问题一：房地产估价协助配合税务机关进行土地增值税征管核算的政策依据
《中华人民共和国土地增值税暂行条例》（国务院令[1993]138号）
（以下简称暂行条例）
第六条计算增值额的扣除项目：
（一）取得土地使用权所支付的金额；
（二）开发土地的成本、费用；
（三）新建房及配套设施的成本、费用，或者旧房及建筑物的评估价格①；
（四）与转让房地产有关的税金；
（五）财政部规定的其他扣除项目。
第九条纳税人有下列情形之一的，按照房地产评估价格计算征收②：
（一）隐瞒、虚报房地产成交价格的③；
（二）提供扣除项目金额不实的④；
（三）转让房地产的成交价格低于房地产评估价格，又无正当理由的⑤。
注解：
①旧房及建筑物的评估价格，是指在转让已使用的房屋及建筑物时，由政府批准设立的房地产评估机构评定的重置成本价乘以成新度折扣率后的价格。评估价格须经当地税务机关确认。
②房地产评估价格，是指由政府批准设立的房地产评估机构根据相同地段，同类房地产进行综合评定的价格。评估价格须经当地税务机关确认。
③隐瞒、虚报房地产成交价格，是指纳税人不报或有意低报转让土地使用权、地上建筑物及其附着物价款的行为。隐瞒、虚报房地产成交价格，应由评估机构参照同类房地产的市场交易价格进行评估。税务机关根据评估价格确定转让房地产的收入。
④提供扣除项目金额不实的，是指纳税人在纳税申报时不据实提供扣除项目金额的行为。提供扣除项目金额不实的，应由评估机构按照房屋重置成本价乘以成新度折扣率计算的房屋成本价和取得土地使用权时的基准地价进行评估。税务机关根据评估价格确定扣除项目金额。
⑤转让房地产的成交价格低于房地产评估价格，又无正当理由,是指纳税人申报的转让房地产的实际成交价低于房地产评估机构评定的交易价，纳税人又不能提供凭据或无正当理由的行为。转让房地产的成交价格低于房地产评估价格，又无正当理由的,由税务机关参照房地产评估价格确定转让房地产的收入。
以上①-⑤注解均依据《中华人民共和国土地增值税暂行条例实施细则》（财法[1995]6号）（以下简称实施细则）
从以上条文可以看出，房地产估价机构参与并协助配合税务机关进行土地增值税征管核算的法律地位是1993年12月13日国务院发布的《暂行条例》和1995年1月27日财政部发布的《实施细则》赋予的。
房地产估价机构参与并协助配合税务机关进行土地增值税征管核算有四种情况：
1.在转让已使用的房屋及建筑物时，由政府批准设立的房地产评估机构评定的重置成本价乘以成新度折扣率后的价格。
2.隐瞒、虚报房地产成交价格，应由评估机构参照同类房地产的市场交易价格进行评估。
3.转让房地产的成交价格低于房地产评估价格，又无正当理由的，由税务机关参照房地产评估价格确定转让房地产的收入。
4.提供扣除项目金额不实的，应由评估机构按照房屋重置成本价乘以成新度折扣率计算的房屋成本价和取得土地使用权时的基准地价进行评估。
问题二：关于取得土地使用权的评估
根据《实施细则》第七条：取得土地使用权所支付的金额是指纳税人为取得土地使用权所支付的地价款和按国家统一规定交纳的有关费用。
根据《财政部、国家税务总局关于土地增值税一些具体问题规定的通知》（财税字[1995]048号）第十条：转让旧房的，应按房屋及建筑物的评估价格，取得土地使用权时所支付的地价款和按国家统一规定交纳的有关费用以及在转让环节交纳的税金作为扣除项目金额计征土地增值税。
根据《国家税务总局关于印发<土地增值税宣传提纲>的通知》（国税函发[1995]110号）5.1：取得土地使用权所支付的金额包括纳税人取得该土地使用权时所支付的地价款和按国家统一规定交纳的有关费用。
根据《财政部、国家税务总局关于土地增值税一些具体问题规定的通知》（财税字[1995]048号）第十条：对取得土地使用权时未支付地价款或不能提供已支付的地价款凭据的，不允许扣除取得土地使用权时所支付的金额。
