(一)营造良好的内部控制环境，强化内部控制意识
营造一个良好的内部控制环境，首先要强化单位领导的内部控制意识，让单位的领导真是认识到内控在事业单位中的作用。单位领导对内控的重视程度直接决定控制环境的好坏。同时，还要将这一意识贯彻落实到全体员工的工作中，并与单位实际情况相结合，定期对职工进行培训。全体职工在管理层的引导下，应认真执行内部控制工作，同时对内控工作进行监督、反馈，以调动单位各个职能部门和全体员工承担内部控制责任的意识。
(二)完善内控制度建设，加强内控机构的权威性与独立性
(三)建立完善的集体决策和议事机制
(四)加强财务管控和业务过程的协同，强化资产管理
事业单位应把业务过程和财务管控有机地结合起来，让财务控制渗透到业务活动的每个环节，只有这样，才可能避免业务过程中的舞弊。
事业单位还应加强固定资产的盘点，组织专门人员对固定资产进行定期或不定期的清查。对盘盈、盘亏、报废、损毁固定资产要查明原因，视不同情况分别进行处理。事业单位应依据清查中出现的问题，不断修改和完善固定资产管理的各项内控制度。小型事业单位要设立专门的岗位，配备专、兼职的人员管理财产，大型事业单位要设立专用设备管理部门，并配备相应的管理技术人员和维修人员，负责专用设备的验收和日常的设备维护以及报废设备的技术鉴定。
(五)加强预算外资金的监管，健全监督机制
(六)开展内部控制有效性评价工作，保证控制目标的实现
(七)紧跟时代脚步，利用现代化信息技术推动内控建设
事业单位不能与现代化相脱节，要紧跟时代变化，大力采用现代化信息技术来提高内部控制的水平。结合现代化技术，对事业单位内部控制的手段和方法进行及时的更新和补充，实现事业单位内部控制朝着现代化、科学化的可持续方向发展。
(八)选拔合格人才，强化内控人员业务能力
事业单位在设立健全的内控机构后，配备的人员不仅要具备必要的专业知识和技能，熟悉国家有关法律、法规、规章和国家统一会计制度，同时还应具备良好职业道德。事业单位应成立一支应变能力强且专业技能扎实的人才队伍，并对此进行定期的业务培训或者专业进修，加强他们对风险的分析、应对能力，以及面对全新业务时的分析和应用能力，提高内部控制人员的专业素质和道德意识，成为“又红又专”的合格人才。
一、重视内部控制管理与现行体制法规的协调统一
二、健全管理体系，明确管理权限，建立统一的管理信息系统，这是内部控制建设的三个方面
三、处理好控“点”与控“面”之间的关系
在实施企业内部控制时如何找到控制点，通过点的控制起到牵一发而动全身的作用是需要认真对待的问题。企业一般是根据其经营活动的关键绩效领域确定其关键控制点。企业内部控制的“关键点”一般应该设在三个位置上，并由董事会直接负责监管：一是资金。对企业资金的筹集、调度、使用、分配等实行严格的分级权限控制，防止资金的越权循环和体外循环。二是成本费用。对企业的各项成本费用支出按照会计制度实施严格的监管，防止出现虚假列支、随意列支、无序分摊等舞弊行为。三是权力监控。对企业各经营环节、经济活动操作者的权力实施有效监控，防止权力的越权使用和非程序化乱用，造成经济损失。
四、对内部控制实施单位负责人承诺制
这是内部控制成败的关键。从理论上讲，内部控制本身也有局限性，其中主要是单位最高领导人控制的随意性或相互串通，搞内部人控制。因此，提高单位负责人自觉执行内部控制的意识显得尤为重要。就我国一些企业的现状分析，内部控制没有很好地执行往往是企业负责人带头不执行，破坏既定的内部控制程序，导致内部控制形同虚设或只对下不对上。《会计法》明确规定，单位负责人负有执行《会计法》的法律责任。因此，笔者认为，企业对外出具报告由单位负责人承诺其内部控制制度的完整性、合理性和有效性，且对可能存在的内部控制失效和舞弊承担法律责任。只有这样，才能使企业由上而下共同执行内部控制的要求，推动我国企业内部控制制度的健康发展。
