计算错误等主观原因导致的多缴税款，税务总局仍未给出明确的政策答复。纳税人维护自身合法利益仍有一段较长的路。
2.经济适用房转商品房的计税依据
经济适用房是政府为解决中低收入家庭的住房困难而推出的带有优惠政策的普通住宅。类似性质的房屋包括安置房、房改房等(以下无特别说明，均统称为经济适用房)。个人及单位取得经济适用房、安置房、房改房、公租房、公私共有产权房、廉租房等房屋产权的，应按规定缴纳契税。各地对经济适用房转商品房补缴契税的计税方法有较大的不同。
浙江青田县政府规定，住宅用地划拨土地使用权按拟出让时的出让土地使用权市场价格的40%补缴土地出让金;《宁波市人民政府办公厅关于市区国有划拨土地使用权补办出让的若干意见》(甬政办发〔2018〕92号)规定，2009年1月14日后，经济适用住房上市交易的按财税部门核定的计税价格与原购买经济适用住房价格差价的50%向政府缴纳土地收益等价款，交易税费按规定缴纳。经济适用房用地补缴土地出让金标准按《关于印发宁波市市区经济适用住房上市交易缴纳土地收益等价款办法的通知》(甬政办发〔2009〕8号)规定执行，该办法第五条规定缴纳的土地收价款包含土地出让金。拆迁安置房用地按现行基准楼面地价的3%补缴土地出让金。商服、工矿仓储及公共管理与公共服务等其他用地
统一按评估期日的国有出让建设用地使用权市场评估地价的一定比例补缴土地出让金，其中商服用地补缴比例为50%，工矿仓储及其它用地补缴比例为40%，但各区已有规定高于上述标准的，从其规定。
经济适用房转商品房的契税的土地、房屋权属转移合同确定的成交价格，包括应交付的货币以及实物、其他经济利益对应的价款。个人认为，地方政府可以按差额征收土地出让金，契税却应按所处地段土地出让金基准地价全额征收。否则，虚减了契税的计税基础导致少征契税。考虑经济适用房中已就划拨地价款部分缴纳了契税的事实，可以采用合理的办法计算扣除已缴的契税。
4.差额纳税
土地使用权互换、房屋互换，互换价格相等的，互换双方计税依据为零;互换价格不相等的，以其差额为计税依据，由支付差额的一方缴纳契税。
土地使用权与房屋交换应当征收契税，因为二者交易标的物不属于同一性质。
5.退税
财政部税务总局公告2021年第23号第五条规定，因人民法院判决或者仲裁委员会裁决导致土地、房屋权属转移行为无效、被撤销或者被解除，且土地、房屋权属变更至原权利人的。这条规定继承《国家税务总局关于无效产权转移征收契税的批复》(国税函2008438号，2008-05-20)规定，对经法院判决的无效产权转移行为不征收契税。法院判决撤销房屋所有权证后，已纳契税款应予退还。也是对沈恒刘玉秀案例的回应。
6.已缴契税后办理产权证前撤销合同能否申请退税
签订合同后已缴契税未办产权证前，纳税人取消合同，是否退税这虽不属于财政部税务总局公告2021年第23号第五条规定的情况。房屋产权证依然在原产权人手中，与财政部税务总局公告2021年第23号第五条规定的情形在实质上是相同的，推定也应当退税。《国家税务总局关于办理期房退房手续后应退还已征契税的批复》(国税函2002622号)规定，按照现行契税政策规定，购房者应在签订房屋买卖合同后、办理房屋所有权变更登记之前缴纳契税。对交易双方已签订房屋买卖合同，但由于各种原因最终未能完成交易的，如购房者已按规定缴纳契税，在办理期房退房手续后，对其已纳契税款应予以退还。