小产权房的房主死后，如果有遗嘱，是可以按照遗嘱来分配的，如果没有，分割继承遗产，如下：
1、小产权房的房主死后，继承人可继承小产权房的使用权。小产权房因其本身取得方式的特殊性被限制转让和交易，属于法律意义上的物，能因死亡事实发生，继承人可继承小产权房的使用权。
2、如果没有遗嘱，小产权房产按法定继承，有的无法办理过户手续，继承人协商一致，签订继承协议，分割房产。
3、协商不成，起诉分割遗产。同一顺序继承人继承遗产的份额，一般应当均等。对生活有特殊困难的缺乏劳动能力的继承人，分配遗产时，应当予以照顾。
4、对被继承人尽了主要扶养义务或者与被继承人共同生活的继承人，分配遗产时，可以多分。有扶养能力和有扶养条件的继承人，不尽扶养义务的，分配遗产时，应当不分或者少分。继承人协商同意的，也可以不均等。
1、无法办理房产证、产权证
按照严格的法律来讲，小产权是没有产权的，因为这类房子是没有国家颁发的土地使用证和预售许可证的，购房合同也不可能在房管局备案。所以购房者是拿不到合法合规，有效的房产证。这是小产权房大严重的问题。
2、无法进行银行贷款和抵押贷款
由于小产权房没有房产证，没有经过备案，所以是不能去银行贷款的，只能一次交清房款。这对于购房者来说也是很大的压力，而且现在不能去银行做贷款，同理未来也不能拿这个房子去银行做抵押。
3、拆迁补偿难
其实，购买小产权房的购房者不是房屋合法所有人，无法对抗国家的征地和拆迁，购房者将来遇到拆迁，是很难得到补偿的。如果小产权房违反了国家政策被强行拆除，购房者可能面临既无法取得房屋，又不能索回房款的尴尬局面。
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