六、对企业的内部控制制度实施强制性外部专项审计
按照国际惯例，企业首先对自身内部控制进行全面深入的自我评价，出具对外报告，然后由注册会计师再对企业内部控制进行专项审计，发表审计意见。在监控过程中，审计可以帮助企业进行全面的风险评估。面对内外环境的日益复杂化，以及企业间竞争的日益激烈，企业经营风险不断提高，如何辨别、分折、防范和控制经营风险，已成为企业内部控制制度的重要内容之一。在审计中，注册会计师利用各种风险分折技术，找出企业业务中的主要风险点和高风险区域，提请企业通过增加、补充或规范各内部控制环节来减轻可能面临的风险，使风险管理贯穿并渗透于企业内部控制的全过程。
七、建立企业工商年检和银行贷款体系的”内部控制“准入制度
(三)以风险导向审计作为内部审计的发展方向。随着风险导向内部控制时代的来临，内部审计的工作重点也发生变化，由“控制”转向“风险”。在风险导向内部审计观念下，年度审计计划与公司最高层的风险战略连接在一起，内部审计人员通过对当前的风险分析确保其审计计划与经营计划相一致，依据风险管理原则改变审核过程。当前我国企业内部审计主要将大部分精力用于财务数据的真实性、合法性的查证和生产经营的监督，管理审计尚未得到广泛的开展。因此，要顺应内部审计科学发展的客观规律，在实践中有意识地推动内向型管理审计的发展。从强调确认和测试控制完整性，逐步转向强调确认和测试风险是否得到有效管理。审计建议应不再仅是强化控制、提高控制效率和效果，而应该是规避风险、转移风险和控制风险，通过风险管理的有效化，提高整体管理效率和效果。
(四)内部审计要建立全程递进式的监控措施。在企业的生产经营一线，建立互相牵制、互相制约的内控制度，重要业务最好采用双签制，所有业务均要经过复核，禁止一个人处理业务的全过程，建立以“防”为主的监控防线。在会计部分常规性核算的基础上，内审部门对各个岗位、各项业务进行日常性和周期性的核查，建立以“堵”为主的监控防线。通过内部稽核、离任审计、落实举报、纪律检查、专项审计等手段，建立以“查”为主的监控防线。通过以上三个层次的内控措施，不仅可以及时发现问题，而且对于防范和化解企业的经营风险和会计风险，将起到重要的作用。
(五)加强内部考核的力度，使内部审计工作制度化。为了保证内部控制制度能有效地发挥作用，并使之不断地得到完善，企业就必须对内部控制制度的执行情况进行检查和考核，由内审部门结合财务部门、企业管理部门等职能部门来具体执行内部检查工作。检查内部控制制度是否得到有效遵循，对执行情况做出客观评价，并对于严格执行内部控制制度的，要给予精神鼓励或物质奖励。对于违规违章的，果断给予行政处分和经济处罚，并与职务升迁挂钩。只有做到压力和动力相结合，才能最终达到内部控制的目的。
(六)提高内部审计人员的素质。首先，要提高内部审计人员的业务素质和专业技能。经济的发展使企业之间的竞争不断加剧，企业面临的经营风险普遍增大，内部审计在规避企业风险、提高运营效益和减少消耗等经营管理方面的作用日益加强，这要求企业的内部审计人员必须了解企业运营的各个方面。在新形势下，内审人员只有具备多种专业技能才能顺利开展内部审计工作，使内部审计发挥其应有的职能作用。其次，要对内部审计人员进行思想教育和职业道德教育。企业应当经常组织内部审计人员学习财经法律法规和经济政策以及内部文件，不断加强内审人员的思想道德教育，增强其从事内部审计工作的事业心和责任感。