引导基金在中国的出现，借鉴了国外政府扶持股权投资的行业实践与成熟经验。作为政府参与创业风险投资的重要手段，引导基金以“母基金”（FOFs）的方式运作（所谓FOFs，即投资于基金的基金，其与一般的基金不同，是以股权投资基金作为投资对象的特殊基金）。引导基金通过与GP合作成立子基金来将资金投入到实体经济中去。我国引导基金的政策导向性决定了其具有中国特色的运作模式。
在引导基金设立的法律结构上，《指导意见》指出：引导基金应以独立事业法人的形式设立，由有关部门任命或派出人员组成的理事会行使决策管理职责，并对外行使引导基金的权益和承担相应义务与责任。
目前，各地引导基金的运作主体除了独立事业法人之外，亦有部分引导基金以企业法人制（公司制）设立，在不同的法律结构下，引导基金的运作模式、监管模式以及考核激励体制均有所不同。
独立事业法人制引导基金，因其事业单位的性质，更为强调“社会服务”、“让利于民”的特点，其基金管理多委托第三方管理机构，少数成立事业编制基金管理团队，对于管理团队的考核与同级国有企业类似，相对缺乏有效的利益驱动。
企业法人制引导基金多采用公司制，由于对国有资产负有保值增值的义务，其一般会按照同股同权的原则获取基金收益，对于管理团队的激励机制相对市场化，某些地方已在实行参股激励方式，已经在向专业的市场化FOFs转型。
对于引导基金的管理运作，地方政府一般会成立引导基金管理委员会（或投资决策委员会）作为基金的最高投资决策机构，行使引导基金决策和管理职责，管理委员会一般不直接参与引导基金的日常运作。
一是成立独立的事业法人主体作为基金的管理机构。比如深圳市创业投资引导基金，专门成立了深圳市创业投资引导基金管理委员会办公室（市创投办），负责引导基金的日常管理工作；南京市创业投资引导基金的日常管理运作，也是由专门成立的南京市创业投资发展中心负责。
二是委托地方国有资产经营公司或政府投资平台公司负责引导基金的管理运作。比如石景山区创业投资引导基金是以石景山区国有资产经营公司作为受托管理机构，负责引导基金的运作；石家庄市创业投资引导基金委托石家庄发展投资有限公司负责具体投资运作。
三是委托地方国有创投企业负责引导基金管理运作。如苏州工业园区创业投资引导基金的管理机构为苏州元禾控股集团，上海市创业投资引导基金由上海创业投资有限公司作为管理机构，广州市创业投资引导基金则委托广州市科技风险投资公司管理。
四是成立引导基金管理公司或者由公司制引导基金自行管理。前者如北京股权投资发展基金管理有限公司、浙江省创业风险投资引导基金管理有限公司，此类公司并非引导基金的出资主体，而仅作为受托机构负责基金管理运作；后者如上海浦东科技投资有限公司、成都银科创业投资有限公司等，由公司内部团队负责基金管理运作，内部治理按照《公司法》执行。
五是委托外部专业管理机构负责引导基金管理。如上海杨浦区人民政府引导基金委托美国硅谷银行，金山区、闵行区创业投资引导基金委托盛世投资，绍兴市创业投资引导基金委托凯泰基金等。此外，2009年成立的安徽省创业（风险）投资引导基金、2012年成立的荆州市创业（产业）投资引导基金均曾委托浦东科投作为其管理机构，也可算作委托专业机构管理的典型代表。
在基金管理费方面，对于引导基金管理机构来说，一般会得到2%左右的固定管理费。由于多数引导基金出于政策导向，主要以带动社会资本参与创业投资为主要目的，并无营利要求，因此，管理机构获得业绩分成的情况并不常见。
少数引导基金为鼓励基金投向本地，会设置一些奖励机制，比如深圳市创业投资引导基金规定，按照市场通行规则，在各出资人收回对子基金实缴出资的前提下，将子基金投资净收益的20%奖励子基金管理机构，其余80%部分由各出资人按照出资比例进行分配。为鼓励子基金更多投资深圳本地项目，子基金到期清算时，对于来自深圳本地初创期项目的子基金净收益，引导基金对子基金管理机构的奖励比例由20%提高至50%；对于来自深圳本地早中期项目的子基金净收益，引导基金对子基金管理机构的奖励比例由20%提高至30%。
