一、虚开增值税专用发票“入罪”标准的司法衔接
(一)虚开增值税专用发票“入罪”标准不规范易生歧义
近年来，我国逃避骗税犯罪始终高发，形势始终严峻。2018年8月以来，根据党中央、国务院的决策部署，国家税务总局组织开展了打击虚开骗税违法犯罪两年专项行动。截至2019年6月底，查处虚开企业11.54万户，认定虚开发票639.33万份;向公安机关移送虚开骗税企业15798户，与公安机关联合查办15842户，虚开占全部涉税案件的92%以上。然而，在认定虚开增值税专用发票“入罪”的标准上却存在税收执法与税收司法的不协调、不衔接。例如，山东省潍坊市寒亭区人民检察院指控山东省潍坊市寒亭区国家税务局、赵福勇犯虚开增值税专用发票罪案就是一宗不衔接的典型案例。此案从1999年至2019年历时二十年才宣告终结，在基本事实没变的情况下，终审法院推翻了两级法院四次判决有罪的决定。一审、二审法院坚持有罪的理由是：被告违反增值税专用发票管理规定，对不具备一般纳税人资格的单位或个人开具增值税专用发票且数额巨大，其行为构成虚开增值税专用发票罪。终审法院改判原审被告无罪的理由是：原审被告单位、被告人不具备骗取税款的故意，没有给国家造成税款损失，没有证据证实存在无货虚开的行为，其行为应属于法律允许的挂靠行为，不应作为犯罪处理。
第××条具有下列行为之一的，是虚开增值税专用发票：
(一)虚构交易或虚增交易为他人、为自己、让他人为自己、介绍他人开具增值税专用发票的;
(二)通过骗用、租用、借用、盗用他人的身份信息，为他人、为自己、让他人为自己、介绍他人开具增值税专用发票的;
(三)滥用简化注销程序等服务措施，短期存续领票，简单粗暴地为他人、为自己、让他人为自己、介绍他人开具增值税专用发票的;
(四)利用配单配票配货、循环出口、伪报、高报等手段骗取出口退税的;
(五)法律、行政法规、规章规定的其他情形。
第××条下列行为不属于虚开增值税专用发票：
(一)不具主观故意，不以骗取税款为目的的;
(二)未造成国家税收损失的;
(三)属于合法挂靠代开增值税专用发票的;
(四)法律、法规规定的其他情形。
第××条虚开增值税专用发票应当承担的法律责任：
(一)受票方利用他人虚开的专用发票，向税务机关申报抵扣税款进行逃税的，应当追缴税款，处以虚开数额五倍以下的罚款;进项税金大于销项税金的，还应当调减其留抵的进项税额。利用虚开的专用发票进行骗取出口退税的，应当依法追缴税款，处以骗税数额五倍以下的罚款;
(二)购货方从销售方取得第三方开具的专用发票，或者从销货地以外的地区取得专用发票，向税务机关申报抵扣税款或者申请出口退税的，应当按逃税、骗取出口退税处理，追缴税款，处以逃税、骗税数额五倍以下的罚款;
(三)纳税人以上述第(一)款、第(二)款所列的方式取得专用发票未申报抵扣税款，或者未申请出口退税的，应当依照《中华人民共和国发票管理办法》及有关法规，按所取得专用发票的份数，分别处以一万元以下的罚款;但知道或者应当知道取得的是虚开的专用发票，或者让他人为自己提供虚开的专用发票的，应当从重处罚。
(四)虚开专用发票构成犯罪的，税务机关应当依法进行追缴税款等行政处理，并移送司法机关追究刑事责任。
(三)修订的主要依据
二、税收核定计税依据与目的的司法衔接
(一)税收核定标准不明确易生歧义
