我们认为，对于纳税人申报明显偏低且无正当理由，税务机关进行核定，这一规定应该理解为税务机关对于纳税人避税行为进行规制的反避税条款。这个和我们在税制中引入最低计税价格制度是完全不一样的。
比如对于某类交易行为，纳税人申报的价格和税务机关把握的最低计税价格如下：
另外一种观点就是，将价格明显偏低且无正当理由的核定发展成为最低计税价格制度，即在这种情况下，税务机关直接规定一个最低计税价格，只要低于最低计税价格的都属于无正当理由，都要按税务机关最低计税价格来申报纳税。如果按照这个观点来理解价格明显偏低且无正当理由的核定，则对于上面交易，市场上你能看到的最低计税依据就是10000，因为对于A3-A6而言，只要低于10000的，都被按10000来核定了。
这一点最明显体现的是在以下两个税种，一个是消费税，一个是车辆购置税。
通过上面的分析，我们想要说明的是，最低计税价格征管制度和价格明显偏低且无正当理由核定是两种完全不同的税收征收管理制度。最低计税价格制度是税制的基本要素，对纳税人和税务机关影响甚大。因此，这个最低计税价格制度必须在具体税种的实体税收法律和行政法规层面给予明确的构建和规定。如果在具体税种的实体税收法律和行政法规中没有规定最低计税价格制度，行政机关利用法律或行政法规赋予自己的解释权，在部门规章或规范性文件中通过各种规定，实质建立了最低计税价格征管制度的，这种情况就属于行政机关法外设定权力,没有法律法规依据作出减损公民、法人和其他组织合法权益或者增加其义务的行为。
法院的焦点主要放在了地税局作出核定征税的具体程序上是否恰当，而没有充分考察纳税人提交的交易价格低的理由是否恰当，即纳税人提交的理由是否合理到足以使法院推翻园区地税的核定行为。纳税人提交的所购房屋存在墙体渗水、房顶漏水、该小区从2013年9月开始，从苏州工业园区金鸡湖学校、景程学校的双学区身份变更为苏州工业园区第二实验小学的单学区，这些基于常识对于会二手房交易价格产生影响。同时，在证据之外，可能审判法官也要考量，纳税人的实际合同交易价格271万元，仅仅低于地税局的核定计税价格280万只有9万元，涉及的全部税款估计仅有9000元不到。但纳税人仍然坚持复议和诉讼，一审和二审，这些行为是否体现出原告有明显的避税动机。
因此，最低计税价格制度和价格明显偏低且无正当理由的核定是两种完全不同的。司法层面要防止税务机关在征管实践中简单地把价格明显偏低且无正当理由的规定执行为最低计税价格制度，从而减损纳税人权益或不合理地增加纳税人义务。