从法律上说，具备集体性质的农村土地所有权的主要拥有者是农民，而非农村集体经济组织和部门。因此，当具备集体资质的建设性土地想要入市时，必须经过村民代表举行会议，并且会议过程中至少需要2/3以上的村民和成员同意才能正常开展入市项目。但是现实中，农村集体土地的产权界定不清晰，农村土地拥有权在名义上虽然由农民所有，但是其实际所有权是由集体经济组织和部门拥有，所有权应具有的占有、使用、收益、处分权能不完整。特别是农村土地规划受行政干预比较严重，农民难以成为市场交易的主体，农民的权利和主体地位得不到保障。
1.3利益分配存在冲突
从现行地方财政收入情况看，土地出让收入是地方财政的重要组成部分。农村集体经营性建设用地入市，将会提高政府征地成本，直接增加土地供应量，对现有国有土地市场造成的一定冲击。因此，需要完善利益调节机制，解决集体经营性建设用地入市收益的分配问题，包括集体土地所有者和各级政府之间的分配关系问题、集体成员之间的分配关系问题等。
1.4基础工作滞后
1.5耕地保护存在隐患
试点地区实践表明，各级政府、农村集体和村民对农村集体土地入市较为积极。农村集体土地入市全面推开后，可能带来地方政府新一轮用地高峰，对耕地保护造成冲击。当前补充耕地和高标准农田建设进度缓慢，占地补地还未找到有效的解决办法。农村集体土地入市后，这个问题将更加突出。
2完善农村集体土地入市的建议
2.1完善法律法规
2.2明确权属主体
在土地的二级市场上，农村集体性质的土地最终拥有者是主权人或宅基地继承且合法使用者，同时其主要的权利仅是出租或者转让其合法的建设用地，并不能利用自身拥有者的身份私自进行土地使用权或宅基地使用权的分配或者转让，同样不能把土地承包权益当作使用权进行土地出租或转让。
2.3建立有机的城乡统一地产市场
农村土地拥有权和产权进行交易时，主要流程应该与国有土地交易模式相同。在转让和租赁模式下，应该使用多元化模式，即租赁、转让、拍卖、招标、入股以及经济联营等方式。主要交易方式的选择应该按照交易双方各自的意愿达成一致，不应仅局限于法律允许的传统模式，比如经济入股或入伙联营两种方式。同时在交易范围上，政府不应强行规定固定的交易模式，只要按照法律规定进行租赁、转让，双方签定合同文本遵守法律规定要求即可。
2.4完善基础信息工作
新的土地管理法条例十分明确地规定了3类用地模式，这3类用地主要通过土地利用总体规划和城乡规划确定，其规模和空间布局由当地政府和村集体统筹安排和调整确定。因此，在农村集体土地入市工作中，政府应首先明确哪些是经营性用地，避免不必要的经济纠纷，让村民在改革中受益[3,4,5]。