小刀认为，已经公布的政策，在实务中形成了一个“两难”选择。
一、采取“差额纳税，差额开票”方式下的问题
A公司的处理
差额纳税：应计提增值税销项税（1110-200）/（1+11%）*11%=90.18万元；
差额开票：开具的增值税专用发票上的“金额”为1019.82(1110-90.18)万元，“税额”为90.18万元；
B公司的处理
【分析】此种处理方式，仅从房地产开发企业自身角度来看，在纳税处理与发票开具上是符合《36号文》差额纳税及《18号公告》“一般纳税人销售自行开发的房地产项目，自行开具增值税发票”的规定。这种处理，房地产开发企业“艰难地”享受到了土地使用权扣除的营改增红利。
下游纳税人不仅要问：“凭什么你上家吃榴莲，而我下家只能闻臭味？”
另外，此种处理方式下增值税纳税申报表的填报符合《国家税务总局关于全面推开营业税改征增值税试点后增值税纳税申报表有关事项的公告》（2016第13号）的规定。
二、采取“差额纳税，全额开票”方式下的问题
“差额纳税”是指在进行增值税纳税申报时采取全部价款和价外费用扣除土地使用权后计算申报增值税销项税额。这里所说的“全额开票”是指纳税人在开具增值税专用发票时，其发票上的“税额”项目按照不扣除土地使用权金额计算填写，“金额”项目按照取得全部价款及价外费用不扣除土地使用权在内的金额换算填写；
【举例】2017年10月1日，A房地产开发企业向B纳税人销售其开发的一套商住楼。取得的销售额和价外费用是1110万元，该商住楼对应可扣除的土地使用权价值200万。
全额开票：增值税专用发票上开具“金额”为1000万元，“税额”为110（1110/1.11*11%)万元；
增值税纳税申报表的填写：根据《国家税务总局关于全面推开营业税改征增值税试点后增值税纳税申报表有关事项的公告》（2016第13号）附件1《增值税纳税申报表（一般纳税人适用）》，“销售额之（一）按适用税率计算销售额项目（第1栏）”，营业税改征增值税的纳税人，服务、不动产和无形资产有扣除项目的，本栏应填写扣除之前的不含税销售额。该栏填写1000万元。
“税款计算之销项税额项目（第11栏）”，营业税改征增值税的纳税人，服务、不动产和无形资产有扣除项目的，本栏应填写扣除之后的销项税额。该栏填写90.18万元。
【分析】
5月1日以后，房地产企业销售开发产品此种处理方式，既不违背《36号文》差额纳税的规定，也不违背《18号公告》第十六条“一般纳税人销售自行开发的房地产项目，自行开具增值税发票”的规定。
房地产开发企业既然全额开具了增值税专用发票，则意味着发生了增值税纳税义务，需全额申报增值税专用发票上注明的销项税，而这又与《36号文》规定的差额纳税精神发生冲突。——这就是这种处理方式下存在的自相矛盾的问题。
另外，值得注意的是，此种处理方式下增值税申报表的填报也不违背《国家税务总局关于全面推开营业税改征增值税试点后增值税纳税申报表有关事项的公告》（2016第13号）的规定。
三、如何是好
总局营改增政策解读及培训中含糊其辞，淡定自如，不置可否；江湖大师研读中各执一词，情绪激动，几欲动手。