税额确认是税收征管五大基本程序中的核心程序。纳税人自主申报可能产生的不确定性也增加了税额确认的不确定性，特别是在“放管服”改革的背景下更增加了事中、事后管理的风险。因此，税额确认程序成为上承(申报纳税)下启(税款追征、违法调查、争议处理)、防止国家税款流失、促进纳税遵从的关键程序。税收核定是税额确认程序中常用的手段与方法。根据征管对象与核定情形的不同，税收核定可分为正常税收核定和非正常税收核定。在非正常的税收核定争议中，尤以“申报计税依据明显偏低，又无正当理由”最为常见和最存争议。
第××条计税依据明显偏低是指以下情形：
(二)低于交易时交易地的指导价或者低于市场交易价百分之七十的，可以视为明显不合理的低价;
(三)法律、行政法规规定的其他情形。
(四)明显偏低的举证由税务机关承担，否定明显偏低的举证由纳税人承担。
第××条不具有合理商业目的是指以下情形：
(一)根据经济实质、商业安排和税收利益综合判定不具有合理商业目的;
(二)以减少、免除或推迟缴纳税款为唯一或主要目的的;
(三)以形式符合税法规定、但与其经济实质不符的方式达到减少、免除或推迟缴纳税款的;
(四)法律、行政法规规定的其他情形;
(五)具有合理商业目的的举证由纳税人承担;否定合理商业目的的举证由税务机关承担。
第××条纳税人应当按税务机关核定的应纳税额，在规定期限内缴纳税款，逾期未缴纳的，加收税收滞纳金。但在五年内未被发现的，不再加收税收滞纳金。
第××条税务机关应当严格按规定的程序与方法核定应纳税额，核定的具体程序和方法由国务院税务主管部门规定。
(三)修改的主要依据
三、界定应纳税额标准的司法衔接
(一)当期应纳税额标准不准确易生歧义
第六十三条
第×款第一款所称的应纳税款是指税法调整后的当期应当缴纳的税款，应纳税款不包括下列情形：
(一)依照税收法律法规有关税收优惠规定的减、免、抵税款;
(二)依照税收法律法规可以抵扣、扺免的税款;
(三)税收法律法规规定的出口退税款;
(四)税收法律法规规定的其他可扺、减、免情形。
四、税法与民法适用的司法衔接
(一)税法可否认定民事法律关系属法律空白
第三十×条税务机关可以根据法律法规在税务行政管理、税额确定和税款征缴程序等专门领域独立认定案涉具有商业目的的民间借贷行为等民事法律关系。
税务机关对实质民间借贷等交易行为的认定应当负举证责任。纳税人应当负有主动或应要求的协助义务。
税务机关认为其他机关对相应民事法律关系的认定与其认定明显抵触的，应当先行协商处理，在满足上述第一款、第二款条件下，税务机关的认定应当视为特别规定。具体衔接办法由国务院另行制定。
1.税务机关根据实质课税原则独立认定案涉民事法律关系的正当性。首先，税务机关依照法律法规对名实不符的民事法律关系进行认定，并根据纳税人经营活动的实质内容依法征税是其法定职责，也是实质课税原则的基本要求。否则会难以避免纳税义务人滥用私法自治以规避或减少依法纳税义务，从而造成国家法定税收收入的流失。其次，对同一法律关系的认定，税法与民法的规定可能是不完全一致的。因此，税务机关依据税法认定案涉民事法律关系时应当限于税务行政管理、税额确定和税款征缴程序等税收征管等专门领域。再次，税务机关对实质民事交易关系的认定应当符合事实与税收征收法律规范，并承担举证责任。税务机关认定的民事法律关系应当让当事人信服，当事人应当负有主动或应要求的协助义务。最后，当其他机关已经对案涉民事法律关系作出认定时，如果税务机关认为其他机关的认定与其认定存在抵触，宜先考虑通过法定渠道协商解决，而不宜径行作出相冲突的认定;当其他机关未对案涉民事法律关系作出认定时，税务机关可以依据法律法规独立作出符合事实与税收征收法律规范的认定。