存疑有利于被告，在证据法意义上，是指对证据事实有怀疑时，应当作出有利于被告的评价。该原则作为证据不足及有疑问时作出司法认定的基本指导思想，体现了无罪推定及司法人权保障的精神，可谓刑事证据制度最重要的原则。
存疑有利于被告原则概述
存疑有利于被告思想公认源自罗马法，其原义是证据存疑时应当作出有利被告的选择。但是，无论是在罗马刑事法还是在作为其承继者的大陆法系刑事法中，作为一种理念的有利被告论，实际已超越了原始含义而在刑事实体法和程序法中得到了贯彻。
存疑有利于被告的法理，已在近现代刑事证据制度中普遍适用。各国的共同点是承认无罪推定原则，即“任何受到刑事指控的人应该享有无罪推定的权利直至依据法律证明其有罪”。在此原则之下，必然确认存疑有利于被告法理。但各国设置和应用该法理的制度路径有所不同。大致形成英、美等以无罪推定涵摄存疑有利于被告法理的模式以及德、日等承认无罪推定原则的同时，亦确认“存疑有利于被告”原则的模式。
存疑有利于被告与无罪推定联系紧密，二者指向一致，但含义与功用有别：一是二者互为渊源。存疑有利于被告是无罪推定的历史渊源，而在近现代法中，无罪推定又成为存疑有利于被告的法理渊源和依据；二是无罪推定包含存疑有利于被告观念，且有更高的位阶和更丰富的内涵；三是存疑有利于被告作为操作性证据原则，部分内容超越无罪推定的内涵外延。如“罪疑从轻”“功疑惟重”均超越无罪推定。
存疑有利于被告原则是刑事司法中人权保障思想的集中体现。其主要法理基础是“宁纵勿枉”的法律思想，不罚无辜优先于有罪必罚，包含刑事司法的绝对价值。此外，该原则也是维系刑事诉讼构造平衡、实现当事人对等的需要，尤其在我国现行刑事诉讼构造之下。该原则从根本上源于宪法第三十三条中“国家尊重和保障人权”的规定，是人权保障原则在刑事司法中的具体体现。同时，也是“以事实为根据，以法律为准绳”的客观原则与法治原则的必然要求。
中国法中的存疑有利于被告原则及适用分歧
我国传统法律文化与长期司法实践蕴含、体现了该原则。其一，该原则与中国法律传统中的人道主义思想联系紧密。《尚书》中有言：“与其杀不辜，宁失不经。”其二，该原则是中国现代司法实践中人道主义思想的体现。其三，无罪推定原则的引入发挥了积极影响。
然而，对该原则的内涵及其适用，仍在一系列问题上未取得一致，呈现出观点的明显分歧。例如，怎样理解把握案件事实“存疑”，该原则能否适用及如何适用于对被告有利的事实情节，能否适用于程序性证据事实，是否应当有适用的例外情形等。
适用存疑有利于被告原则的思想观念、前提与方法
在无罪推定司法观念的指导下，坚持打击犯罪与保障人权的平衡，是适用该原则的基本指导思想。该原则的适用前提是取证不能，即案件取证已经穷尽手段，仍然“存疑”。理解与适用该原则的关键是正确认定案件事实“存疑”。一般理解，存疑，即对定罪量刑的基本事实存在怀疑，以致事实真伪不明。解释“存疑”有概率论方法、心证方法以及按照证明标准衡量的方法。作为存疑有利于被告原则适用前提的事实“存疑”，是指案件事实证明未达到案件事实清楚，证据确实、充分的证明标准。
辩护性事实如何适用存疑有利于被告原则
对有利被告的事实，即辩护性事实，存疑时一律适用存疑有利于被告原则，将其推定为存在是不适当的。然而，如果事实虽然尚存某种疑问，如证据印证不充分，因此未达到“事实清楚”的证明程度，但其存在较之不存在具有更大可能性，符合“优势证据”标准，可以适用存疑有利于被告原则。辩护性事实适用优势证据标准，为司法实践所认可。
把握优势证据标准：一是从比较概率角度而言，该事实的存在较之不存在有更大的可能性；二是从证据的质与量分析，证据充分性尚嫌不足，尤其是印证性可能有所欠缺，但仍然存在确实性较高的基本证据；三是以心证而论，拟认定的事实，已达到“合理的可接受性”。
辩护性量刑证据存疑，应当作出有利于被告人的认定，同理，辩护无罪的证据存疑，仍应按照优势证据标准，适用存疑有利于被告原则。
存疑有利于被告原则的具体适用及例外情形
两个以上的犯罪嫌疑人的行为均指向一个犯罪结果，但犯罪结果发生的具体原因及因果关系不明确，出现要件事实或量刑事实存疑的情况，可以适用存疑有利于被告原则，但适用的情形及方式受一定条件制约。犯意及其联络、共同正犯等犯罪交互关系，均影响该原则的适用。
程序法事实的认定，应当慎用存疑有利于被告原则。程序法事实是关于刑罚权实现的法律程序的必要性、妥当性及正当性的事实，不能简单地以对被告的有利或不利进行评判。但部分程序法定事实仍然存在对被告有利、不利的不同情形并产生相应的价值评判，而且某些程序法事实认定，直接关系实体法事实的认定，因此，不宜完全排斥存疑有利于被告原则的适用。对于直接影响实体法事实认定并产生定罪量刑后果的取证程序合法性事实，可以适用存疑有利于被告原则。如刑诉法第六十条规定：“对于经过法庭审理，确认或者不能排除存在本法第五十六条规定的以非法方法收集证据情形的，对有关证据应当予以排除。”此处的“不能排除”情形，涉及存疑有利于被告原则的适用。
为了准确理解、正确适用存疑有利于被告原则，司法解释应作出更为明确的规定。对一些有分歧的问题，还可以通过发布指导性案例的方式提供司法指引。该原则应当明确为刑事诉讼法及刑事证据法的基本原则，并使其发挥无罪推定原则的类似功能。