倘若科学性和实践性、体系思考与问题思考能够毫无冲突地和谐共生，那么，自然是两全其美；然而，若我们细究起来，则会发现至少有两个问题是以往刑法学界所忽略但亟待深入研究的：
第一个问题是，实践导向的刑法教义学在多大程度上能够符合科学性的要求
第二个问题是，不同意义的体系思考在目标追求上是否存在相互冲突的可能
其二是科学探索型体系。这种体系的建构主要不是以方便人们学习和操作为出发点，而是旨在揭示法规范的合法性根据和法规范之间的内在关联，并以此内容为主线将有关法律原则和法律规定的具体知识联结成一个统一整体。对合法性根据的探求既使得科学探索型体系具备了超越现行制度的反思能力和批判能力，也使得科学探索型体系有可能孕育出前所未有的知识增长点，从而为法规范未来的续造提供理论支持。
当回过头再次审视罗克辛的论述时，我们就会发现，他所论述的体系思考的第一点、第二点、第三点优势主要是围绕实践操作型体系来说的，第四点优势则为科学探索型体系所独有。当然，不能排除两种体系存在完美结合的可能，即一个以科学为导向的体系同时也有助于使法律适用者更易于理解和掌握某一部门法的知识。然而，当我们试图将实践操作型体系和科学探索型体系融为一体时，就会发现，二者并非总是能够同向而行或齐头并进，而是不可避免地会出现相互掣肘或此消彼长的局面。可能诱发实践操作型体系和科学探索型体系产生离心力的对立点主要有两个：
综上所述，刑法教义学的科学性和实践性并非总是并行不悖，不同种类的体系之间可能发生冲突。并非简单的一句“体系思考和问题思考并重”或“教学法体系与科学体系相统一”就能自然而然地实现“鱼和熊掌兼而得之”。首先，笔者将探讨，在刑法教义学的实践导向日益强化的现代社会，我们为何仍然需要坚守刑法教义学的科学性和体系性。接着，笔者将提出并且论证，刑法教义学的体系建构应当采取“自下而上”的总体思路。最后，笔者将指出，应在刑法教义学内部进行功能分层，通过“自下而上”的方式建构起来的知识体系需要接受科学方法论的监督和检验。
由此可见，在现代社会中，法律系统对稳定人们的行动预期发挥着前所未有的重要作用。在此背景下，体系化的法教义学知识所具有的现实意义不但没有随着社会复杂程度的提高而消减，反而愈加凸显。
其一，除了罪刑规范之外，为数众多的出罪事由同样也是刑法教义学日常研究的内容。由于罪刑法定原则只禁止不利于被告人的类推，而出罪事由的成立恰恰有利于被告人，所以，刑法教义学完全可以在缺少成文法规定的情况下，增加、续造法规之外的正当性事由和责任阻却事由。
现代刑法的价值原则具有恒常性。虽然在不同的地域、不同发展阶段的社会，具体的法律制度和学说可以因地制宜地采取差异化的设计，但是，某些价值原则是经过人类法制实践的反复锤炼和检验才凝结而成的共识，它们构成了在任何法治社会中都不可被动摇的基石。这些价值原则作为普遍且持久的价值界标，为法律实践活动设定了一条不可逾越的红线。特别是，由于刑罚是一种对公民的自由及利益干预力度最大的国家制裁措施，所以，虽然在不同社会条件下的刑事政策的侧重点有所差异，但是，关于刑法的介入极限的判断能够形成一系列较为稳定的价值共识。能够说明这一点的是，宪法乃社会共同体的价值观念的最大公约数，刑法中的相当一部分原则直接享有宪法位阶，或者与宪法具有内在渊源。
刑法教义学的体系化建构主要有公理推演式的“自上而下”的思路和以现实问题为起始的“自下而上”的思路。下文将根据公理推演式的“自上而下”的思路而建立的体系简称为公理推演式体系。
因此，尽管法教义学的基础性原理和基础性概念通常可以被作为推论的前提，但它们也时刻面临着新型案件事实的挑战和检验。当法教义学的解释力已不足以应对新问题时，法教义学就必须接受改造。这就说明，任何一种法教义学体系都只不过是对已有案件及其解决方案的暂时性总结，在不断涌现的新问题和新素材的“激扰”下，法教义学体系会不可避免地持续处于自我调适的状态之中。对于自然科学来说，个案只不过是用来验证、说明先在之规律和公理的例子；但对于法学而言，看似处在体系最底端的个案不仅是既有教义学体系的例证和具体化，而且是体系建构和体系重塑活动的主要参与力量之一。
可见，法教义学的上位规则和下位规则之间不仅有形式逻辑的关联性，二者之间还时常存在着巨大的价值空间供法教义学者抉择。原本作为推论前提的某一原则可能会因其他原则的介入而受到限制，甚至被排除出局，所以，法教义学的推理结论往往取决于多个不同原则之间的位阶关系。
在总结了学界的和他本人的正犯理论研究经验之后，罗克辛进一步提炼出刑法教义学方法论的两个原则：