另外，部分引导基金决策机构通常会招标或指定一家境内商业银行，作为引导基金的资金托管银行，具体负责资金保管、拨付、结算等日常工作，并对基金运作负有一定的监管职责；大部分引导基金的资金的监管、拨付等工作划归当地财政局，引导基金管理机构的资金账户仅起到资金中转的作用，如深圳市创业投资引导基金。此外，有的引导基金理事会委托第三方机构对引导基金运作绩效进行评估，日常运作中会聘请中介机构对所参股创业投资机构进行尽职调查及各类审计工作。
根据《指导意见》要求，引导基金应按照“政府引导、市场运作，科学决策、防范风险”的原则进行投资运作，其扶持对象主要是按照《创业投资企业管理暂行办法》规定程序备案的在中国境内设立的各类创业投资企业。引导基金本身不直接从事创业投资业务。
目前来说，我国引导基金的主要运作模式有参股、跟进投资、风险补助、融资担保及投资保障等。
阶段参股：是引导基金目前的主要运作模式，是指引导基金向创业投资企业进行股权投资，并在约定的期限内退出，主要支持发起设立新的创业投资企业。在该模式下，引导基金按照创投母基金（FOFs）的方式运作，与创业投资机构合作成立子基金，然后子基金投向创业企业，在此过程中，引导基金不参与子基金的日常管理，仅仅充当出资占股角色。子基金中引导基金的认购比例一般不超过25%，且不能成为第一大股东。该运作方式能够通过发起设立创业投资基金引导民间资本投资初创期企业，从而起到政府资金的杠杆放大作用。
跟进投资：是指对创业投资机构选定投资的初创期科技型中小企业，引导基金与创业投资机构共同投资。一般来说，创业投资机构在选定投资项目后或实际完成投资一年内，可以申请跟进投资。引导基金应按创业投资机构实际投资额50%以下的比例跟进投资，且每个项目投资额不超过300万元人民币。引导基金跟进投资形成的股权委托共同投资的创业投资机构管理。
风险补助：是指引导基金对已投资于初创期科技型中小企业的创业投资机构予以一定的补助。《引导基金管理暂行办法》规定，引导基金按照最高不超过创业投资机构实际投资额的5%给予风险补助，补助金额最高不超过500万人民币。风险补助资金主要用于弥补创业投资损失。
投资保障：是指创业投资机构将正在进行高新技术研发、有投资潜力的初创期科技型中小企业确定为“辅导企业”后，引导基金对“辅导企业”给予奖励。《引导基金管理暂行办法》规定，引导基金可以给予“辅导企业”投资前资助，资助金额最高不超过100万元人民币，资助资金主要用于补助“辅导企业”高新技术研发的费用支出。
对于参股基金，政府引导基金均要求尽量不参与子基金管理运作，尊重创投机构决策程序及市场化管理运作。但是，部分引导基金还是会在参股子基金中扮演一定决策角色，比如黑龙江省引导基金要求在所扶持创投机构的董事会或决策部门中至少须有1个席位，并行使相应的权利；河北省中小科技企业引导基金以及石家庄市引导基金，均要求投资对象为公司制基金，并按股东权利执行管理。
出于“政府引导”目的，引导基金对于参股基金的注册及投资策略有诸多规定。多数引导基金要求参股基金在本地注册，部分地市级引导基金仅要求基金注册于本省。基金注册资本要求在3000万至1亿元不等，上海市创投引导基金甚至要求新参股设立的创投基金规模不少于2亿元（种子期基金规模原则上不少于1亿元）。对于子基金的法律形式，多数引导基金可接受公司制和有限合伙制两种，少数引导基金仅限公司制基金，如河北省中小企业创投引导基金、青海省中小企业创投引导基金等。对于基金管理公司，部分引导基金要求在本地注册，如深圳市创业投资引导基金及安徽省创业（风险）投资引导基金，多数则未作要求。
