1、申请：申请人到不动产登记机构现场向不动产登记机构提交办理登记的申请材料。
3、审核：不动产登记机构受理申请人的申请后，根据申请登记事项，按照有关法律、行政法规进行进一步审查，并决定是否予以登记的过程。
4、登薄：经审核符合登记条件的，应当将申请登记事项记载于不动产登记簿。
5、核发不动产权证。
农村自建房办房产证需要准备下列证件：
1、申请人身份证明；
2、填写《房地产权登记申请审批表》（发证办窗口提供）；
3、土地使用权证书（附图）原件及复印件；
4、规划部门出具的规划验收证明；
5、建设部门出具的质量验收证明。
农村房子办房产证的作用有：
1、能证明房子是自己的，对房屋有占有、使用、收益和处分的权利；
2、可以进行抵押贷款，房屋转让。
3、实行的住房制度改革、旧城改造、房屋拆迁，以及民事纠纷中的分家产、继承、赠与，权属等，都需要房产证等资料来作为依据。
【法律依据】
《中华人民共和国土地管理法》第六十二条，农村村民一户只能拥有一处宅基地，其宅基地的面积不得超过省、自治区、直辖市规定的标准。人均土地少、不能保障一户拥有一处宅基地的地区，县级人民政府在充分尊重农村村民意愿的基础上，可以采取措施，按照省、自治区、直辖市规定的标准保障农村村民实现户有所居。农村村民建住宅，应当符合乡(镇)土地利用总体规划、村庄规划，不得占用永久基本农田，并尽量使用原有的宅基地和村内空闲地。编制乡(镇)土地利用总体规划、村庄规划应当统筹并合理安排宅基地用地，改善农村村民居住环境和条件。农村村民住宅用地，由乡(镇)人民政府审核批准;其中，涉及占用农用地的，依照本法第四十四条的规定办理审批手续。农村村民出卖、出租、赠与住宅后，再申请宅基地的，不予批准。国家允许进城落户的农村村民依法自愿有偿退出宅基地，鼓励农村集体经济组织及其成员盘活利用闲置宅基地和闲置住宅。