当前缺乏在军民融合发展领域起统帅作用、全面规范推进军民融合发展的综合性法律规范，这导致军民融合发展的管理体制与决策协调机制没有明确，军民融合重大战略规划、项目布局和国防核心能力建设等重大问题缺乏法律保障。
部分法规内容不符合军民融合发展形势要求
部分法规制定年代较早，内容严重滞后。以1978年颁布的《驻铁路、水路沿线交通部门军事代表条例》为例，其中一些内容是典型的计划经济时代产物。
目前，铁路已实现政企分离，交通市场化改革日益完善，而低价军运制度和原有的军代表体制，造成国防交通动员难度越来越大，影响了国防交通效率，如铁路军事输送每天仅800千米左右，远远落后于目前铁路平均客货运时速。
又如1987年的《水路军事运输计费付费办法》和《铁路军事运输付费管理办法》中规定：军运人员和物资的费用较商运低20％～50％，且均延后给付，严重影响了交通企业市场主体地位和利益。
在国防科技工业领域，只有军工集团能够享受国家军工科研保障条件建设投资，大多数承担军品研制生产任务的民口单位难以享受同等待遇。军工单位生产的军品全部享受免征增值税等税收优惠政策，而民口单位生产军品，只对11类特定产品在总装环节免征增值税。
部分军民融合领域存在立法空白
在网络空间，仅有4部法律层次的规范：《中华人民共和国电子签名法》规范民事领域电子签名法律效力；《全国人民代表大会常委会关于维护互联网安全的决定》共7条，规定危害计算机系统，利用互联网实施犯罪等；《全国人民代表大会常委会关于加强网络信息保护的决定》共12条，规定建立个人电子信息保护制度、网络身份管理制度等；《网络信息安全法》专门针对网络信息安全，对网络空间领域军民融合的规定并不多，无法适应网络空间复杂严峻形势和迅猛发展的需要。
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