借鉴上述学者关于学科分层的开拓性思考，笔者认为：
首先，科学性检验机能的独立化是现代社会背景下刑法教义学的内在要求。当社会现实愈加复杂，疑难问题的数量与日俱增时，处在司法一线的刑法教义学所肩负的有效应对现实问题的任务愈加繁重。刑法教义学往往既难以跳出具体问题的包围，又无暇从整体上兼顾理论体系科学性的要求。因此，与其让刑法教义学捉襟见肘地两头“兼职”,不如对其进行职权划分，即在具体教义学知识的生产机制之外，还应当设有相对独立的外部监管机制与批判机制。这种外部机制由于和司法实践保持着一定的距离，所以，它既能够以较为超脱的姿态对刑法教义学作出更加根本、长远和全局性的思考，也能够从方法论的高度对自下而上建构起来的知识体系进行跟踪和检测。一旦发现知识体系与科学标准存在冲突，这种外部机制就警示刑法理论应当进行反思、修正，甚至在必要时应被着手重构。
最后，具体来说，刑法教义学可以被划分为两个层次：第一个层次是直接面向实践的刑法教义学。其任务是，以《刑法》为依据，借助各种解释方法对司法实务中出现的问题提出恰当的学说。在此过程中，随着同类型案件的持续积累，刑法教义学还会对由此类案件形成的知识进行一定的分类和抽象化处理。一方面，刑法教义学以理论的形式对判案经验进行提炼和归纳；另一方面，它有助于使庞杂的案件解决方案以既易于理解又便于调取的形式呈现在人们面前。但是，刑法教义学在第一个层次上所进行的体系化工作主要是以实用为导向，至多只能偶然和零碎地触及事物本质及其内在关联。第二个层次是从事科学性检验和体系性反思工作的刑法教义学。在这一层次，我们需要站在科学方法的角度，对第一个层次的刑法教义学所产出的教义学知识展开批判性考察。
第三，如何重新整合错误论的法教义学知识既然标准3难以成立，那么，为了彻底贯彻责任原则，我们只能认为违法性认识错误同样具有排除故意的效力。这样一来，标准1、标准2和标准3就在结论上实现了统一。接下来，我们需要将思考推向更深层次。首先，既然对构成要件事实认识错误的处理准则与对正当性事由的前提事实认识错误的处理准则完全相同，那么，我们是否可以考虑直接对二者作出同样的处理，从而使得刑法理论无需在容许构成要件错误的问题处理上，再像以往的通说那样耗费大量的精力进一步引申，三阶层犯罪论体系历来将构成要件事实和违法阻却事由分为两个部分，但是，借助教学法体系和科学体系的二元视角来看，这种区分固然具有便于实践操作的意义，但未必具有科学上的必然性。其次，违法性认识错误和构成要件事实认识错误在法律效果上的同一化使得我们不得不重新审视通行的故意论。我们从以上围绕责任原则所展开的分析可以看出，行为人是否完整地认识到构成要件事实和其是否对行为的违法性作出了正确评估，二者对于判断行为人主观上的可谴责性及其程度具有同等意义。因此，行为的违法性似乎应当同样被纳入故意认识的对象范围。
本文所主张的刑法教义学体系建构思路可参见图1。
图1刑法教义学体系的建构思路下载原图
在21世纪的第一个十年间，中国刑法学界曾经出现过一轮关于犯罪论体系建构的学派之争，但此后，围绕宏观体系展开争论的热潮逐渐退去，刑法教义学整体上更加偏重于对具体问题的精研和深耕。其原因是多方面的：一则，中国传统的“经世致用”哲学和“理论联系实际”的指导思想始终深刻地影响着刑法学的学术风格；二则，当我国大规模引进德国和日本的刑法理论时，德国和日本刑法理论已经在方法论上实现了从体系思考向问题思考的转向；三则，中国作为后发型国家，在法律实践中同样存在着传统问题与前沿问题并存的情况，故刑法教义学的当务之急是为大量的实际问题提供有效的解决方案；四则，本土刑法理论自主性意识的觉醒使得人们更加积极地从中国问题中寻求理论建构的灵感。在此背景下，如何处理刑法教义学的实践性和科学性之间的关系，就成为一个不容回避的基础性课题。本文的结论可以概括为以下几点：
第一，回归纯粹的实践技艺并非当代刑法教义学应该选择的道路。坚持对刑法教义学科学性的追求是现代社会的必然要求，并具有实现的可能性。
第二，刑法教义学体系的建构应当采取自下而上的思路，以保证体系在复杂多变的社会生活面前保持足够的开放性和应变能力。然而，与此同时，这一思路也可能造成刑法教义学知识“堆砌化”“补丁化”。
第三，正如社会现实的复杂化必然促使社会系统分化一样，在刑法教义学肩负的任务日益繁重和复杂的时代背景下，刑法教义学内部也有必要进行功能分化：一部分研究应奉行自下而上的问题思考方式，着眼于产出具有实用效果的教义学知识；另一部分研究则应专司方法论的监督之职，对教义学知识进行科学性的检测和反思。