公司内部的权力分配与机构设置主要由公司治理制度来实现，我国公司治理制度的不体系性导致其存在割裂性、矛盾性和过渡性特征。首先，公司治理机构职能的交叉重叠影响公司运行，优秀制度的移植产生了本土不适应性。我国公司法在原有的分权模式下又引入上市公司独立董事制度，双重监督改变了原有的监督制衡模式，引发实践中监督职能的虚化和推诿。其次，公司治理法律制度之设计无法满足多样化需求。我国现有立法对所有公司统一适用分权模式，设置股东会、董事会和监事会对公司权责关系进行规制，但不同类型的公司股权结构和经营模式可能存在差异，“一刀切”的规制方式显然不够合理。
二、我国公司治理法律制度产生弊端的原因
（一）对公司治理立法模式的探析
目前世界上主要存在三种公司治理立法模式（如表1）。
我国公司治理采三权分离的立法模式。一方面尊重了资本意愿，使股东会成为公司最高权力机构。我国《公司法》第37条规定，股东会是公司的最高权力机构，拥有对公司诸多事项的决定权；另一方面体现了股权与经营权分离的理念，依《公司法》第46条，董事会为公司的执行机构。此种立法模式基本上体现了现代公司治理理念，亦符合国情，并非是直接导致公司治理弊端的原因。
（二）对公司治理立法体例的探析
股东有限责任制度决定了立法需对公司治理的权力分配和治理规则作较为细致的规定，以弱化市场风险。我国《公司法》将公司分为有限责任公司和股份有限公司，却统一采取设立股东会、董事会和监事会的分权模式，没有体现实质差异，此种粗放的立法导致实践中诸多问题产生；同时，不同类型公司面临的治理问题和主要矛盾不同，仅以公司资本的等额性将公司简单区分为有限责任公司与股份有限公司是不合理的。
鉴于对上述立法模式和立法体例的分析，可以发现我国现有的公司治理问题是立法体例设计不当而非立法模式的错误选择所致。因此，解决我国公司治理的积弊，首先需要完善现有的立法体例。
三、公司治理法律制度完善的理论基础
（一）公司治理领域的本位认识问题——股东本位观念的回归
（二）公司治理领域的代理问题——对代理权的正确认识
公司治理制度的建立离不开对公司经营代理权的正确认识。随着社会分工的细化和知识的专业化，现代公司企业经营权与所有权逐渐分离，产生公司代理问题。资本所有者不直接参与公司经营而将经营权委托给董事会，通过经营者的专业知识实现资本利益最大化，从而形成股东会与董事会间的委托代理关系。此种代理不同于一般的民事代理，体现出更多的主动性和全面性。对于大型公众公司而言，这种公司治理结构既能强调决策和执行效率，又能解决分工和监督问题，由此显示出公司组织机构立法的重要性。
当然，所有权与经营权分离并非没有例外。我国存在大量有限责任公司和非上市股份有限公司，这种封闭型公司具有较强的人合性，因而内部无须有严格的组织机构，所有权与经营权并非必须分离，代理权也并非必须和必要。
（三）对公司治理机制研究方向的认识——法学与经济学相结合
四、我国公司治理法律制度的完善路径
（一）“新两分法”的提出
抛弃我国原有的有限责任公司和股份有限公司两分法，借鉴英美法系国家，根据公司股票能否在证券市场自由流通将公司分为封闭型公司和开放型公司具有现实意义。封闭型公司股东内部有较强人合性，应加强对股东意志的尊重；而开放型公司股东分散，内部人控制现象严重，应特别保护中小股东。因此，对封闭型公司，组织机构立法应简化并给予最大自由。如可规定其组织机构由股东在章程中自由选择而非法律强制性规定。而对开放型公司（上市公司）而言，则应在现有规则上加以完善。如继续适用严格的公司治理机构立法，建立完善的制衡式组织机构。
（二）“新两分法”的优越性
1.立足国情，迎合人合性较强公司的需要。封闭型公司股东间具有较强的人合性，股东间合作的基础是相互信任。一方面，其资本运筹和公司运作并不直接面向公众，因而只要不损害社会公益，法律应保障这一私主体追求自身利益最大化的需求；另一方面，封闭型公司股东意志可通过章程体现，以资本多数决解决表决权问题。因此，新的分类立法体现了对私法和商活动本质的尊重，符合国情与商事交易价值观。
2.符合经济学理念，满足成本与效率要求。灵活的公司治理机构能降低封闭型公司的管理成本，提高效率，而开放型公司需要健全协调的治理机制，充分发挥经营机构与监督机构职能来减少交易成本。因而立法分别规定不同性质公司的组织机构，符合经济学成本与效益的追求。
3.以最小成本完成弊端革除。法律的稳定性不意味着放弃其适应性，适度修正使法律规范符合社会生活客观需要亦是法律稳定性的内在要求，关键是以最小的立法成本完善立法规定。新的分类立法并非对公司治理模式的颠覆，仅是改变了其立法分类的基础，从立法成本上考量是适宜的。
4.尊重了私权和个人意志。对开放型公司而言，组织机构等设置会影响公司运转和对中小股东及公众投资者利益的保护，因而需要强制设置；而封闭型公司组织机构的不完善虽会影响公司运行，但若不涉及公众利益，就没有理由进行强制规制，允许其通过章程自由选择符合最低成本要求。
五、结语
我国现有立法不区分公司类型，不考虑个体需求，“一刀切”的立法体例剥夺了公司选择内部治理制度的权利，尤其对封闭型公司，难言其正当性。制度层面的改革必然面临实践困难和阻力，若不能采“新两分法”，从立法上彻底修正组织机构规则，也可以在坚持现有公司法分类的基础上，对有限责任公司组织机构实行自由立法，而仅对股份有限公司作出严格的强制性规制，实现立法改革的过渡。