对于以上的规定在税务实践上出现了不同的理解。
问题三：关于划拨土地的问题
情况一：转让时已补交土地出让金的
根据《国家税务总局关于印发<土地增值税宣传提纲>的通知》（国税函发[1995]110号）5.1：取得土地使用权所支付的金额。包括纳税人为取得土地使用权所支付的地价款和按国家统一规定交纳的有关费用。具体为：以出让方式取得土地使用权的，为支付的土地出让金；以行政划拨方式取得土地使用权的，为转让土地使用权时按规定补交的出让金；以转让方式取得土地使用权的，为支付的地价款。
情况二：转让时未补交土地出让金，性质仍然是划拨的
根据上海的地方性规定，如《关于土地增值税若干具体征收问题的规定》（沪地税地[1997]25号）
二、关于企业、机关、人民团体和事业单位出售存量房产如何征税问题：企业、机关、人民团体和事业单位将存量房产（含厂房）出售，不属于沪地税地（1995）52号文所称的企业置换土地使用权的范围，应按规定计征土地增值税。出售存量房产的增值额计算是按出售房地产取得的收入减去三项内容：①取得土地使用权时所支付的地价款（按转让存量房产的土地使用面积占总面积的比例计算分摊，如属行政划拨的无偿用地应为零数）；②房产评估值为重置成本价乘以成新度折扣率；③销售税金。
《上海市地方税务局关于企事业单位出售存量房产均应征收土地增值税的通知》（沪地税地[1998]1号）对企事业单位出售存量房产的土地增值额计算公式为：土地增值额=出售房地产取得的收入-取得土地使用权时所支付的价款（如属行政划拨的无偿用地应为“零数”）-房产评估重置价×成新率-销售税金
以上上海的地方性规定对于行政划拨的无偿用地均将扣除金额规定为“零数”。
行政划拨用地也分为有偿取得与无偿取得两种情况，有偿取得方式往往是对于原来土地上的使用者进行了安置与补偿。
无偿取得方式按照上述上海地方性规定为“零数”，有偿取得方式按照目前上海各区县税务机关的执行口径，只要提供合法、合理凭据，如发票、合同等，可以作为扣除项目金额。
问题四：《房地产估价规范》与税法对土地使用权价格差异
《房地产估价规范》4.4.4规定：土地成本和土地重置成本应为在价值时点重新购置土地的必要支出，或重新开发土地的必要支出及应得利润。
税法规定取得土地使用权所支付的金额包括纳税人取得该土地使用权时所支付的地价款和按国家统一规定交纳的有关费用。
问题五：《房地产估价规范》与税法对重置成本价格差异
房地产估价规范4.4.5规定：建筑物重置成本和重建成本应为在价值时点重新建造全新建筑物的必要支出及应得利润。
税法规定重置成本价的含义是：对旧房及建筑物，按转让时的建材价格及人工费用计算，建造同样面积、同样层次、同样结构、同样建设标准的新房及建筑物所需花费的成本费用。成新度折扣率的含义是：按旧房的新旧程度作一定比例的折扣。
问题六：关于估价方法的选用问题
根据《中华人民共和国土地增值税暂行条例实施细则》（财法[1995]6号）“提供扣除项目金额不实的，应由评估机构按照房屋重置成本价乘以成新度折扣率计算的房屋成本价和取得土地使用权时的基准地价进行评估。税务机关根据评估价格确定扣除项目金额。”
根据上海的地方性规定，如《关于贯彻实施土地增值税征收管理的补充规定》（沪地税地[1995]40号）“十三、土地增值税的房地产评估价格是指按照《暂行条例》及其《实施细则》规定的评估方法（即：对转让房地产收入按市场比较法评估出市场交易价、对扣除项目金额按重置成本法评估出房屋成本价）评估出的价格。未按规定的评估方法，评估的房地产价格，不能作为税务部门计税时的参考依据。”
以上六个问题仅是土地增值税估价涉及的一小部分内容，由于笔者水平有限，难免有疏漏与错误，希望各位能够从税务和估价等多个方面给予批评指正。