首先在投资区域上，多数基金要求参股基金主要投资于本地辖区，要求投资比例不尽相同：如北京市中小企业引导基金要求投资于北京区域内创业期中小企业的资金额度不低于引导基金出资额的2倍；安徽省引导基金要求参股基金投向安徽省早期创新型企业的投资比例不得少于年投资总额的50%；湖北省创业投资引导基金要求投资湖北省内企业的资金总规模不得少于注册资本的60%。不过，由于地域投资比例要求对投资机构项目源有较大限制，因此，在实际运作中，部分引导基金在参股之后逐步放宽了投资限制。比如苏州工业园区引导基金在最初发布管理办法中，要求参股基金对园区企业的投资总额不低于引导基金出资额的2倍，在实际上该引导基金基本实现了市场化运作，参股基金并未受限于这一规定；2010年成立的青岛市创投引导基金，最初要求参股基金投资于青岛辖区企业不低于基金总额70%，而目前仅求其中引导基金出资部分投资于青岛。
行业方面，引导基金的限制并不严格，包括新兴产业、高科技产业、地方优势产业等都在鼓励范围内，如深圳市创业投资引导基金要求参股基金应重点投向深圳市政府确定的生物、互联网、新能源、新材料、文化创意、新一代信息技术等战略性新兴产业及其他重点鼓励发展的产业，且每支参股自基金投资与上述约定产业领域的资金比例不低于基金注册资本或承诺出资额的60%，投资于初创期项目和早中期项目的资金比例不低于基金注册由于这些行业与创投基金自身投资策略较为契合，因此，行业要求很少对创投基金构成障碍。
投资阶段方面，引导基金作为政府服务功能的一个载体，其服务中小企业发展的政策导向十分明显，因此，多数引导基金对于其参股基金投资中小企业的比例有明确要求，比如江苏省新兴产业创投引导基金、浙江省创投引导基金等要求投资初创期创业企业的投资额比例不得低于全部投资额的30%；湖北创投引导基金要求子基金投资于种子期、初创期、早中期投资对象的资金规模不得少于注册资本的60%；北京市文化创意产业引导基金要求投资于创业早期文化创意企业的金额不低于引导基金出资额的2倍；深圳市创业投资引导基金要求投资于初创期、早中期项目的投资比例不低于引导基金出资额的2倍。
由于引导基金是一种不以盈利为目的的政策性基金，引导基金退出及利益分配的过程中，通常遵循“保障政府资金”和“让利于民”的原则。根据《指导意见》的要求，引导基金可以通过上市减持、股权转让、企业回购等多种途径实现退出。目前来说，引导基金的退出方式主要有两种：
一是引导基金在所投资的创业投资企业存续期内将其所持股份有限转让给其他社会投资人或公开转让，但原始投资者同等条件下具有优先购买权；
二是引导基金投资的创业投资企业到期后清算退出。
引导基金投资形成股权的退出，应按照公共财政的原则和引导基金的运作要求，确定退出方式和退出价格。一般来说，引导基金的参股期限为5-10年，在被调研的50家引导基金中，尚无退出案例。
根据我国政府引导基金暂行管理办法中投后管理，投后管理主要有三点，一是要求政府引导基金对于其投资计划、投资运作以及资金使用等情况进行定期汇报，二是要求委托社会中介机构对引导基金运作情况以及参股基金的运作情况进行审计，三是实施绩效考核制度。这其中，定期汇报是引导基金暂行管理办法中的标配内容，一般是每个季度汇报一次；在暂行管理办法中提及要实施绩效考核制度的，都只有笼统的一句话，并无具体的实施细则。
在绩效评价方面，财政部颁布的《政府投资基金暂行管理办法》要求，各级财政部门应建立政府投资基金绩效评价体系，按年度对基金政策目标实现程度、投资运营情况的展开评价，有效应用绩效评价结果；政府投资基金应当接受财政、审计部门对政府投资基金运作情况进行年度检查。建立全面绩效评价制度是我国政府引导基金在投后监督管理方面的发展方向，定期汇报不会再作为主要的投后监管手段。
