日本和菲律宾近期开展安全合作，复兴战略伙伴关系。日本入侵菲律宾70年后，东京宣布向菲律宾海岸警卫队捐赠10艘新巡逻艇，每艘造价1100万美元，将双边关系推向了前所未有的高度。
2月22日，日本与菲律宾在马尼拉进行了外交官和海军高层会晤，商讨在中国南海进行军事安全、反海盗、渔业和海洋科学研究等合作问题。
战略因素促使两国达成双边协定：一是都与中国存在领土主权争议，二是菲律宾政府紧盯国内政治和经济利益。
安倍第二次任首相后，日本正在享受美国重返亚太的战略，加之马尼拉渴求地区联盟加强国防实力，所以在东京的战略重组中占据了一席之地。
日菲联合是对北京在东海和南海自信的反应，中日钓鱼岛争端已经成为地区安全新热点，日本宣称遭到中国军舰火控雷达的照射。经过几周的海上对峙后，中国已经实际控制了菲律宾号称拥有主权的富含油气资源的黄岩岛。
2013年1月，日本外相与菲律宾外交部长在会谈中表达了对中国自信的“共同关心”。菲律宾政府表示，为平衡中国在亚太的力量，将坚定地支持日本修改和平宪法，菲律宾总统阿基诺表示强大的日本可以挑战中国的地区威胁。
专家认为新巡逻艇将在18个月内交付，提升菲律宾落后的海军实力。虽然这些舰艇不能改变南海的力量平衡，但是能够唤醒菲律宾的海洋领土意识，帮助日本实现在中国南海的战略目标。装备精良的菲律宾海岸警卫队无疑将帮助日本在南海监视中国，对日本而言，中国在南海问题上的处理方式可能暗示在钓鱼岛问题上的态度。
同时，日本乐于看到菲律宾在主权争议问题上部署更多可用的舰艇，致使中国海监机构在东海与南海之间分散注意力。加强菲律宾羸弱的海军能力也有助于保护南海的航行自由，这对于日本海上交通有所帮助。
加强日菲伙伴关系也能有助于菲律宾将南海问题国际化，菲律宾一贯喜欢在对抗中国问题上寻求盟国的支持，包括美国这个传统盟国。马尼拉最近向国际仲裁法庭提交了与中国的主权争议问题，但是中国坚持只有通过双边谈判才能解决问题，并强烈谴责了菲律宾的行径。
中国同样察觉菲律宾构建日菲同盟的巨大威胁。日本作为世界第三大经济体，未来将对阿基诺政府的经济发展产生巨大影响。虽然中国是东盟的最大贸易伙伴，但日本才是菲律宾最大的贸易伙伴，双边贸易额去年已达130亿美元，同时也是菲律宾最大的出口市场和主要投资国，2012年，日本投资占据菲律宾所获总额15亿美元的35%。
与前任阿罗约总统不同，阿基诺不太愿接受北京的诱惑，甚至取消了阿罗约与中国签订的一些合作项目。菲律宾也在快速偿还北京的优惠贷款，同时日本在扩大对菲政府开发援助(ODA)，支持阿基诺政府建设马尼拉地铁和机场等高额基建项目。日本还向菲南部棉兰老岛注入ODA资金，帮助阿基诺对抗菲最大的反政府组织“摩洛伊斯兰解放阵线(MILF)”。日本是菲当局与“摩洛伊斯兰解放阵线”和平谈判两大组织“国际监督小组”和“国际联络小组”的成员。
中国对日菲合作的态度将最终决定这种战略合作的深度，同时，菲律宾国内因素也将决定日本的软实力能施加多大影响，对马尼拉而言，日菲双边关系已经从陈词滥调和花言巧语发展到真正的军事和经济援助。(编译：唐宣)