脱钩改制后的评估机构组成人员，大多是从原政府部门或事业单位完全脱离出来，从“大锅饭”中走出来，失去了依靠，真正成为市场人，面对市场，大多心存压力，不能很快适应市场的运转方式。
由于评估机构受区域影响较大，业务空间不大，市场竞争激烈，抗风险能力弱。在脱钩改制过程中，经济不发达地区房地产评估机构出现不同程度的萎缩情况，有的甚至完全灭失。其原因有：一是注册资金相对较高，经济不发达地区一时难以承受；二是房地产估价师严重流失；三是尚未认识到评估服务的重要性和影响自身利益程度；四是房地产评估机构存在职能分割、信息不对称、行政干预多等诸因素影响。
2、管理体系交叉，不利于评估行业的发展
从我国目前管理体制来看，评估业有房地产评估、土地评估和资产评估，且主要分属于建设部、国土资源部和国有资产管理部，相应的评估人员也分为房地产估价师、土地估价师和资产评估师，各自形成了自上而下的管理系统，制定的管理办法多从本部门出发，未经过很好的协调与沟通。当一份土地评估报告有争议时，房地产评估机构和资产评估机构无法对其进行评价，这突出表现为一个部门的评估结果不被其他部门认可。这种现象限制了公平竞争和优胜劣汰，不利于评估行业的发展。
3、不公平竞争和恶性竞争同时存在
现有的房地产评估机构可以分为两类：一类是原各级房地产管理部门成立的评估机构，现已大部分进行了脱钩改制，成为股份制公司。另一类是没有政府背景，按市场化运作的评估公司。前者虽然经过了脱钩改制，但管理部门为了自身利益会把能够掌握的业务交给这些公司完成。而没有政府背景的公司，有些依附于前者公司拿二手活，赚取部分利润。有些则与前者公司在市场上展开厮杀，为了多争取业务，或迎合顾客不合理要求，或置评估规程和规范于不顾，或过度降低收费标准，或给客户主管回扣。既损害了国家和集体的合法利益，导致国有资产、资源的严重流失，也扰乱了市场秩序，违背了房地产评估行业公正、公平、公开的原则。
4、现有的房地产评估公司良莠不齐，从业人员整体素质偏低
整个评估行业有评估执业资格的房地产估价师和土地估价师专业人员总共不超过6万人，而实际办理人事并在房地产评估各类机构中工作的大概只有4万人。主要原因是一部分兼职人员挂靠，特别是极个别单位把注册资金在注册后抽走。
房地产估价师执业资格考试前的资格审查各地松紧不一，考生做假现象严重。房地产估价师考试为一次性考试制度，通过后的注册也只有一个级别，不能体现估价师水平高低和资历深浅，不能激励估价师为提高业务水平而继续学习和深造。
5、与国际接轨，我国房地产评估机构受到冲击
WTO的加入和市场开放程度的加大，境外专业评估机构的进入将对企业发展造成很大的冲击。境外机构一般具有良好的品牌形象和先进的经营理念，他们必将抢占我们的市场和人才。
6、房地产评估报告质量令人担忧
当前各评估机构的评估人员主要包括两类：一是从业的注册估价师和估价人员；二是非专职的注册估价师。自从房地产评估机构脱钩改制成为合伙制企业后，正式注册的执业房地产估价师大多成了评估机构的领导或合伙人，他们主要精力放在抓业务上，真正做评估的是那些根本没有评估师资格也谈不到估价经历的人，只因为要求的工资水平不高而被公司雇佣。这些人员多数对于房地产评估操作是一知半解，对于各项指标、数据只知其然不知其所以然，只简单地、机械地套用，在评估报告模板上修修改改，房地产评估报告质量令人担忧。
二、房地产评估机构脱钩改制后的发展对策
1、行政主管部门大力支持脱钩改制后的房地产评估机构
2、完善现代企业制度，规范房地产评估市场
在传统体制下，企业只要有政府或上级主管部门的批文，那么这个企业就是一个正式的企业。但这种企业只是政府的附属物，并不具有独立的人格，独立的财产，独立的责任。要脱钩改制就要让房地产评估机构，按《公司法》或《合伙企业法》，由注册房地产估价师出资，组成房地产评估有限责任公司或合伙性质企业。产权、资本金全部由出资人所有，并承担相应的法律责任。此外，房地产评估机构资质的认定和人员资格的管理，由政府有关部门管理。这样，就形成了以房地产评估机构为主体，政府和主管部门发挥宏观调控作用的现代企业制度，使房地产评估机构真正面向市场，成为独立的经济法人。
3、实行执业资格合并，完善房地产估价师考试制度
将现行的房地产估价师执业资格和土地估价师执业资格合并，现行的房地产评估人员和土地评估人员在限期通过统一的培训考核后，换领统一的房地产评估执业资格，资产评估机构可从事房地产的评估，但必须具有足够数量的房地产估价师，并按规定取得机构从事房地产估价的资质。
完善房地产估价师考试、注册及继续教育制度。全国按统一标准进行考前资格审查。并将一级资格制改为多级资格制，以体现估价师水平的高低和资历的深浅。激励估价师积极参加继续教育学习，争取更高的估价师等级。
4、符合WTO市场需求，开放与保护有机结合
在市场经济中评估行业中介服务作用越来越重要，评估范围越来越广，评估对象会越来越错综复杂，每项评估都可能是好几种专业评估的交叉，往往需要各学科专业人才组成联合评估队伍来共同完成，因此各类评估机构应加强横向协作，建立长期稳定的合作伙伴关系。加入世界贸易组织，使中国房地产市场进一步开放。但在开放过程中国家机关、军事院校、工厂、保密工程等的评估要明文限制。因此，开放中国房地产评估市场，一定要保护好中国境内的利益，有利于本国房地产市场的发展。
5、提高从业人员素质，严格估价工作行为
一是积极开展房地产估价理论、方法、信息处理方面的培训工作，给估价人员及时充电；二是一项评估业务必须有两个或两个以上的估价师参与，并选定其中一人为该项目负责人；当委托项目价值量大于某一限度（如5000万以上）时则该企业负责人必须亲自参与评估；三是该项目的实地勘测必须有估价师亲自到场或进行指导；四是评估方法和技术路线由该项目所有估价师集中评议后决定，修正值也要如此。在审批时要严格按照审核制度进行审核，发现违规者即进行重新评估或修正，而且对负责人和当事人进行处罚。年终时，企业必须进行总结性审核，再次检查是否有不合要求的评估报告并将信息反馈给委托方，及时发现和查处问题。