建立全面的绩效考核制度开始强调投后管理在我国政府引导基金中的重要意义。在我国政府引导基金的实际运行中，多数引导基金能够通过与其他LP合作设立新基金或是投资基金，引导资金投资于既定的地域或领域，从而实现政府引导基金的职能。但是还是存在部分政府引导基金在运作过程中，因地区资源有限无法满足约定的投资方向，这就需要政府加强投后管理，及时提供必要的帮助。绩效考核制度也是意图鼓励子基金可以有效利用好政府资源，从而真正实现对地区经济的促进作用。
对于政府引导基金而言，它不以营利为目的，但是注重所投资金的安全性问题，而且对于政策性目的存在一定的诉求，所以为了建立科学有效的绩效考核制度，不能以单一的经济指标为主，还要考虑其对于政策导向以及经济发展做出的贡献。故绩效考核制度要求定期对基金政策的目标、政策效果及其资产情况综合进行评估，对于政府引导基金的评估不仅要考核其在业绩上的指标，同时更要考虑其政策导向性和财政资金的放大效果；对于引导基金参股的子基金，应着重考察其资金的投资进度，同时也要保证其投资方向不违背引导基金的政策目标。
政府引导基金投后管理主要涉及监督管理和增值服务两方面，上文讲的绩效考核制度属于其中的监督管理部分，而对于增值服务部分，政府引导基金依托得天独厚的政府平台和政策资源，可以及时帮助被投资对象获得税收优惠等。但政府引导基金在对被投资对象提供增值服务上做的还不够，仍然存在以下两方面问题：
第二，缺乏资源整合和信息共享机制。我国政府引导基金经历了15年的发展，从横向上看，已经覆盖天使投资、创业投资、产业投资各个阶段；从纵向上看，也已经从国家、省级、市级深入到了区县级，形成了网络化发展趋势。但我国的政府引导基金大多都是单打独斗，对于参股设立的基金或其投资的企业能提供的资源有限，无法有效整合资源为被投资对象提供更有针对性的增值服务，无法形成强有力的“拳头”效应。而且，现在各级政府对于引导基金的管理出口不同，相互部门之间信息不共享，资源与服务无法有效对接。
从国内成立的引导基金分布来看，华北地区累计成立156支引导基金，目标设立规模高达到6425.4亿元，无论是数量还是目标规模，华北地区均跃居各地区之首；其次，华东地区和华南地区引导基金的设立也较为积极活跃，基金数量分别为131支和58支，基金规模分别为911.5亿元和943.4亿元；另外值得一提的是华中地区和西北地区，两个地区整体的基金数量并不多，但地区基金规模均过千亿元，这主要依赖于地区内单支大规模引导基金的成立，如华中地区2000亿规模的湖北长江经济带产业基金的成立和西北地区1000亿规模的新疆维吾尔自治区PPP政府引导基金的成立。
从政府引导基金的设立情况来看，各地区都在如火如荼地设立引导基金。2015年新增引导基金数量最多的为华北地区，这一井喷式的爆发也使华北地区超越华东成为引导基金设立最多的地区；而作为引导基金设立最为密集的华东地区放缓了设立的脚步，虽然华东地区在2015年新增引导基金数量共计32支，位列本年新增引导基金数量第二名，但其增速相比于其他地区已大幅下降，仅为32.2%；作为政府引导基金起步较晚的中西部地区，近一年来也发展迅猛，不断出现较大规模的引导基金，希望撬动更多的社会资本涌入当地，带动本地区的经济发展。
图1截至2015年全国政府引导基金成立情况
为抢抓“一带一路”、长江经济带开发开放和长江中游城市群建设等国家重大战略机遇，湖北省于2015年12月发起设立最具市场化规模的湖北省长江经济带产业基金。该基金由湖北省财政出资400亿元人民币发起设立引导基金，由引导基金募集社会资金，发起多支母基金，其总规模为2000亿元左右，共同构成湖北省长江经济带产业基金。母基金再通过发起子基金或直接投资的方式实现对外投资，力争放大到4000亿元，最终带动约10000亿元的社会投资投向实体经济。
在投资原则上，湖北省长江经济带产业基金贯彻“创新、协调、绿色、开放、共享”的发展理念，定位于扶持产业发展，重点推动战略性新兴产业发展、传统产业转型升级、优势产业做大做强。在基金所涉及的投资领域上，基金的投资方向主要聚焦于七大战略性新兴产业，即节能环保、新兴信息产业、生物产业、新能源、新能源汽车、高端装备制造业和新材料；同时，设置了包含房地产、基础设施、金融衍生品在内的负面清单。
在管理团队上，湖北省长江经济带产业基金只选派一位政府干部担任管理公司的董事长和法人代表，其他人员全部通过市场化方式产生。这样的团队配置，既可以使政府把握整体的方向政策，又可以使由市场化方式产生的团队成员在投资决策时作出更专业的判断。
在前期尽调上，湖北省长江经济带产业基金为每支拟合作机构配备一个由内部成员组成的团队，团队成员包括负责整体把控的领导、分别负责业务和风控方面的人员以及负责整体协调的人员，团队成员具备一定的投资专业背景，专业能力较强。在尽调过程中，首先，湖北省长江经济带产业基金内部的团队会对于拟合作的机构进行初步尽调，并形成初步尽调表；然后，内部团队会与第三方财务、法务、商业机构四方同时入场尽调，分别形成独立的报告，并由各机构提交专业尽调评价表。其对于尽调的要求细致、严格，尽调标准也趋于社保尽调的标准。
在基金管理上，湖北省长江经济带产业基金实施高度市场化的管理模式，但为保证政府目标的实现，其积极运用权力清单、负面清单、合伙协议约定、违约回购份额等市场化手段实现对基金的监管，并且基金管委会会按照市场化的原则制定一系列的考核评价制度，从基金整体效能出发综合考察，不对单个基金或单个项目的盈亏进行具体评价。一系列的考核制度也是确保基金的投向以及其能在设立的轨道上运行，从而确保实现省委、省政府战略意图。
在全国经济下行的压力渐增的情况下，吉林省出资设立吉林省产业投资引导基金，期望通过财政出资谋求经济效益最大化，为吉林的经济稳增长保驾护航。
在团队配置上，吉林省产业投资引导基金的团队配备较为完善。与其他省级引导基金相比，其核心管理团队来自吉林省财政厅，对政策把握准确；同时，其本身还配备了专业性较强的、来自市场化机构的财务和法务人员。在尽调过程中，吉林省产业投资引导基金会邀请第三方财务、法务、商业机构三方同时进场，以市场化要求对子基金进行评审。
在投后的监督管理上，吉林省股权基金投资有限公司作为吉林省产业投资引导基金的管理公司，其会密切跟踪子基金的经营和财务状况，防范财务风险。但并不会干预子基金的日常运作，只有子基金的使用出现违法违规和偏离政策导向等情况时，才会报协调会审定，按协议终止与基金管理人的合作。并且，基金管理人每季度向吉林省股权基金投资有限公司提交《子基金运行报告》，吉林省股权基金投资有限公司再每季度向省财政厅等部门报送《引导基金运行报告》，通过定期的报告对子基金及引导基金的运行进行监管。
早在2008年，北京市就建立了国内首支省级中小企业创业投资引导基金（以下简称“引导基金”），尝试市场化运作模式，引导基金初始规模为8亿元。2013年12月底，经北京市政府批准，北京市经信委与北京市财政局共同设立北京市中小企业发展基金（以下简称“中小基金”），集中发力地支持中小企业发展。
中小基金是由母子基金构成，截至2015年12月底，基金规模22.2亿元。中小基金主要是以整合现有资源为主、筹集部分专项资金、当年预算适当增加、以后逐年补充发展的方式设立，主要构成为9.2亿元的中小企业创业投资引导基金、1.5亿元的高端制造业担保代偿资金、2.5亿元的中关村现代服务业专项资金以及新增预算安排9亿元的中小企业发展专项资金。
基金运行方面，截至2015年12月底，已签订投资协议的引导基金参股创业投资公司共8批34家，协议出资总额为61.70亿元，其中：引导基金协议出资额约15.40亿元，合作创业投资机构协议出资额约46.30亿元，财政资金放大约4倍。引导基金已从12家参股创业投资公司完成退出，所投资金3.332亿元已全部回拨至引导基金专设账户，实现了财政资金的循环使用。
同时，引导基金合作创业投资公司已对290家中小企业进行了股权投资。其中，电子信息项目29个，占所投项目总数的10%；互联网项目178个，占所投项目总数的61.38%；节能环保产业项目18个，占所投项目总数的6.2%；生物与医药产业项目22个，占所投项目总数的7.59%；高端制造业的项目13个，占项目总数的4.48%；文化创意产业的项目26个，占所投项目总数的9%。新材料产业项目2个，占项目总数的0.69%。此外，还有一个现代服务业项目，一个新型农业项目，分别各占0.34%。根据数据统计，290个所投项目中，初创期项目212个，占所投项目总数的73.1%；早中期项目71个，占所投项目总数的24.5%；成熟期项目7个，占所投项目总数的2.41%。
业绩目标实现方面，从投资区域上看，引导基金投资于北京地区中小企业占总投资项目的比例、投资额比例不仅大大高于70%的政策目标，并领先于本市及全国其他地区引导基金；从投资行业上看，290个投资项目全部符合政策导向和北京市城市功能定位，超过70%的政策目标；从投资阶段上看，符合投资阶段政策目标导向的初创期、早中期项目比例高达97.6%，超过70%的政策目标，高于北京市及全国其他地区引导基金的同一指标。
投后管理方面，北京市经信委作为发展基金的管理机构，每个季度会召开汇报会，要求参股创投企业对投资及运营情况进行汇报。但其认为仅定期召开汇报会既枯燥又无法为被投资对象提供实际的增值服务，未来希望通过整合自身的资源以及与其他机构合作举办沙龙、冷餐会等一系列活动，为被投资对象进行产业对接，并实现投贷联动。
为进一步放大中小基金的引导作用，拓宽中小企业融资渠道，中小基金设立了债权基金，首次出资3亿元。与北京中关村科技融资担保有限公司、北京中小企业信用再担保有限公司、北京海淀科技企业融资担保有限公司等3家合作机构共同设立3支子基金，每支子基金规模2.5亿元，合作期限3年。同时，安排2亿元风险补偿基金，支持北京银行新增小微企业信贷规模超过100亿元，解决小微企业因抵押担保不足难以获得银行信贷支持的问题。
图3招商银行城市发展类基金业务分类情况
招商银行城市基金须采用优先/劣后分层结构化设计，我行以理财等资金出资作为优先级，地方政府及其它外部机构（或有）出资劣后，原则仅接受劣后资金在基金层面的结构化安排。
基金以投资入股项目公司及股东借款的方式参与一级土地开发、棚户区改造、保障房建设等项目。
图4招商银行城市发展基金结构图
招商银行城市建设基金须采用优先/劣后分层结构化设计，我行以理财等资金出资作为优先级，地方政府及其其他外部机构（或有）出资劣后，原则仅接受劣后资金在基金层面的结构化安排。基金以投资入股项目公司及股东借款的方式参与轨道交通、路桥、港口等建设项目。
图5招商银行城市建设基金结构图
图6招商银行产业引导基金平行投资模式
图7招商银行产业引导基金结构化投资模式
重点支持领域
1、和当地有关的产业改造升级或新型产业发展；
2、优选：列入十二五发展规划、列入一路一带政策支持、当地优势产业的升级、高新技术行业、永远为朝阳行业的医疗、教育、旅游、文化产业。
重点支持模式
1、结合上市公司产业链整合，未来可通过置入上市公司退出；
2、基金盈利模式清晰、定位明确的基金；
3、产业基金中与国资关联的混合制改革基金、员工持股基金；
不支持模式
不支持我行完全配资、不参与任何管理的基金，除非引入非常实力机构进行回购担保。